Load Libraries

suppressMessages(library(minfi))
suppressMessages(library(reshape))
suppressMessages(library(ggplot2))
suppressMessages(library(gridExtra))
suppressMessages(library(RColorBrewer))
suppressMessages(library(here))
suppressMessages(library(binom))
suppressMessages(library(limma))
suppressMessages(library(sva))
suppressMessages(library(pamr))
suppressMessages(library(GEOquery))
suppressMessages(library(GEOmetadb))

suppressMessages(library(dplyr))
suppressMessages(library(lmtest))
suppressMessages(library(gridExtra))
suppressMessages(library(gtools))
suppressMessages(library(rafalib))


options(stringsAsFactors = FALSE)

Load Functions

source(here("scripts","00_pretty_plots.R"))
suppressMessages(source(here("scripts","00_heat_scree_plot_generic.R")))
source(here("scripts","00_EM_array_uniform_background_maximise_betabinom.R"))


gse <- getGEO("GSE141256", GSEMatrix = TRUE)
## Found 3 file(s)
## GSE141256-GPL10904_series_matrix.txt.gz
## Parsed with column specification:
## cols(
##   .default = col_character()
## )
## See spec(...) for full column specifications.
## File stored at:
## /tmp/RtmpVf5iGM/GPL10904.soft
## Warning: 92 parsing failures.
##   row     col           expected          actual         file
## 34604 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34605 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34606 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34607 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34608 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## ..... ....... .................. ............... ............
## See problems(...) for more details.
## GSE141256-GPL13534_series_matrix.txt.gz
## Parsed with column specification:
## cols(
##   .default = col_character()
## )
## See spec(...) for full column specifications.
## File stored at:
## /tmp/RtmpVf5iGM/GPL13534.soft
## Warning: 65 parsing failures.
##    row     col           expected     actual         file
## 485513 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs10796216 literal data
## 485514 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs715359   literal data
## 485515 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs1040870  literal data
## 485516 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs10936224 literal data
## 485517 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs213028   literal data
## ...... ....... .................. .......... ............
## See problems(...) for more details.
## GSE141256-GPL21145_series_matrix.txt.gz
## Parsed with column specification:
## cols(
##   .default = col_character()
## )
## See spec(...) for full column specifications.
## File stored at:
## /tmp/RtmpVf5iGM/GPL21145.soft
GSE141256_meta_450K<-pData(gse[[2]]) # 1 is expression 2 is 450K
GSE141256_meta_EPIC<-pData(gse[[3]]) # 3 is EPIC

GSE141256_meta_450K<-GSE141256_meta_450K[,c(1,2,8,10:13,21,24,33)]
GSE141256_meta_EPIC<-GSE141256_meta_EPIC[,c(1,2,8,10:13,21,24,33)]
identical(colnames(GSE141256_meta_EPIC), colnames(GSE141256_meta_450K))
## [1] TRUE
#cd data/published_organoids/GSE141256
#wget 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE141nnn/GSE141256/suppl/GSE141256_RAW.tar'
#tar -xvf GSE141256_RAW.tar

path<-"data/published_organoids/GSE141256"

GSE141256_meta_450K$Assay.Name<-paste(GSE141256_meta_450K$geo_accession,"_",GSE141256_meta_450K$title, sep="")
GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name<-paste(GSE141256_meta_EPIC$geo_accession,"_",GSE141256_meta_EPIC$title, sep="")

GSE141256_meta_450K$array.id.path <- file.path(here(path), GSE141256_meta_450K$Assay.Name)
GSE141256_meta_EPIC$array.id.path <- file.path(here(path), GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)

GSE141256_meta_450K$sentrix_ID<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_450K), function(x){
  strsplit(GSE141256_meta_450K$title[x], "_")[[1]][1]
})

GSE141256_meta_EPIC$sentrix_ID<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_EPIC), function(x){
  strsplit(GSE141256_meta_EPIC$title[x], "_")[[1]][1]
})

Normalize 450K Arrays

rgset_450k <- read.metharray(GSE141256_meta_450K$array.id.path, verbose = FALSE)

# Background and dye bias correction with noob thhrough funnorm implemented in minfi
#http://bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/methylation450k.html
MSet.illumina405K <- preprocessFunnorm(rgset_450k, sex=GSE141256_meta_450K$characteristics_ch1.2)
## [preprocessFunnorm] Background and dye bias correction with noob
## Loading required package: IlluminaHumanMethylation450kmanifest
## Loading required package: IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19
## [preprocessFunnorm] Mapping to genome
## [preprocessFunnorm] Quantile extraction
## [preprocessFunnorm] Normalization
GSE141256_beta_450K<-getBeta(MSet.illumina405K)

#Detection pvalue analysis
avg_detPval <- colMeans(detectionP(rgset_450k))
GSE141256_meta_450K$det_pval<-avg_detPval

Normalize EPIC Arrays

rgset_EPIC <- read.metharray(GSE141256_meta_EPIC$array.id.path, verbose = FALSE)
class(rgset_EPIC)
## [1] "RGChannelSet"
## attr(,"package")
## [1] "minfi"
reset = updateObject(rgset_EPIC)
class(rgset_EPIC)
## [1] "RGChannelSet"
## attr(,"package")
## [1] "minfi"
# Background and dye bias correction with noob thhrough funnorm implemented in minfi
#http://bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/methylation450k.html
MSet.illuminaEPIC <- preprocessFunnorm(rgset_EPIC, sex=GSE141256_meta_EPIC$characteristics_ch1.2)
## [preprocessFunnorm] Background and dye bias correction with noob
## Loading required package: IlluminaHumanMethylationEPICmanifest
## Loading required package: IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
## 
## Attaching package: 'IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19'
## The following objects are masked from 'package:IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19':
## 
##     Islands.UCSC, Locations, Manifest, Other,
##     SNPs.132CommonSingle, SNPs.135CommonSingle,
##     SNPs.137CommonSingle, SNPs.138CommonSingle,
##     SNPs.141CommonSingle, SNPs.142CommonSingle,
##     SNPs.144CommonSingle, SNPs.146CommonSingle,
##     SNPs.147CommonSingle, SNPs.Illumina
## [preprocessFunnorm] Mapping to genome
## [preprocessFunnorm] Quantile extraction
## [preprocessFunnorm] Normalization
GSE141256_beta_EPIC<-getBeta(MSet.illuminaEPIC)

#Detection pvalue analysis
avg_detPval <- colMeans(detectionP(rgset_EPIC))
GSE141256_meta_EPIC$det_pval<-avg_detPval


grid.arrange(ggplot(GSE141256_meta_450K)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
               geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
                          position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
               xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE),
             
             ggplot(GSE141256_meta_EPIC)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
               geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
                          position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
               xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE))

ggsave(here("figs","GSE141256_detection_pvalue_organoids.pdf"), 
    grid.arrange(ggplot(GSE141256_meta_450K)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
      geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
                 position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
      xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE),

     ggplot(GSE141256_meta_EPIC)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
      geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
                 position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
      xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE)),
     width=6, height=5)


ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_detection_pvalue_organoids.jpeg"),
    grid.arrange(ggplot(GSE141256_meta_450K)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
      geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
                 position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
      xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE),

     ggplot(GSE141256_meta_EPIC)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
      geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
                 position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
      xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE)),
       width=6, height=5)

Beta distribution before and after normalization

# 450K
GSE141256_beta_450K_raw<-getBeta(rgset_450k)

Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_450K)
Beta_melted_raw<- melt(GSE141256_beta_450K_raw)

Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
Beta_Plot_raw<-Beta_melted_raw[which(!(is.na(Beta_melted_raw$value))),]

colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256_meta_450K, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
colnames(Beta_Plot_raw)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot_raw<-merge(Beta_Plot_raw,GSE141256_meta_450K, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
beta_dis_450k<-ggplot(Beta_Plot, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
  geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")
beta_dis_450k_raw<-ggplot(Beta_Plot_raw, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
  geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")



# EPIC
GSE141256_beta_EPIC_raw<-getBeta(rgset_EPIC)

Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_EPIC)
Beta_melted_raw<- melt(GSE141256_beta_EPIC_raw)

Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
Beta_Plot_raw<-Beta_melted_raw[which(!(is.na(Beta_melted_raw$value))),]

colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256_meta_EPIC, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
colnames(Beta_Plot_raw)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot_raw<-merge(Beta_Plot_raw,GSE141256_meta_EPIC, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
beta_dis_EPIC<-ggplot(Beta_Plot, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
  geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")
beta_dis_EPIC_raw<-ggplot(Beta_Plot_raw, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
  geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")

grid.arrange(beta_dis_450k_raw,beta_dis_450k,beta_dis_EPIC_raw,beta_dis_EPIC)

ggsave(here("figs","GSE141256_beta_distribution.pdf"),grid.arrange(beta_dis_450k_raw,beta_dis_450k,beta_dis_EPIC_raw,beta_dis_EPIC),  w=10, h=5)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_beta_distribution.jpeg"),grid.arrange(beta_dis_450k_raw,beta_dis_450k,beta_dis_EPIC_raw,beta_dis_EPIC), w=10, h=5)

450K QC and Probe Filtering

Confirm ID with SNPs and cluster by DNAm

# Clustering By sampling site
# remove rows with NAs
GSE141256_450K_betas_cluster<-GSE141256_beta_450K[complete.cases(GSE141256_beta_450K),]

d <- dist(t(GSE141256_450K_betas_cluster))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward

myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$description), cex=1.5)

pdf(here('figs','GSE141256_cluster_whole450K_organoid.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$description), cex=1.5)
dev.off()
## png 
##   2

Genotyping Probes

SNPs <- getSnpBeta(rgset_450k)
SNPs<-SNPs[complete.cases(SNPs),]

SNPs<-SNPs[,which(colnames(SNPs)%in%GSE141256_meta_450K$Assay.Name)]
identical(colnames(SNPs),GSE141256_meta_450K$Assay.Name)
## [1] TRUE
d <- dist(t(SNPs))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward

myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_450K$description)), cex=1.5)

pdf(here('figs','GSE141256_cluster_snps_450K.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_450K$description)), cex=1.5)
dev.off()
## png 
##   2

by sex too

450K annotation from illumina

# https://emea.support.illumina.com/downloads/humanmethylation450_15017482_v1-2_product_files.html
anno_450k<-read.csv(here("data","HumanMethylation450_15017482_v1-2.csv"), skip=7)
anno_450k<-anno_450k[match(rownames(GSE141256_beta_450K),anno_450k$IlmnID),]

identical(rownames(GSE141256_beta_450K),anno_450k$IlmnID)
## [1] TRUE
GSE141256_450K_sex<-GSE141256_beta_450K[which(anno_450k$CHR%in%c('X','Y')),]

d <- dist(t(GSE141256_450K_sex))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward

myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$characteristics_ch1.2), cex=1.5)

pdf(here('figs','GSE141256_cluster_sex_450K.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$characteristics_ch1.2), cex=1.5)
dev.off()
## png 
##   2

Probe Filtering

Sex Chromosomes

anno_450k<-anno_450k[match(rownames(GSE141256_beta_450K),anno_450k$IlmnID),]

GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(anno_450k$CHR%in%c('X','Y'))),] #485512
filt_sex<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))
## [1] "Samples available: 52Probes available: 473864"

Cross-hybridizing probes and polymorphic probes.

Some probes have been found to cross-hybridize with other chromosomes (Price et al. 2013 Epigenetics). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL16304

price<-read.table(here("data","GPL16304-47833.txt"), sep='\t', header=T, skip=22)
price<-price[match(rownames(GSE141256_beta_450K),price$ID),]

cross_hyb<-price[which(price$XY_Hits=="XY_YES" | price$Autosomal_Hits=="A_YES"),]
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%cross_hyb$ID)),]
filt_cross<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))
## [1] "Samples available: 52Probes available: 433274"

Polymorphic probes

SnpatCpG<-price[which(price$Target.CpG.SNP!=""),] # 20696
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%SnpatCpG$ID)),]
filt_poly<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))
## [1] "Samples available: 52Probes available: 415080"

Probe filtering based on detection pvalue and detection over background (NA)

Remove probes with high NA count

na_count_probe <-sapply(1:nrow(GSE141256_beta_450K), function(y) length(which(is.na(GSE141256_beta_450K[y,]))))
na_count_probe_good<-which(na_count_probe<(ncol(GSE141256_beta_450K)*0.05))
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[na_count_probe_good,]
filt_bead<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))
## [1] "Samples available: 52Probes available: 415080"

Remove probes with high detection p value across samples, and any samples with many high detection p value probes

detP <- detectionP(rgset_450k)
failed <- detP>0.05
bad_det_p<-names(which(rowMeans(failed)>0.01))
bad_det_psamp<-names(which(colMeans(failed)>0.01))

GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%bad_det_p)),]
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[,which(!(colnames(GSE141256_beta_450K)%in%bad_det_psamp))]

filt_detp<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))
## [1] "Samples available: 52Probes available: 413615"

EPIC QC and Probe Filtering

Confirm ID with SNPs and cluster by DNAm

# Clustering By sample site
# remove rows with NAs
GSE141256_EPIC_betas_cluster<-GSE141256_beta_EPIC[complete.cases(GSE141256_beta_EPIC),]

d <- dist(t(GSE141256_EPIC_betas_cluster))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward

myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$description), cex=1.5)

pdf(here('figs','GSE141256_cluster_wholeEPIC_organoid.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$description), cex=1.5)
dev.off()
## png 
##   2
#Genotyping Probes
SNPs <- getSnpBeta(rgset_EPIC)
SNPs<-SNPs[complete.cases(SNPs),]

SNPs<-SNPs[,which(colnames(SNPs)%in%GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)]
identical(colnames(SNPs),GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)
## [1] TRUE
d <- dist(t(SNPs))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward

myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_EPIC$description)), cex=1.5)

pdf(here('figs','GSE141256_cluster_snps_EPIC.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_EPIC$description)), cex=1.5)
dev.off()
## png 
##   2

by sex too

Using the cg ID to chromosome annotation from illumina https://emea.support.illumina.com/downloads/infinium-methylationepic-v1-0-product-files.html

anno_EPIC<-read.csv(here("data", "MethylationEPIC_v-1-0_B4.csv"), skip=7)
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%anno_EPIC$IlmnID),]

anno_EPIC<-anno_EPIC[match(rownames(GSE141256_beta_EPIC),anno_EPIC$IlmnID),]
identical(rownames(GSE141256_beta_EPIC),anno_EPIC$IlmnID)
## [1] TRUE
GSE141256_EPIC_sex<-GSE141256_beta_EPIC[which(anno_EPIC$CHR%in%c('X','Y')),]

d <- dist(t(GSE141256_EPIC_sex))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward

myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$characteristics_ch1.2), cex=1.5)

pdf(here('figs','GSE141256_cluster_sex_EPIC.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$characteristics_ch1.2), cex=1.5)
dev.off()
## png 
##   2

Probe Filtering

# SNP probes should already be removed
GSE141256_beta_EPIC <- GSE141256_beta_EPIC[!grepl("rs",rownames(GSE141256_beta_EPIC)), ]
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))
## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 865859"

Sex Chromosomes

anno_EPIC<-anno_EPIC[anno_EPIC$IlmnID%in%rownames(GSE141256_beta_EPIC),]
identical(rownames(GSE141256_beta_EPIC),anno_EPIC$IlmnID)
## [1] TRUE
GSE141256_beta_EPIC <- GSE141256_beta_EPIC[!anno_EPIC$CHR%in%c("X", "Y"), ]
filt_sex<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))
## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 846232"

Cross-hybridizing probes and polymorphic probes.

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-1066-1 “43,254 cross-reactive probes with ≥ 47 bp homology with an off-target site, of which 15,782 (36.5 %) are new to the EPIC platform” They include this annotated list in their supplement. wget https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13059-016-1066-1/MediaObjects/13059_2016_1066_MOESM2_ESM.csv

cross_reactive<-read.csv(here("data", "13059_2016_1066_MOESM2_ESM.csv"), stringsAsFactors = F)
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(!(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%cross_reactive$PROBE)),]
filt_cross<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))
## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 814600"

For polymorphic probes I will The Pidsley annotation aswell for “Probes overlapping genetic variants at targeted CpG sites.” and “Probes overlapping genetic variants at single base extension sites for Infinium Type I probes” but NOT “Probes with genetic variants overlapping the body of the probe: 48 base pairs for Infinium Type I probes and 49 base pairs for Infinium Type II probes.”

#wget https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13059-016-1066-1/MediaObjects/13059_2016_1066_MOESM4_ESM.csv
#wget https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13059-016-1066-1/MediaObjects/13059_2016_1066_MOESM5_ESM.csv

polymorphic<-read.csv(here("data", "13059_2016_1066_MOESM4_ESM.csv"), stringsAsFactors = F)
print(paste("Filtering ",length(unique(polymorphic$PROBE))," polymorphic probes (genetic variants at targeted CpG sites).", sep=""))
## [1] "Filtering 12378 polymorphic probes (genetic variants at targeted CpG sites)."
baseext<-read.csv(here("data", "13059_2016_1066_MOESM5_ESM.csv"), stringsAsFactors = F)
print(paste("Filtering ",length(unique(baseext$PROBE))," polymorphic probes (single base extension sites for Infinium Type I probes).", sep=""))
## [1] "Filtering 413 polymorphic probes (single base extension sites for Infinium Type I probes)."
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(!(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%c(polymorphic$PROBE, baseext$PROBE))),]
filt_poly<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))
## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 802848"

Probe filtering based on detection pvalue and detection over background (NA)

Remove probes with high NA count

na_count_probe <-sapply(1:nrow(GSE141256_beta_EPIC), function(y) length(which(is.na(GSE141256_beta_EPIC[y,]))))
na_count_probe_good<-which(na_count_probe<(ncol(GSE141256_beta_EPIC)*0.05))
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[na_count_probe_good,]
filt_bead<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))
## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 802848"

Remove probes with high detection p value across samples, and any samples with many high detection p value probes

detP <- detectionP(rgset_EPIC)
detP<-detP[,which(colnames(detP)%in%GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)]
identical(colnames(detP),GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)
## [1] TRUE
failed <- detP>0.05
bad_det_p<-names(which(rowMeans(failed)>0.01))
bad_det_psamp<-names(which(colMeans(failed)>0.01))

GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(!(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%bad_det_p)),]
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[,which(!(colnames(GSE141256_beta_EPIC)%in%bad_det_psamp))]
filt_detp<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)

print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))
## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 800515"

Combine the EPIC and 450K data

GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%rownames(GSE141256_beta_EPIC)),]
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%rownames(GSE141256_beta_450K)),]
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[match(rownames(GSE141256_beta_450K),rownames(GSE141256_beta_EPIC)),]
identical(rownames(GSE141256_beta_EPIC),rownames(GSE141256_beta_450K))
## [1] TRUE
GSE141256_beta_combo<-cbind(GSE141256_beta_450K,GSE141256_beta_EPIC)

identical(colnames(GSE141256_meta_EPIC),colnames(GSE141256_meta_450K))
## [1] TRUE
GSE141256_meta_combo<-rbind(GSE141256_meta_450K, GSE141256_meta_EPIC)

identical(colnames(GSE141256_beta_combo), GSE141256_meta_combo$Assay.Name)
## [1] TRUE
print(paste("With combining the EPIC and 450K there are ",ncol(GSE141256_beta_combo)," samples and ",nrow(GSE141256_beta_combo)," CpGs",sep=""))
## [1] "With combining the EPIC and 450K there are 84 samples and 384188 CpGs"

Restructure meta

GSE141256_meta_combo$cell_type<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo$age<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1.1[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo$sex<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1.2[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo$batch<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1.3[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo<-GSE141256_meta_combo[,c(1:3,8,9,11,13:18)]

Principal Component Analysis (PCA)

pca_res <- prcomp(t(GSE141256_beta_combo))
Loadings<-as.data.frame(pca_res$x)
vars <- pca_res$sdev^2
Importance<-vars/sum(vars)

GSE141256_meta_combo$age<-as.numeric(GSE141256_meta_combo$age)

meta_categorical <- GSE141256_meta_combo[, c(3,5,7,9,11,12)]  # input column numbers in meta that contain categorical variables
meta_continuous <- as.data.frame(GSE141256_meta_combo[, c(8, 10)] ) # input column numbers in meta that contain continuous variables
colnames(meta_categorical) <- c("Sample Site", "Array Type","Sentrix ID", "Cell Type","Sex","Batch")
colnames(meta_continuous) <- c("det_pval", "age")

ord<-1:length(c(colnames(meta_categorical),colnames(meta_continuous)))
# how far do you want the plot to go?
PCs_to_view<-10

suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7))

ggsave(here("figs/GSE141256_heat_scree_before_combat.pdf"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_heat_scree_before_combat.jpeg"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)

Combat array EPIC and 450K

impute 0 and 1

GSE141256_beta_combo[GSE141256_beta_combo==0]<-0.01
GSE141256_beta_combo[GSE141256_beta_combo==1]<-0.99

impute NA

imputeMedianv3<-function(x) apply(x, 1, function(x){x[is.na(x)]<-median(x, na.rm=T); x}) #impute with row mean
GSE141256_beta_combo<-t(imputeMedianv3(GSE141256_beta_combo))

Mval<-function(beta) log2(beta/(1-beta))
edata = apply(GSE141256_beta_combo, 1, Mval) # need mvalues for combat
edata = as.data.frame(edata)
edata = t(edata)

batch = GSE141256_meta_combo$platform_id
combat_GSE141256_mval = ComBat(dat=edata, batch=batch, mod=NULL, par.prior=TRUE)
## Found2batches
## Adjusting for0covariate(s) or covariate level(s)
## Standardizing Data across genes
## Fitting L/S model and finding priors
## Finding parametric adjustments
## Adjusting the Data

Back to betas

betas<-function(M) 2^M/((2^M)+1)
combat_GSE141256_Beta = apply(combat_GSE141256_mval, 1, betas) # need mvalues for combat
combat_GSE141256_Beta = as.data.frame(combat_GSE141256_Beta)
combat_GSE141256_Beta = t(combat_GSE141256_Beta)
combat_GSE141256_Beta<-as.data.frame(combat_GSE141256_Beta)

combat_GSE141256_Beta<-t(imputeMedianv3(combat_GSE141256_Beta))

save(combat_GSE141256_Beta, GSE141256_meta_combo, file=paste(here("data"),"/GSE141256_beta_organoids.RData",sep=""))

#load(here("data","GSE141256_beta_organoids.RData"))






# PCA on batch corrected data
pca_res <- prcomp(t(combat_GSE141256_Beta))
Loadings<-as.data.frame(pca_res$x)
vars <- pca_res$sdev^2
Importance<-vars/sum(vars)

meta_categorical <- GSE141256_meta_combo[, c(3,5,7,9,11,12)]  # input column numbers in meta that contain categorical variables
meta_continuous <- as.data.frame(GSE141256_meta_combo[, c(8, 10)] ) # input column numbers in meta that contain continuous variables
colnames(meta_categorical) <- c("Sample Site", "Array Type","Sentrix ID", "Cell Type","Sex","Batch")
colnames(meta_continuous) <- c("det_pval", "age")

ord<-1:length(c(colnames(meta_categorical),colnames(meta_continuous)))
# how far do you want the plot to go?
PCs_to_view<-10

suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7))

ggsave(here("figs/GSE141256_heat_scree_after_combat.pdf"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_heat_scree_after_combat.jpeg"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)






## PC vs PC plot
Loadings$Assay.Name<-rownames(Loadings)
Loadings_meta<-merge(Loadings, GSE141256_meta_combo, by="Assay.Name")

pc2<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC1, PC2, fill=source_name_ch1))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
  xlab("PC1 (27%)")+ylab("PC2 (26%)")+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
                                               axis.title = element_text(size=14),
                                               plot.margin = margin(1, 0.1, 1, 1, "cm"))+
  scale_fill_manual(values=c("#1a9850", "cornflowerblue","#e1e1ff","#1347a4","#000192"))

pc1<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC1, PC2, fill=cell_type))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
  xlab("PC1 (27%)")+ylab("PC2 (26%)")+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
                                               axis.title = element_text(size=14),
                                               plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm"))+
  scale_fill_manual(values=c("#35978f","#8c510a","#c7eae5","#dfc27d"))

grid.arrange(pc1, pc2)

Overall Variance Across most Variable CpGs with Passage

Variation<-function(x) {quantile(x, c(0.9), na.rm=T)[[1]]-quantile(x, c(0.1), na.rm=T)[[1]]}
Mval<-function(beta) log2(beta/(1-beta))

## only in spheroids
GSE141256_meta_combo_spheroids<-GSE141256_meta_combo[grep("spheroid", GSE141256_meta_combo$cell_type),]
combat_GSE141256_Beta_spheroids<-combat_GSE141256_Beta[,which(colnames(combat_GSE141256_Beta)%in%GSE141256_meta_combo_spheroids$Assay.Name)]

GSE141256_mval_combo = apply(combat_GSE141256_Beta_spheroids, 1, Mval) # need mvalues for combat
GSE141256_mval_combo = as.data.frame(GSE141256_mval_combo)
GSE141256_mval_combo = t(GSE141256_mval_combo)

ref_range_dnam<-sapply(1:nrow(GSE141256_mval_combo), function(x) Variation(GSE141256_mval_combo[x,]))
GSE141256_beta_VeryVariable<-combat_GSE141256_Beta_spheroids[which(ref_range_dnam>=2.75),]

print(paste("There are ",nrow(GSE141256_beta_VeryVariable), " variable CpGs (10th-90th quantile range in M value >2.75)",sep=""))
## [1] "There are 55379 variable CpGs (10th-90th quantile range in M value >2.75)"

Additonal Sample Information

Shared by Leanne Jones

DNAm_GEOcodes<-read.csv(here("data/published_organoids/GSE141256","Lewis.etal.DNAmSamples_Organoids_GEOcodes-1.csv"))

DNAm_GEOcodes$GSM<-gsub(" ","",as.character(DNAm_GEOcodes$GEO.ID))
DNAm_GEOcodes$GSM<-sapply(1:nrow(DNAm_GEOcodes), function(x){paste(strsplit(DNAm_GEOcodes$GSM[x],"")[[1]][1:10], collapse="")})
intersect(DNAm_GEOcodes$GSM, GSE141256_meta_combo_spheroids$geo_accession)
##  [1] "GSM4199911" "GSM4199913" "GSM4199914" "GSM4199923" "GSM4199927"
##  [6] "GSM4199931" "GSM4199990" "GSM4199974" "GSM4199938" "GSM4199942"
## [11] "GSM4199992" "GSM4199962" "GSM4199949" "GSM4199969" "GSM4199983"
## [16] "GSM4199980" "GSM4199978" "GSM4199986" "GSM4199984" "GSM4199967"
## [21] "GSM4199966"
GSE141256_meta_combo_spheroids<-merge(GSE141256_meta_combo_spheroids, DNAm_GEOcodes[,c(1,7,10)], by.x="geo_accession", by.y="GSM")
GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor<-as.factor(as.character(GSE141256_meta_combo_spheroids$Passage.Number))
levels(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor)<-c(11,2,3,3,4,5,7)
GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric<-as.numeric(as.character(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor))
GSE141256_meta_combo_spheroids$passage.or.numeric.factor <- factor(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor, levels = c(11,7,5,4,3,2))

PCA on just organoids

pca_res <- prcomp(t(combat_GSE141256_Beta_spheroids))
Loadings<-as.data.frame(pca_res$x)
vars <- pca_res$sdev^2
Importance<-vars/sum(vars)

Loadings$Assay.Name<-rownames(Loadings)
Loadings_meta<-merge(Loadings, GSE141256_meta_combo_spheroids, by="Assay.Name")

pc1<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC1, PC2, fill=source_name_ch1))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
  xlab(paste("PC1 (",round(Importance[1]*100,0),"%)", sep=""))+ylab(paste("PC2 (",round(Importance[2]*100,0),"%)", sep=""))+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
                                               axis.title = element_text(size=14),
                                               plot.margin = margin(1, 0.1, 1, 1, "cm"))+
  scale_fill_manual(values=c("#1a9850", "cornflowerblue","#e1e1ff","#1347a4","#000192"))

pc2<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC2, PC3, fill=as.factor(passage.or.numeric.factor)))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
  xlab(paste("PC2 (",round(Importance[2]*100,0),"%)", sep=""))+ylab(paste("PC3 (",round(Importance[3]*100,0),"%)", sep=""))+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
                                               axis.title = element_text(size=14),
                                               plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm"))+
  scale_fill_manual(values=rev(c("#D53E4F", "#F46D43", "#FEE08B", "#ABDDA4","#4CA5B1","#5E4FA2")), name="Passage\nNumber")


grid.arrange(pc1, pc2)

ggsave(here("figs/GSE141256_organoid_PCA.pdf"),grid.arrange(pc1, pc2),width = 3.75, height = 2.5)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_organoid_PCA.jpeg"), grid.arrange(pc1, pc2),width = 7.5, height = 5)


# beta plot variable CpGs
Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_VeryVariable)
Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256_meta_combo_spheroids, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
Beta_Plot$passage.or.numeric.factor <- factor(Beta_Plot$passage_factor, levels = c(11,7,5,4,3,2))

ggplot(Beta_Plot, aes(Beta,  color=passage.or.numeric.factor))+
  geom_density(size=0.75)+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")+ylab("Density")+
  scale_color_manual(values=rev(c("#D53E4F", "#F46D43", "#FEE08B", "#ABDDA4","#4CA5B1","#5E4FA2")), name="Passage\nNumber")

ggsave(here("figs/GSE141256_variable_CpGs.pdf"),width = 3.75, height = 2.5)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_variable_CpGs.jpeg"), width = 7.5, height = 5)

Beta distributions paired by individual

GSE141256_meta_combo_spheroids_paired<-GSE141256_meta_combo_spheroids[grep("F|H",GSE141256_meta_combo_spheroids$Sample.ID),]
GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual<-as.factor(as.character(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$Sample.ID))
levels(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual)<-c("F","F","H","H","J","K")

GSE141256.organoid_paired<-do.call(rbind,lapply(1:length(unique(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual)), function(x){
  sample<-as.character(unique(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual)[x])
  samp<-GSE141256_meta_combo_spheroids_paired[GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual==sample,]
  samp<-samp[order(samp$passage_numeric),]
  samp$hilo<-as.factor(as.character(samp$passage_numeric))
  
  if(length(levels(samp$hilo))==2){levels(samp$hilo)<-c("lower","higher")}else{
    if(length(levels(samp$hilo))==3){levels(samp$hilo)<-c("lower","higher","highest")}else{
      if(length(levels(samp$hilo))==4){levels(samp$hilo)<-c("lowest","lower","higher","highest")}else{samp$hilo<-NA}
    }
  }
  samp
}))

GSE141256_beta_VeryVariable_paird<-GSE141256_beta_VeryVariable[,which(colnames(GSE141256_beta_VeryVariable)%in%GSE141256.organoid_paired$Assay.Name)]

Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_VeryVariable_paird)
Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256.organoid_paired, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
Beta_Plot$individual<-as.character(Beta_Plot$individual)
GSE141256.organoid_paired$individual<-as.character(GSE141256.organoid_paired$individual)

labels<-as.data.frame(tapply(GSE141256.organoid_paired$passage_numeric, GSE141256.organoid_paired$individual, function(x) paste(x, collapse=", ")))
colnames(labels)<-"passge"
labels$individual<-rownames(labels)

ggplot()+
  geom_density(aes(Beta,color=hilo, group=ID),Beta_Plot, size=0.75)+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")+ylab("Density")+
  scale_color_manual(values = c ("#9ecae1", "#225ea8", "#081d58"), name="Relative\nPassage\nLevel within\nPatient")+facet_wrap(~individual, nrow=1)+
  geom_text(aes(0.75, 2.75, label=passge), data=labels, color="grey20")+th+theme(strip.text = element_text(size = 10),
                                                                                 axis.text=element_text(size=4),
                                                                                 panel.spacing = unit(0.7, "lines"))+th+
  scale_x_continuous(breaks = c(0,0.5,1))

ggsave(here("figs","GSE141256_paired_beta.pdf"),width = 5, height = 2.2)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_paired_beta.jpeg"),width = 5, height = 2.2)

Thresholding Trimodality

GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_prior_ratio<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo_spheroids), function(x){
  print(x)
  converted<-as.numeric(round(GSE141256_beta_VeryVariable[,x]*1000,0))
  counts<-rep(1000, length(converted))
  res = em(converted, counts, .41, .31, .27, 0.01, .1, .1, .90, .03, .5, .05)
  passage_threshold_params(converted, counts, res)
})
## [1] 1
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311085.51       0.57       0.31       0.10       0.02       0.14
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.49       0.05
##  [1] -305948.55       0.60       0.31       0.06       0.03       0.16
##  [7]       0.08       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305335.19       0.61       0.31       0.05       0.04       0.16
##  [7]       0.09       0.83       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305097.01       0.61       0.31       0.04       0.04       0.17
##  [7]       0.09       0.82       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304965.92       0.60       0.31       0.04       0.05       0.17
##  [7]       0.09       0.81       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304874.34       0.60       0.31       0.04       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304799.70       0.59       0.31       0.03       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304732.55       0.58       0.32       0.03       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304671.13       0.58       0.32       0.03       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304613.31       0.57       0.32       0.03       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304558.62       0.56       0.32       0.03       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304505.89       0.55       0.32       0.04       0.09       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304454.00       0.55       0.32       0.04       0.09       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304401.89       0.54       0.33       0.04       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304348.74       0.53       0.33       0.04       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304293.70       0.53       0.33       0.04       0.11       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304236.35       0.52       0.33       0.04       0.11       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304176.66       0.51       0.33       0.04       0.11       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304114.64       0.50       0.33       0.05       0.12       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304050.57       0.50       0.33       0.05       0.12       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303984.85       0.49       0.33       0.05       0.13       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303917.95       0.48       0.33       0.05       0.13       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303850.35       0.48       0.33       0.05       0.14       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303782.63       0.47       0.33       0.06       0.14       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303715.07       0.46       0.33       0.06       0.14       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303648.12       0.46       0.33       0.06       0.15       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303582.12       0.45       0.33       0.06       0.15       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303517.31       0.44       0.33       0.06       0.16       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303453.87       0.44       0.33       0.07       0.16       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303391.95       0.43       0.33       0.07       0.17       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303331.61       0.42       0.33       0.07       0.17       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303272.89       0.42       0.33       0.07       0.18       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303215.79       0.41       0.33       0.08       0.18       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303160.29       0.41       0.33       0.08       0.19       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303106.37       0.40       0.33       0.08       0.19       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303053.96       0.39       0.33       0.08       0.19       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303003.03       0.39       0.33       0.08       0.20       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.46       0.06
##  [1] -302953.51       0.38       0.33       0.09       0.20       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.46       0.07
##  [1] -302905.35       0.37       0.33       0.09       0.21       0.15
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.46       0.07
##  [1] -302858.51       0.37       0.33       0.09       0.21       0.15
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.46       0.07
##  [1] -302812.93       0.36       0.33       0.09       0.22       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302768.58       0.36       0.33       0.09       0.22       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302725.40       0.35       0.33       0.10       0.23       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302683.28       0.34       0.33       0.10       0.23       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302642.48       0.34       0.33       0.10       0.24       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302602.87       0.33       0.33       0.10       0.24       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302564.04       0.33       0.33       0.10       0.24       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302526.27       0.32       0.32       0.11       0.25       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302489.52       0.32       0.32       0.11       0.25       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302453.78       0.31       0.32       0.11       0.26       0.13
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302419.02       0.30       0.32       0.11       0.26       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302385.23       0.30       0.32       0.11       0.27       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302352.39       0.29       0.32       0.12       0.27       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302320.50       0.29       0.32       0.12       0.28       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302289.54       0.28       0.32       0.12       0.28       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302259.52       0.28       0.32       0.12       0.28       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302230.41       0.27       0.31       0.12       0.29       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302202.22       0.27       0.31       0.13       0.29       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302174.95       0.26       0.31       0.13       0.30       0.12
##  [7]       0.06       0.78       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302148.60       0.26       0.31       0.13       0.30       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302123.15       0.25       0.31       0.13       0.31       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302098.62       0.25       0.31       0.13       0.31       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302075.01       0.25       0.31       0.13       0.31       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -302052.33       0.24       0.30       0.14       0.32       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -302030.58       0.24       0.30       0.14       0.32       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -302009.77       0.23       0.30       0.14       0.33       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301989.90       0.23       0.30       0.14       0.33       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301970.99       0.22       0.30       0.14       0.34       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301953.06       0.22       0.30       0.14       0.34       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301936.11       0.22       0.29       0.15       0.34       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301920.15       0.21       0.29       0.15       0.35       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301905.21       0.21       0.29       0.15       0.35       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301891.31       0.21       0.29       0.15       0.36       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301878.45       0.20       0.29       0.15       0.36       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301866.67       0.20       0.28       0.15       0.36       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301855.98       0.19       0.28       0.16       0.37       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301846.40       0.19       0.28       0.16       0.37       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.07       0.40       0.09
## [1] 2
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -303622.48       0.50       0.36       0.12       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.89       0.04       0.50       0.05
##  [1] -302373.85       0.53       0.36       0.09       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302254.67       0.55       0.35       0.07       0.03       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302180.18       0.56       0.34       0.07       0.03       0.10
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.48       0.04
##  [1] -302093.40       0.57       0.33       0.06       0.04       0.10
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.48       0.04
##  [1] -301988.53       0.57       0.33       0.06       0.04       0.10
##  [7]       0.06       0.88       0.03       0.47       0.04
##  [1] -301867.30       0.58       0.32       0.05       0.05       0.09
##  [7]       0.06       0.89       0.03       0.46       0.04
##  [1] -301732.69       0.58       0.31       0.05       0.05       0.09
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.46       0.05
##  [1] -301587.19       0.59       0.30       0.05       0.06       0.08
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.45       0.05
##  [1] -301436.67       0.59       0.30       0.05       0.07       0.08
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.44       0.05
##  [1] -301289.17       0.59       0.29       0.04       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.43       0.05
##  [1] -301157.36       0.60       0.28       0.04       0.08       0.07
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.42       0.05
##  [1] -301058.14       0.60       0.28       0.04       0.08       0.06
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.41       0.06
##  [1] -301008.44       0.60       0.27       0.04       0.09       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.40       0.06
##  [1] -301016.62       0.60       0.26       0.04       0.10       0.06
##  [7]       0.02       0.91       0.01       0.39       0.06
## [1] 3
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -297427.38       0.44       0.41       0.14       0.01       0.09
##  [7]       0.06       0.89       0.03       0.51       0.04
##  [1] -294092.21       0.44       0.42       0.12       0.02       0.08
##  [7]       0.04       0.89       0.03       0.52       0.03
##  [1] -293033.54       0.45       0.42       0.11       0.02       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.52       0.03
##  [1] -292670.48       0.46       0.41       0.10       0.03       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.52       0.03
##  [1] -292618.05       0.47       0.40       0.10       0.03       0.07
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.52       0.02
##  [1] -292702.09       0.48       0.39       0.10       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -292835.44       0.48       0.38       0.09       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -292976.39       0.48       0.38       0.09       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293106.22       0.49       0.38       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293220.38       0.49       0.38       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293318.79       0.49       0.37       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293403.39       0.49       0.37       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293476.76       0.49       0.37       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293541.33       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293599.03       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293651.24       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293698.99       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293743.32       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293784.76       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293823.99       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293861.34       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293897.06       0.51       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293931.32       0.51       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293964.25       0.51       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293991.80       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -294019.01       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -294045.65       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -294071.60       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294096.80       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294121.24       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294144.88       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294167.73       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294189.79       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294211.07       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294231.59       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294251.36       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294270.40       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294288.73       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294306.37       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294323.34       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294339.67       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294355.38       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294370.50       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294385.06       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294399.07       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294412.68       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294425.71       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294438.33       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294450.48       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294457.76       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
## [1] 4
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -306023.07       0.51       0.35       0.12       0.02       0.12
##  [7]       0.07       0.87       0.03       0.51       0.04
##  [1] -301699.13       0.53       0.36       0.09       0.02       0.12
##  [7]       0.06       0.86       0.03       0.51       0.04
##  [1] -301333.88       0.54       0.35       0.08       0.03       0.11
##  [7]       0.05       0.86       0.03       0.51       0.03
##  [1] -301327.44       0.54       0.35       0.07       0.04       0.11
##  [7]       0.05       0.85       0.03       0.51       0.03
## [1] 5
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -307466.48       0.54       0.31       0.13       0.02       0.13
##  [7]       0.09       0.88       0.04       0.50       0.05
##  [1] -304987.61       0.57       0.30       0.10       0.02       0.14
##  [7]       0.09       0.87       0.04       0.50       0.04
##  [1] -304782.21       0.59       0.30       0.08       0.03       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304723.06       0.60       0.29       0.08       0.04       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304685.51       0.60       0.29       0.07       0.04       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304644.79       0.61       0.28       0.07       0.04       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304594.82       0.61       0.28       0.06       0.05       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304535.02       0.61       0.28       0.06       0.05       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304467.90       0.61       0.27       0.06       0.06       0.13
##  [7]       0.08       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304395.34       0.61       0.27       0.06       0.06       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304319.03       0.61       0.27       0.06       0.06       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304240.08       0.61       0.27       0.06       0.07       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304160.35       0.61       0.27       0.06       0.07       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.47       0.04
##  [1] -304081.09       0.60       0.26       0.06       0.08       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.47       0.05
##  [1] -304003.29       0.60       0.26       0.06       0.08       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.47       0.05
##  [1] -303927.74       0.60       0.26       0.06       0.08       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -303855.10       0.60       0.26       0.06       0.09       0.11
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -303785.89       0.60       0.25       0.06       0.09       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -303720.51       0.60       0.25       0.06       0.09       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.45       0.05
##  [1] -303659.27       0.60       0.25       0.06       0.10       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.45       0.05
##  [1] -303602.03       0.60       0.25       0.06       0.10       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.45       0.06
##  [1] -303549.37       0.59       0.24       0.06       0.10       0.10
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.44       0.06
##  [1] -303501.33       0.59       0.24       0.06       0.11       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.44       0.06
##  [1] -303457.98       0.59       0.24       0.06       0.11       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.44       0.06
##  [1] -303419.23       0.59       0.24       0.06       0.11       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.43       0.06
##  [1] -303385.06       0.59       0.23       0.06       0.12       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.43       0.06
##  [1] -303355.38       0.59       0.23       0.06       0.12       0.09
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.43       0.07
##  [1] -303330.12       0.59       0.23       0.06       0.13       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.42       0.07
##  [1] -303309.20       0.59       0.23       0.06       0.13       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.42       0.07
##  [1] -303292.54       0.58       0.22       0.06       0.13       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.42       0.07
##  [1] -303280.02       0.58       0.22       0.06       0.14       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.41       0.07
##  [1] -303271.65       0.58       0.22       0.06       0.14       0.08
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.41       0.07
## [1] 6
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310847.70       0.57       0.31       0.10       0.02       0.14
##  [7]       0.08       0.87       0.04       0.49       0.05
##  [1] -306015.28       0.60       0.30       0.07       0.03       0.16
##  [7]       0.09       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305389.76       0.61       0.30       0.06       0.03       0.16
##  [7]       0.09       0.83       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305147.68       0.61       0.30       0.05       0.04       0.17
##  [7]       0.09       0.82       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305023.27       0.61       0.30       0.04       0.05       0.17
##  [7]       0.10       0.82       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304944.27       0.61       0.30       0.04       0.05       0.17
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304883.43       0.60       0.30       0.04       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304828.59       0.59       0.30       0.04       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304775.78       0.59       0.30       0.04       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304723.07       0.58       0.31       0.04       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304669.80       0.58       0.31       0.04       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304615.42       0.57       0.31       0.04       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304559.70       0.56       0.31       0.04       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304502.48       0.56       0.31       0.04       0.09       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304443.72       0.55       0.31       0.05       0.09       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304383.30       0.55       0.31       0.05       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304321.27       0.54       0.31       0.05       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.48       0.05
##  [1] -304257.76       0.53       0.31       0.05       0.10       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -304192.96       0.53       0.31       0.05       0.11       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -304127.13       0.52       0.31       0.05       0.11       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -304060.52       0.52       0.31       0.06       0.11       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303993.45       0.51       0.31       0.06       0.12       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303926.25       0.51       0.31       0.06       0.12       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303859.05       0.50       0.31       0.06       0.13       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303792.20       0.49       0.31       0.06       0.13       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303725.92       0.49       0.31       0.07       0.13       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.05
##  [1] -303660.41       0.48       0.31       0.07       0.14       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.05
##  [1] -303595.83       0.48       0.31       0.07       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.05
##  [1] -303532.32       0.47       0.31       0.07       0.15       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303469.98       0.47       0.31       0.07       0.15       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303408.89       0.46       0.31       0.07       0.15       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303349.10       0.46       0.31       0.08       0.16       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303290.66       0.45       0.31       0.08       0.16       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303233.58       0.44       0.31       0.08       0.17       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.45       0.06
##  [1] -303177.89       0.44       0.31       0.08       0.17       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -303123.58       0.43       0.31       0.08       0.17       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -303070.65       0.43       0.31       0.09       0.18       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -303019.10       0.42       0.31       0.09       0.18       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -302968.90       0.42       0.31       0.09       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -302920.06       0.41       0.31       0.09       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -302872.54       0.41       0.31       0.09       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302826.34       0.40       0.30       0.10       0.20       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302781.44       0.40       0.30       0.10       0.20       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302737.82       0.39       0.30       0.10       0.21       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302695.48       0.39       0.30       0.10       0.21       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302654.38       0.38       0.30       0.10       0.21       0.13
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302614.52       0.38       0.30       0.11       0.22       0.13
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302575.88       0.37       0.30       0.11       0.22       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302538.45       0.37       0.30       0.11       0.22       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302502.22       0.36       0.30       0.11       0.23       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302467.17       0.36       0.30       0.11       0.23       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302433.29       0.35       0.30       0.12       0.24       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.07
##  [1] -302400.57       0.35       0.30       0.12       0.24       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.07
##  [1] -302368.99       0.34       0.29       0.12       0.24       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.07
##  [1] -302338.56       0.34       0.29       0.12       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302309.25       0.33       0.29       0.12       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302281.07       0.33       0.29       0.13       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302253.99       0.32       0.29       0.13       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302228.00       0.32       0.29       0.13       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302203.11       0.31       0.29       0.13       0.27       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302179.30       0.31       0.29       0.13       0.27       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302156.56       0.31       0.29       0.13       0.27       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.07
##  [1] -302134.89       0.30       0.28       0.14       0.28       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302114.27       0.30       0.28       0.14       0.28       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302094.70       0.29       0.28       0.14       0.28       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302076.17       0.29       0.28       0.14       0.29       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302058.66       0.29       0.28       0.14       0.29       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302042.19       0.28       0.28       0.15       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302026.72       0.28       0.28       0.15       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302012.27       0.27       0.28       0.15       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301998.81       0.27       0.27       0.15       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301986.34       0.27       0.27       0.15       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301974.85       0.26       0.27       0.15       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301964.34       0.26       0.27       0.16       0.32       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301954.79       0.25       0.27       0.16       0.32       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.08       0.40       0.08
## [1] 7
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -297516.27       0.44       0.43       0.11       0.01       0.09
##  [7]       0.07       0.89       0.04       0.50       0.04
##  [1] -295408.93       0.45       0.45       0.08       0.02       0.08
##  [7]       0.05       0.88       0.04       0.50       0.04
##  [1] -294523.78       0.47       0.44       0.07       0.02       0.07
##  [7]       0.04       0.88       0.04       0.49       0.03
##  [1] -293960.32       0.48       0.42       0.06       0.03       0.06
##  [7]       0.03       0.88       0.04       0.49       0.03
##  [1] -293580.80       0.50       0.41       0.06       0.04       0.06
##  [7]       0.03       0.88       0.04       0.49       0.03
##  [1] -293347.92       0.51       0.40       0.05       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.88       0.03       0.48       0.03
##  [1] -293228.58       0.52       0.39       0.05       0.04       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.48       0.03
##  [1] -293190.18       0.52       0.38       0.05       0.04       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.48       0.03
##  [1] -293202.77       0.53       0.38       0.05       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.47       0.03
##  [1] -293246.23       0.54       0.37       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.47       0.03
##  [1] -293306.40       0.54       0.37       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.47       0.03
##  [1] -293374.42       0.55       0.37       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.47       0.04
##  [1] -293445.25       0.55       0.36       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.47       0.04
##  [1] -293514.92       0.56       0.36       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293581.31       0.56       0.36       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293642.87       0.56       0.36       0.03       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293698.81       0.56       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293748.62       0.57       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.45       0.04
##  [1] -293793.63       0.57       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.45       0.04
##  [1] -293831.26       0.57       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293861.12       0.57       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293883.69       0.57       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293898.68       0.57       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293906.01       0.58       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.44       0.05
## [1] 8
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -303071.09       0.49       0.39       0.10       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.05
##  [1] -301552.47       0.51       0.40       0.07       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.04
##  [1] -301264.26       0.52       0.39       0.06       0.03       0.10
##  [7]       0.07       0.87       0.04       0.48       0.04
##  [1] -301065.21       0.53       0.39       0.05       0.03       0.10
##  [7]       0.07       0.87       0.04       0.48       0.04
##  [1] -300865.68       0.54       0.38       0.04       0.04       0.10
##  [7]       0.06       0.87       0.04       0.47       0.04
##  [1] -300650.36       0.55       0.37       0.04       0.04       0.09
##  [7]       0.06       0.87       0.04       0.47       0.04
##  [1] -300419.55       0.55       0.36       0.04       0.05       0.09
##  [7]       0.05       0.87       0.04       0.46       0.04
##  [1] -300178.29       0.56       0.36       0.03       0.05       0.08
##  [7]       0.05       0.87       0.04       0.45       0.04
##  [1] -299934.09       0.56       0.35       0.03       0.06       0.08
##  [7]       0.05       0.87       0.04       0.44       0.04
##  [1] -299696.22       0.56       0.34       0.03       0.06       0.08
##  [7]       0.04       0.88       0.04       0.43       0.05
##  [1] -299474.82       0.57       0.34       0.03       0.07       0.07
##  [7]       0.04       0.88       0.04       0.42       0.05
##  [1] -299280.12       0.57       0.33       0.03       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.88       0.03       0.41       0.05
##  [1] -299121.15       0.57       0.32       0.03       0.08       0.07
##  [7]       0.03       0.88       0.03       0.40       0.05
##  [1] -299003.93       0.57       0.32       0.02       0.09       0.07
##  [7]       0.03       0.88       0.03       0.40       0.05
##  [1] -298932.07       0.57       0.31       0.02       0.09       0.06
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.39       0.06
##  [1] -298904.97       0.57       0.31       0.02       0.10       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.38       0.06
##  [1] -298918.60       0.57       0.30       0.02       0.10       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.37       0.06
##  [1] -298966.42       0.57       0.30       0.02       0.11       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.36       0.06
##  [1] -299040.60       0.57       0.30       0.02       0.11       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.35       0.06
##  [1] -299133.27       0.57       0.29       0.02       0.12       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.35       0.06
##  [1] -299237.19       0.57       0.29       0.02       0.12       0.06
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##  [1] -299346.19       0.57       0.29       0.02       0.12       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.34       0.07
##  [1] -299455.43       0.56       0.29       0.02       0.13       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.33       0.07
##  [1] -299562.17       0.56       0.28       0.02       0.13       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.33       0.07
##  [1] -299663.57       0.56       0.28       0.02       0.14       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.32       0.07
##  [1] -299758.04       0.56       0.28       0.02       0.14       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.32       0.07
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##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.32       0.08
##  [1] -299923.22       0.56       0.28       0.02       0.14       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.31       0.08
##  [1] -299993.85       0.56       0.28       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.31       0.08
##  [1] -300056.58       0.55       0.27       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.31       0.08
##  [1] -300111.92       0.55       0.27       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.31       0.08
##  [1] -300160.44       0.55       0.27       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300202.80       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300239.66       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300271.68       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300299.50       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300323.16       0.55       0.26       0.02       0.17       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.10
##  [1] -300328.99       0.55       0.26       0.02       0.17       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.10
## [1] 9
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -299808.68       0.47       0.37       0.14       0.02       0.10
##  [7]       0.07       0.89       0.03       0.50       0.04
##  [1] -298144.94       0.49       0.37       0.12       0.02       0.09
##  [7]       0.06       0.88       0.03       0.50       0.03
##  [1] -297790.33       0.51       0.36       0.10       0.03       0.08
##  [7]       0.05       0.88       0.03       0.50       0.03
##  [1] -297712.37       0.51       0.35       0.10       0.04       0.08
##  [7]       0.04       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -297783.45       0.52       0.34       0.09       0.05       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -297920.12       0.52       0.33       0.09       0.06       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -298066.03       0.52       0.33       0.09       0.06       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -298196.63       0.53       0.32       0.09       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.49       0.02
##  [1] -298300.64       0.53       0.32       0.08       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298381.58       0.53       0.32       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298444.72       0.53       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298495.04       0.53       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
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##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298570.72       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298601.11       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298629.02       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298655.60       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298681.39       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298706.72       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298732.69       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298758.24       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298783.41       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298808.96       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298833.33       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298854.48       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298878.50       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298902.03       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298925.06       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298947.58       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298969.57       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298991.02       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299011.91       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299032.24       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299052.01       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299071.19       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299089.81       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299107.85       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299125.33       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299142.25       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299158.87       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299174.67       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299189.94       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299204.85       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299219.10       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299232.86       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299246.19       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299259.03       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299271.44       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299283.43       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299295.02       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299306.21       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299313.65       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
## [1] 10
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -306350.83       0.54       0.32       0.12       0.02       0.12
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.50       0.04
##  [1] -303222.66       0.57       0.31       0.09       0.03       0.12
##  [7]       0.06       0.87       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302832.98       0.59       0.30       0.07       0.04       0.12
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.50       0.03
##  [1] -302570.82       0.60       0.29       0.06       0.05       0.11
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.50       0.03
##  [1] -302329.92       0.60       0.28       0.06       0.06       0.10
##  [7]       0.04       0.86       0.05       0.49       0.03
##  [1] -302107.37       0.61       0.28       0.05       0.07       0.10
##  [7]       0.04       0.85       0.05       0.49       0.03
##  [1] -301916.64       0.61       0.27       0.05       0.07       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.48       0.03
##  [1] -301764.54       0.60       0.26       0.05       0.08       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.48       0.03
##  [1] -301646.18       0.60       0.26       0.05       0.09       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.48       0.04
##  [1] -301550.64       0.60       0.26       0.05       0.09       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301468.67       0.60       0.25       0.05       0.10       0.09
##  [7]       0.02       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301395.07       0.60       0.25       0.05       0.10       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301327.35       0.60       0.25       0.04       0.11       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301266.66       0.59       0.25       0.04       0.11       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.04
##  [1] -301211.98       0.59       0.25       0.04       0.11       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.04
##  [1] -301163.73       0.59       0.25       0.04       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301121.81       0.59       0.25       0.05       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301085.97       0.58       0.25       0.05       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301056.16       0.58       0.25       0.05       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301031.88       0.58       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301012.68       0.57       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -300998.10       0.57       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -300987.75       0.57       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.06
##  [1] -300981.58       0.56       0.25       0.05       0.14       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.06
## [1] 11
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311842.21       0.58       0.22       0.18       0.02       0.17
##  [7]       0.08       0.87       0.03       0.50       0.05
##  [1] -305363.37       0.62       0.20       0.15       0.03       0.19
##  [7]       0.08       0.86       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304695.03       0.63       0.19       0.14       0.03       0.20
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304553.07       0.64       0.19       0.14       0.04       0.21
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304531.84       0.64       0.19       0.14       0.04       0.21
##  [7]       0.09       0.84       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304537.92       0.64       0.18       0.14       0.04       0.22
##  [7]       0.09       0.84       0.03       0.52       0.05
## [1] 12
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310478.08       0.56       0.24       0.18       0.02       0.16
##  [7]       0.08       0.87       0.03       0.50       0.05
##  [1] -304904.07       0.60       0.22       0.16       0.02       0.17
##  [7]       0.08       0.86       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304424.46       0.62       0.21       0.15       0.03       0.18
##  [7]       0.08       0.85       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304342.55       0.62       0.20       0.14       0.03       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304336.90       0.62       0.20       0.14       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
## [1] 13
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310838.56       0.55       0.35       0.08       0.02       0.14
##  [7]       0.07       0.85       0.04       0.50       0.05
##  [1] -304726.22       0.56       0.36       0.05       0.02       0.14
##  [7]       0.07       0.83       0.04       0.49       0.05
##  [1] -303851.21       0.56       0.37       0.04       0.03       0.14
##  [7]       0.07       0.81       0.04       0.49       0.04
##  [1] -303476.14       0.56       0.37       0.03       0.03       0.15
##  [7]       0.07       0.80       0.04       0.49       0.04
##  [1] -303287.72       0.56       0.37       0.03       0.04       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -303194.63       0.55       0.37       0.03       0.05       0.15
##  [7]       0.07       0.78       0.03       0.49       0.04
##  [1] -303153.95       0.54       0.38       0.03       0.05       0.15
##  [7]       0.07       0.77       0.03       0.49       0.04
##  [1] -303140.42       0.53       0.38       0.03       0.06       0.15
##  [7]       0.07       0.76       0.03       0.49       0.04
##  [1] -303137.84       0.52       0.38       0.03       0.06       0.15
##  [7]       0.07       0.76       0.03       0.49       0.04
## [1] 14
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311367.14       0.59       0.29       0.10       0.02       0.15
##  [7]       0.08       0.87       0.04       0.49       0.04
##  [1] -306508.04       0.63       0.28       0.07       0.03       0.17
##  [7]       0.09       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305944.44       0.63       0.27       0.05       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.84       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305731.25       0.63       0.27       0.04       0.05       0.18
##  [7]       0.10       0.83       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305609.06       0.63       0.27       0.04       0.06       0.19
##  [7]       0.10       0.82       0.05       0.49       0.03
##  [1] -305515.88       0.62       0.28       0.03       0.07       0.19
##  [7]       0.10       0.81       0.05       0.49       0.03
##  [1] -305434.14       0.62       0.28       0.03       0.07       0.19
##  [7]       0.11       0.81       0.05       0.49       0.03
##  [1] -305357.89       0.61       0.28       0.03       0.08       0.19
##  [7]       0.11       0.80       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305287.57       0.60       0.28       0.03       0.08       0.19
##  [7]       0.11       0.80       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305223.51       0.59       0.29       0.03       0.09       0.19
##  [7]       0.11       0.79       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305165.60       0.59       0.29       0.03       0.09       0.19
##  [7]       0.11       0.79       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305113.03       0.58       0.29       0.03       0.10       0.19
##  [7]       0.11       0.79       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305064.98       0.57       0.29       0.03       0.10       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305020.00       0.57       0.29       0.03       0.11       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304976.89       0.56       0.29       0.03       0.11       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304934.62       0.56       0.29       0.04       0.11       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304892.37       0.55       0.30       0.04       0.12       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304849.56       0.55       0.30       0.04       0.12       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304805.87       0.54       0.30       0.04       0.12       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304761.20       0.53       0.30       0.04       0.13       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304715.46       0.53       0.30       0.04       0.13       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304668.83       0.52       0.30       0.04       0.14       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304621.58       0.52       0.30       0.05       0.14       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.49       0.05
##  [1] -304573.96       0.51       0.30       0.05       0.14       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304526.27       0.51       0.30       0.05       0.15       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304478.81       0.50       0.30       0.05       0.15       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304431.83       0.50       0.30       0.05       0.15       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304385.58       0.49       0.30       0.05       0.16       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304340.24       0.49       0.30       0.06       0.16       0.18
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304295.97       0.48       0.30       0.06       0.16       0.18
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304252.89       0.47       0.30       0.06       0.17       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304211.06       0.47       0.30       0.06       0.17       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304170.54       0.46       0.30       0.06       0.18       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304131.35       0.46       0.30       0.06       0.18       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304093.49       0.45       0.30       0.07       0.18       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304056.93       0.45       0.30       0.07       0.19       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304021.67       0.44       0.30       0.07       0.19       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303987.66       0.44       0.30       0.07       0.20       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303954.86       0.43       0.30       0.07       0.20       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303923.25       0.43       0.30       0.07       0.20       0.16
##  [7]       0.08       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303892.79       0.42       0.30       0.08       0.21       0.16
##  [7]       0.08       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303863.43       0.41       0.30       0.08       0.21       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303835.16       0.41       0.30       0.08       0.22       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303807.92       0.40       0.30       0.08       0.22       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303781.71       0.40       0.30       0.08       0.22       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303756.49       0.39       0.30       0.08       0.23       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303732.24       0.39       0.29       0.09       0.23       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.07
##  [1] -303708.95       0.38       0.29       0.09       0.24       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.46       0.07
##  [1] -303686.59       0.38       0.29       0.09       0.24       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303665.15       0.37       0.29       0.09       0.24       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303644.61       0.37       0.29       0.09       0.25       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303624.97       0.36       0.29       0.09       0.25       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303606.20       0.36       0.29       0.10       0.26       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303588.32       0.35       0.29       0.10       0.26       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303571.29       0.35       0.29       0.10       0.27       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303555.13       0.34       0.29       0.10       0.27       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303539.81       0.34       0.29       0.10       0.27       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303525.34       0.33       0.29       0.10       0.28       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303511.70       0.33       0.29       0.10       0.28       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303498.90       0.32       0.29       0.11       0.29       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303486.93       0.32       0.28       0.11       0.29       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303475.77       0.31       0.28       0.11       0.29       0.14
##  [7]       0.06       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303465.39       0.31       0.28       0.11       0.30       0.14
##  [7]       0.06       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303455.99       0.30       0.28       0.11       0.30       0.14
##  [7]       0.06       0.79       0.07       0.45       0.08
## [1] 15
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -304260.30       0.48       0.37       0.13       0.02       0.12
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.52       0.04
##  [1] -298586.99       0.48       0.40       0.10       0.02       0.12
##  [7]       0.04       0.89       0.02       0.53       0.03
##  [1] -298261.24       0.48       0.40       0.09       0.03       0.12
##  [7]       0.04       0.89       0.02       0.54       0.02
##  [1] -298537.67       0.48       0.40       0.08       0.04       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.54       0.02
##  [1] -298927.23       0.48       0.39       0.08       0.05       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.54       0.02
##  [1] -299283.10       0.47       0.39       0.08       0.06       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299538.90       0.46       0.39       0.08       0.07       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.01
##  [1] -299694.44       0.45       0.40       0.08       0.07       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.01
##  [1] -299770.21       0.44       0.40       0.08       0.08       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299791.05       0.44       0.40       0.08       0.08       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299770.83       0.43       0.40       0.08       0.09       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299727.48       0.43       0.40       0.08       0.09       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299663.68       0.42       0.41       0.08       0.09       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299595.99       0.42       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299531.53       0.41       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299466.28       0.41       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299402.25       0.40       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299333.04       0.40       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299268.14       0.40       0.41       0.08       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299207.11       0.39       0.41       0.08       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299149.68       0.39       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299095.49       0.39       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299044.34       0.38       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298995.91       0.38       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298950.74       0.38       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298907.98       0.37       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298867.30       0.37       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298828.29       0.37       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298791.10       0.36       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298755.52       0.36       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298721.72       0.36       0.43       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298689.39       0.36       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298658.68       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298629.23       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298601.22       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298574.27       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298548.61       0.34       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298523.87       0.34       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298500.29       0.34       0.43       0.10       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298477.51       0.34       0.43       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298455.80       0.33       0.43       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298434.76       0.33       0.43       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298414.63       0.33       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298395.37       0.33       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298376.66       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298358.74       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298341.61       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298324.91       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298308.95       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298293.71       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298278.82       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298264.58       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298251.01       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298237.70       0.30       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298224.97       0.30       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298212.88       0.30       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298200.98       0.30       0.45       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298189.61       0.29       0.45       0.10       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298178.85       0.29       0.45       0.10       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298168.21       0.29       0.45       0.11       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298158.08       0.29       0.45       0.11       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298148.38       0.29       0.45       0.11       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.55       0.04
## [1] 16
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -301792.35       0.46       0.40       0.12       0.02       0.11
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.51       0.04
##  [1] -296155.02       0.46       0.42       0.10       0.02       0.11
##  [7]       0.04       0.89       0.02       0.52       0.03
##  [1] -295579.08       0.46       0.42       0.08       0.03       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -295786.75       0.46       0.42       0.08       0.04       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -296133.97       0.45       0.42       0.08       0.05       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -296440.38       0.45       0.42       0.07       0.06       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.01       0.53       0.01
##  [1] -296646.29       0.44       0.42       0.07       0.07       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.01       0.53       0.01
##  [1] -296757.56       0.43       0.42       0.07       0.08       0.10
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.53       0.01
##  [1] -296798.70       0.42       0.42       0.07       0.08       0.10
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.54       0.01
##  [1] -296794.64       0.42       0.42       0.07       0.09       0.10
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.54       0.02
## [1] 17
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -309481.14       0.54       0.36       0.09       0.02       0.13
##  [7]       0.07       0.86       0.03       0.50       0.05
##  [1] -304083.67       0.55       0.37       0.06       0.02       0.13
##  [7]       0.07       0.84       0.04       0.50       0.05
##  [1] -303338.98       0.56       0.37       0.05       0.03       0.13
##  [7]       0.07       0.82       0.04       0.50       0.04
##  [1] -303006.73       0.56       0.37       0.04       0.03       0.13
##  [7]       0.07       0.81       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302810.64       0.56       0.37       0.04       0.04       0.13
##  [7]       0.07       0.80       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302676.00       0.55       0.36       0.04       0.04       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302570.20       0.55       0.36       0.04       0.05       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302477.70       0.54       0.36       0.04       0.05       0.13
##  [7]       0.07       0.78       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302389.45       0.54       0.36       0.04       0.06       0.13
##  [7]       0.07       0.78       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302300.40       0.53       0.36       0.04       0.06       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.04       0.49       0.05
##  [1] -302207.88       0.53       0.36       0.04       0.07       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.04       0.49       0.05
##  [1] -302110.71       0.52       0.36       0.04       0.07       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -302008.69       0.51       0.36       0.04       0.08       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.48       0.05
##  [1] -301902.16       0.51       0.36       0.04       0.08       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.48       0.05
##  [1] -301792.37       0.50       0.37       0.04       0.09       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.05
##  [1] -301679.08       0.49       0.37       0.05       0.09       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.05
##  [1] -301563.53       0.49       0.37       0.05       0.10       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.06
##  [1] -301446.54       0.48       0.37       0.05       0.10       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.06
##  [1] -301328.86       0.47       0.37       0.05       0.11       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.46       0.06
##  [1] -301211.16       0.47       0.37       0.05       0.11       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.46       0.06
##  [1] -301094.03       0.46       0.37       0.06       0.12       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.46       0.06
##  [1] -300977.99       0.45       0.37       0.06       0.12       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.45       0.06
##  [1] -300863.50       0.45       0.36       0.06       0.13       0.12
##  [7]       0.06       0.75       0.04       0.45       0.06
##  [1] -300750.95       0.44       0.36       0.06       0.13       0.12
##  [7]       0.06       0.75       0.04       0.45       0.06
##  [1] -300640.68       0.43       0.36       0.06       0.14       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.45       0.07
##  [1] -300532.96       0.43       0.36       0.07       0.14       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.44       0.07
##  [1] -300428.03       0.42       0.36       0.07       0.15       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.44       0.07
##  [1] -300326.08       0.41       0.36       0.07       0.15       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.44       0.07
##  [1] -300227.21       0.41       0.36       0.07       0.16       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.05       0.44       0.07
##  [1] -300131.51       0.40       0.36       0.08       0.16       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -300039.01       0.39       0.36       0.08       0.17       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -299949.72       0.39       0.36       0.08       0.17       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -299863.58       0.38       0.36       0.08       0.18       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -299780.54       0.37       0.36       0.09       0.18       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299700.50       0.37       0.36       0.09       0.19       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299623.36       0.36       0.36       0.09       0.19       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299549.01       0.35       0.36       0.09       0.20       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299477.32       0.35       0.36       0.10       0.20       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299408.16       0.34       0.36       0.10       0.20       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.05       0.41       0.08
##  [1] -299341.43       0.34       0.35       0.10       0.21       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299277.00       0.33       0.35       0.10       0.21       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299214.76       0.32       0.35       0.11       0.22       0.11
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299154.60       0.32       0.35       0.11       0.22       0.11
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299096.42       0.31       0.35       0.11       0.23       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.08
##  [1] -299040.13       0.31       0.35       0.11       0.23       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298985.65       0.30       0.35       0.11       0.24       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298932.91       0.30       0.35       0.12       0.24       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298881.78       0.29       0.35       0.12       0.24       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298832.25       0.28       0.35       0.12       0.25       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298784.24       0.28       0.34       0.12       0.25       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.39       0.09
##  [1] -298737.69       0.27       0.34       0.13       0.26       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.39       0.09
##  [1] -298692.57       0.27       0.34       0.13       0.26       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.39       0.09
##  [1] -298648.81       0.26       0.34       0.13       0.27       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.39       0.09
##  [1] -298606.38       0.26       0.34       0.13       0.27       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.39       0.09
##  [1] -298565.23       0.25       0.34       0.14       0.27       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.39       0.09
##  [1] -298525.34       0.25       0.34       0.14       0.28       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.09
##  [1] -298486.67       0.24       0.33       0.14       0.28       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.09
##  [1] -298449.18       0.24       0.33       0.14       0.29       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298412.86       0.23       0.33       0.14       0.29       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298377.68       0.23       0.33       0.15       0.29       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298343.61       0.22       0.33       0.15       0.30       0.09
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298310.63       0.22       0.33       0.15       0.30       0.09
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298278.73       0.22       0.33       0.15       0.30       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298247.89       0.21       0.32       0.16       0.31       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298218.09       0.21       0.32       0.16       0.31       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298189.31       0.20       0.32       0.16       0.32       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298161.55       0.20       0.32       0.16       0.32       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
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##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298109.01       0.19       0.32       0.17       0.33       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298084.22       0.19       0.31       0.17       0.33       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298060.39       0.18       0.31       0.17       0.33       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298037.51       0.18       0.31       0.17       0.34       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298015.59       0.18       0.31       0.17       0.34       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.11
##  [1] -297994.59       0.17       0.31       0.17       0.34       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.11
##  [1] -297974.52       0.17       0.31       0.18       0.35       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.11
##  [1] -297955.36       0.17       0.30       0.18       0.35       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297937.11       0.16       0.30       0.18       0.35       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297919.74       0.16       0.30       0.18       0.36       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297903.26       0.16       0.30       0.18       0.36       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297887.64       0.15       0.30       0.19       0.36       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297872.87       0.15       0.30       0.19       0.37       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297858.94       0.15       0.29       0.19       0.37       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297845.87       0.14       0.29       0.19       0.37       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.34       0.11
##  [1] -297833.59       0.14       0.29       0.19       0.38       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.34       0.11
##  [1] -297822.09       0.14       0.29       0.19       0.38       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.34       0.11
##  [1] -297811.37       0.14       0.29       0.20       0.38       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.09       0.34       0.11
##  [1] -297801.42       0.13       0.28       0.20       0.39       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.09       0.34       0.11
## [1] 18
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311807.78       0.60       0.17       0.21       0.02       0.18
##  [7]       0.09       0.87       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304834.24       0.64       0.14       0.19       0.03       0.21
##  [7]       0.09       0.86       0.03       0.52       0.04
##  [1] -303870.04       0.65       0.13       0.18       0.04       0.23
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
##  [1] -303596.08       0.65       0.12       0.18       0.05       0.25
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.53       0.04
##  [1] -303525.30       0.65       0.12       0.18       0.05       0.26
##  [7]       0.10       0.84       0.03       0.53       0.04
##  [1] -303524.78       0.65       0.11       0.18       0.06       0.27
##  [7]       0.10       0.84       0.03       0.54       0.04
## [1] 19
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310381.92       0.57       0.22       0.19       0.02       0.16
##  [7]       0.08       0.87       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304637.76       0.61       0.20       0.17       0.03       0.17
##  [7]       0.08       0.86       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304139.37       0.62       0.19       0.16       0.03       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304058.12       0.63       0.18       0.15       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
##  [1] -304054.93       0.63       0.18       0.15       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
## [1] 20
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -309725.76       0.56       0.33       0.09       0.02       0.14
##  [7]       0.08       0.87       0.04       0.49       0.05
##  [1] -305601.97       0.58       0.33       0.06       0.03       0.15
##  [7]       0.09       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305155.51       0.59       0.33       0.05       0.03       0.15
##  [7]       0.09       0.84       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305002.51       0.59       0.34       0.04       0.04       0.16
##  [7]       0.09       0.83       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304921.26       0.58       0.34       0.03       0.05       0.16
##  [7]       0.09       0.82       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304857.31       0.58       0.34       0.03       0.05       0.16
##  [7]       0.10       0.82       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304794.19       0.57       0.34       0.03       0.06       0.16
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304726.39       0.57       0.34       0.03       0.06       0.16
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304654.74       0.56       0.35       0.03       0.07       0.16
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304580.82       0.55       0.35       0.03       0.07       0.16
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304506.00       0.55       0.35       0.03       0.08       0.16
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304431.36       0.54       0.35       0.03       0.08       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304357.49       0.54       0.35       0.03       0.09       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304284.58       0.53       0.35       0.03       0.09       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304212.59       0.53       0.35       0.03       0.09       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304141.26       0.52       0.35       0.03       0.10       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304070.49       0.52       0.35       0.03       0.10       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.05
##  [1] -304000.17       0.51       0.35       0.03       0.10       0.15
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303929.91       0.51       0.35       0.03       0.11       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303859.77       0.50       0.35       0.03       0.11       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303789.83       0.50       0.35       0.04       0.12       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303720.16       0.49       0.35       0.04       0.12       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303650.95       0.49       0.35       0.04       0.12       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303582.27       0.48       0.35       0.04       0.13       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303514.34       0.48       0.35       0.04       0.13       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303447.35       0.47       0.35       0.04       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303381.43       0.47       0.35       0.04       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303316.72       0.47       0.35       0.04       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303253.34       0.46       0.35       0.05       0.15       0.14
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303191.36       0.46       0.35       0.05       0.15       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303130.85       0.45       0.35       0.05       0.15       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303071.85       0.45       0.35       0.05       0.16       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303014.37       0.44       0.35       0.05       0.16       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -302958.40       0.44       0.34       0.05       0.17       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -302903.93       0.43       0.34       0.05       0.17       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -302850.94       0.43       0.34       0.06       0.18       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.07
##  [1] -302799.38       0.42       0.34       0.06       0.18       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.45       0.07
##  [1] -302749.22       0.42       0.34       0.06       0.18       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.05       0.45       0.07
##  [1] -302700.41       0.41       0.34       0.06       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.05       0.45       0.07
##  [1] -302652.91       0.41       0.34       0.06       0.19       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302606.67       0.40       0.34       0.06       0.20       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302561.65       0.40       0.34       0.06       0.20       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302517.81       0.39       0.34       0.07       0.20       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302475.10       0.39       0.34       0.07       0.21       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302433.50       0.38       0.34       0.07       0.21       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302392.95       0.38       0.33       0.07       0.22       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302353.44       0.37       0.33       0.07       0.22       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302314.94       0.37       0.33       0.07       0.23       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302277.40       0.36       0.33       0.07       0.23       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302240.82       0.36       0.33       0.08       0.23       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302205.13       0.35       0.33       0.08       0.24       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302170.50       0.35       0.33       0.08       0.24       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302136.90       0.35       0.33       0.08       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302103.85       0.34       0.33       0.08       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302071.68       0.34       0.32       0.08       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302040.37       0.33       0.32       0.08       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302009.90       0.33       0.32       0.09       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -301980.26       0.32       0.32       0.09       0.27       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -301951.43       0.32       0.32       0.09       0.27       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -301923.42       0.32       0.32       0.09       0.28       0.11
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.42       0.08
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##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.42       0.08
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##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.42       0.09
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##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301819.37       0.30       0.31       0.10       0.29       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301795.35       0.29       0.31       0.10       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301772.13       0.29       0.31       0.10       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301749.71       0.29       0.31       0.10       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
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##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301707.33       0.28       0.30       0.10       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301687.37       0.28       0.30       0.10       0.32       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301668.26       0.27       0.30       0.11       0.32       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301649.99       0.27       0.30       0.11       0.33       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301632.60       0.26       0.30       0.11       0.33       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301616.09       0.26       0.30       0.11       0.33       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301600.48       0.26       0.29       0.11       0.34       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301585.80       0.25       0.29       0.11       0.34       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301572.07       0.25       0.29       0.11       0.35       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301559.31       0.25       0.29       0.11       0.35       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301547.54       0.24       0.29       0.12       0.35       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301536.80       0.24       0.28       0.12       0.36       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301527.12       0.24       0.28       0.12       0.36       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
## [1] 21
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -304640.77       0.51       0.35       0.12       0.02       0.11
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.50       0.04
##  [1] -301891.31       0.54       0.34       0.09       0.02       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.50       0.04
##  [1] -301332.16       0.56       0.33       0.08       0.03       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.50       0.04
##  [1] -300924.66       0.57       0.32       0.07       0.04       0.09
##  [7]       0.05       0.85       0.04       0.50       0.04
##  [1] -300555.26       0.58       0.31       0.06       0.05       0.09
##  [7]       0.04       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -300221.28       0.59       0.30       0.06       0.05       0.08
##  [7]       0.03       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -299937.50       0.59       0.29       0.06       0.06       0.08
##  [7]       0.03       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -299711.53       0.60       0.29       0.05       0.06       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -299536.08       0.60       0.28       0.05       0.07       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -299396.34       0.60       0.28       0.05       0.07       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.47       0.04
##  [1] -299276.59       0.60       0.27       0.05       0.08       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.47       0.05
##  [1] -299169.04       0.60       0.27       0.05       0.08       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -299070.20       0.60       0.27       0.05       0.08       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -298979.25       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -298896.89       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298822.85       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298757.46       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298700.67       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298652.25       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298611.78       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298578.69       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298552.37       0.58       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298532.87       0.58       0.27       0.05       0.11       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298518.79       0.58       0.27       0.05       0.11       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.08
##  [1] -298509.59       0.57       0.27       0.05       0.11       0.07
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.44       0.08
GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max<-F
GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max[which(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_prior_ratio>1)]<-T

percent_passing<-round((tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, sum)/tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$geo_accession, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, length))*100,2)
passed_num<-tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, sum)
org_numer<-tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$geo_accession, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, length)

df<-data.frame(passage=names(percent_passing), passing=percent_passing, pro_passing=percent_passing/100, count=org_numer, passed_num=passed_num)
df<-cbind(df,(binom.confint(df$passed_num, df$count, method="exact", conf.level=0.95)))
df$upper<-df$upper*100
df$lower<-df$lower*100

print(df)
##    passage passing pro_passing count passed_num method x n      mean
## 2        2    0.00      0.0000     1          0  exact 0 1 0.0000000
## 3        3   37.50      0.3750     8          3  exact 3 8 0.3750000
## 4        4    0.00      0.0000     4          0  exact 0 4 0.0000000
## 5        5    0.00      0.0000     1          0  exact 0 1 0.0000000
## 7        7   66.67      0.6667     6          4  exact 4 6 0.6666667
## 11      11    0.00      0.0000     1          0  exact 0 1 0.0000000
##        lower    upper
## 2   0.000000 97.50000
## 3   8.523341 75.51368
## 4   0.000000 60.23646
## 5   0.000000 97.50000
## 7  22.277810 95.67281
## 11  0.000000 97.50000
ggplot(df, aes(as.numeric(as.character(passage)), passing))+
  geom_errorbar(aes(ymin=lower, ymax=upper), colour="grey70", width=.25)+
  geom_line(color="grey20")+geom_point(size=1.25,shape=21,color="black",aes(fill=passage))+xlab("Passage")+
  ylab("Samples with Trimodal\nDistribution (%)")+theme_bw()+theme(axis.title = element_text(size=10))+
  scale_fill_manual(values=c("#5E4FA2", "#D53E4F", "#F46D43", "#FEE08B", "#ABDDA4","#4CA5B1"),name="Passage\nNumber", guide=F)+
  scale_x_continuous(breaks=c(2,3,4,5,7,11))

ggsave(here("figs","GSE141256_Mixture_model_ratio_threshold_maximize.pdf"), width=3, height=2)

Plot all samples

plts_paired<-lapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo_spheroids), function(x){#1:nrow(epic.organoid)
  print(x)
  passage<-paste("passage: ",GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric[x],"\nIndividual: ", GSE141256_meta_combo_spheroids$Sample.ID[x],"\nRatio I/H: ",round(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_prior_ratio[x],2), sep="")
  converted<-as.numeric(round(GSE141256_beta_VeryVariable[,x]*1000,0))
  counts<-rep(1000, length(converted))
  res = em(converted, counts, .41, .31, .27, 0.01, .1, .1, .90, .03, .5, .05)
  draw_fit_params_gg(converted, counts, res,passage)
})
## [1] 1
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311085.51       0.57       0.31       0.10       0.02       0.14
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.49       0.05
##  [1] -305948.55       0.60       0.31       0.06       0.03       0.16
##  [7]       0.08       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305335.19       0.61       0.31       0.05       0.04       0.16
##  [7]       0.09       0.83       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305097.01       0.61       0.31       0.04       0.04       0.17
##  [7]       0.09       0.82       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304965.92       0.60       0.31       0.04       0.05       0.17
##  [7]       0.09       0.81       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304874.34       0.60       0.31       0.04       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304799.70       0.59       0.31       0.03       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304732.55       0.58       0.32       0.03       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304671.13       0.58       0.32       0.03       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304613.31       0.57       0.32       0.03       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304558.62       0.56       0.32       0.03       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304505.89       0.55       0.32       0.04       0.09       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304454.00       0.55       0.32       0.04       0.09       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304401.89       0.54       0.33       0.04       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304348.74       0.53       0.33       0.04       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304293.70       0.53       0.33       0.04       0.11       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304236.35       0.52       0.33       0.04       0.11       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304176.66       0.51       0.33       0.04       0.11       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304114.64       0.50       0.33       0.05       0.12       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304050.57       0.50       0.33       0.05       0.12       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303984.85       0.49       0.33       0.05       0.13       0.17
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303917.95       0.48       0.33       0.05       0.13       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303850.35       0.48       0.33       0.05       0.14       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303782.63       0.47       0.33       0.06       0.14       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303715.07       0.46       0.33       0.06       0.14       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303648.12       0.46       0.33       0.06       0.15       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303582.12       0.45       0.33       0.06       0.15       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303517.31       0.44       0.33       0.06       0.16       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303453.87       0.44       0.33       0.07       0.16       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303391.95       0.43       0.33       0.07       0.17       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303331.61       0.42       0.33       0.07       0.17       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303272.89       0.42       0.33       0.07       0.18       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303215.79       0.41       0.33       0.08       0.18       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303160.29       0.41       0.33       0.08       0.19       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303106.37       0.40       0.33       0.08       0.19       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303053.96       0.39       0.33       0.08       0.19       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303003.03       0.39       0.33       0.08       0.20       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.46       0.06
##  [1] -302953.51       0.38       0.33       0.09       0.20       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.46       0.07
##  [1] -302905.35       0.37       0.33       0.09       0.21       0.15
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.46       0.07
##  [1] -302858.51       0.37       0.33       0.09       0.21       0.15
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.46       0.07
##  [1] -302812.93       0.36       0.33       0.09       0.22       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302768.58       0.36       0.33       0.09       0.22       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302725.40       0.35       0.33       0.10       0.23       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302683.28       0.34       0.33       0.10       0.23       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302642.48       0.34       0.33       0.10       0.24       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302602.87       0.33       0.33       0.10       0.24       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302564.04       0.33       0.33       0.10       0.24       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302526.27       0.32       0.32       0.11       0.25       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302489.52       0.32       0.32       0.11       0.25       0.14
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302453.78       0.31       0.32       0.11       0.26       0.13
##  [7]       0.07       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302419.02       0.30       0.32       0.11       0.26       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302385.23       0.30       0.32       0.11       0.27       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302352.39       0.29       0.32       0.12       0.27       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302320.50       0.29       0.32       0.12       0.28       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302289.54       0.28       0.32       0.12       0.28       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302259.52       0.28       0.32       0.12       0.28       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302230.41       0.27       0.31       0.12       0.29       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302202.22       0.27       0.31       0.13       0.29       0.13
##  [7]       0.06       0.78       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302174.95       0.26       0.31       0.13       0.30       0.12
##  [7]       0.06       0.78       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302148.60       0.26       0.31       0.13       0.30       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302123.15       0.25       0.31       0.13       0.31       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302098.62       0.25       0.31       0.13       0.31       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.08
##  [1] -302075.01       0.25       0.31       0.13       0.31       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -302052.33       0.24       0.30       0.14       0.32       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -302030.58       0.24       0.30       0.14       0.32       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -302009.77       0.23       0.30       0.14       0.33       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301989.90       0.23       0.30       0.14       0.33       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301970.99       0.22       0.30       0.14       0.34       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301953.06       0.22       0.30       0.14       0.34       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.08
##  [1] -301936.11       0.22       0.29       0.15       0.34       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301920.15       0.21       0.29       0.15       0.35       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301905.21       0.21       0.29       0.15       0.35       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301891.31       0.21       0.29       0.15       0.36       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301878.45       0.20       0.29       0.15       0.36       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301866.67       0.20       0.28       0.15       0.36       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301855.98       0.19       0.28       0.16       0.37       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301846.40       0.19       0.28       0.16       0.37       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.07       0.40       0.09
## [1] 2
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -303622.48       0.50       0.36       0.12       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.89       0.04       0.50       0.05
##  [1] -302373.85       0.53       0.36       0.09       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302254.67       0.55       0.35       0.07       0.03       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302180.18       0.56       0.34       0.07       0.03       0.10
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.48       0.04
##  [1] -302093.40       0.57       0.33       0.06       0.04       0.10
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.48       0.04
##  [1] -301988.53       0.57       0.33       0.06       0.04       0.10
##  [7]       0.06       0.88       0.03       0.47       0.04
##  [1] -301867.30       0.58       0.32       0.05       0.05       0.09
##  [7]       0.06       0.89       0.03       0.46       0.04
##  [1] -301732.69       0.58       0.31       0.05       0.05       0.09
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.46       0.05
##  [1] -301587.19       0.59       0.30       0.05       0.06       0.08
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.45       0.05
##  [1] -301436.67       0.59       0.30       0.05       0.07       0.08
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.44       0.05
##  [1] -301289.17       0.59       0.29       0.04       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.43       0.05
##  [1] -301157.36       0.60       0.28       0.04       0.08       0.07
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.42       0.05
##  [1] -301058.14       0.60       0.28       0.04       0.08       0.06
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.41       0.06
##  [1] -301008.44       0.60       0.27       0.04       0.09       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.40       0.06
##  [1] -301016.62       0.60       0.26       0.04       0.10       0.06
##  [7]       0.02       0.91       0.01       0.39       0.06
## [1] 3
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -297427.38       0.44       0.41       0.14       0.01       0.09
##  [7]       0.06       0.89       0.03       0.51       0.04
##  [1] -294092.21       0.44       0.42       0.12       0.02       0.08
##  [7]       0.04       0.89       0.03       0.52       0.03
##  [1] -293033.54       0.45       0.42       0.11       0.02       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.52       0.03
##  [1] -292670.48       0.46       0.41       0.10       0.03       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.52       0.03
##  [1] -292618.05       0.47       0.40       0.10       0.03       0.07
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.52       0.02
##  [1] -292702.09       0.48       0.39       0.10       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -292835.44       0.48       0.38       0.09       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -292976.39       0.48       0.38       0.09       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293106.22       0.49       0.38       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293220.38       0.49       0.38       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293318.79       0.49       0.37       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293403.39       0.49       0.37       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293476.76       0.49       0.37       0.09       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293541.33       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293599.03       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293651.24       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293698.99       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293743.32       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293784.76       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293823.99       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293861.34       0.50       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293897.06       0.51       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293931.32       0.51       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293964.25       0.51       0.37       0.08       0.05       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -293991.80       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -294019.01       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -294045.65       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.53       0.02
##  [1] -294071.60       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294096.80       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294121.24       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294144.88       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294167.73       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294189.79       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294211.07       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294231.59       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294251.36       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294270.40       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294288.73       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294306.37       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294323.34       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294339.67       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294355.38       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294370.50       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294385.06       0.51       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294399.07       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294412.68       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294425.71       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294438.33       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294450.48       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
##  [1] -294457.76       0.52       0.37       0.08       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.53       0.02
## [1] 4
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -306023.07       0.51       0.35       0.12       0.02       0.12
##  [7]       0.07       0.87       0.03       0.51       0.04
##  [1] -301699.13       0.53       0.36       0.09       0.02       0.12
##  [7]       0.06       0.86       0.03       0.51       0.04
##  [1] -301333.88       0.54       0.35       0.08       0.03       0.11
##  [7]       0.05       0.86       0.03       0.51       0.03
##  [1] -301327.44       0.54       0.35       0.07       0.04       0.11
##  [7]       0.05       0.85       0.03       0.51       0.03
## [1] 5
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -307466.48       0.54       0.31       0.13       0.02       0.13
##  [7]       0.09       0.88       0.04       0.50       0.05
##  [1] -304987.61       0.57       0.30       0.10       0.02       0.14
##  [7]       0.09       0.87       0.04       0.50       0.04
##  [1] -304782.21       0.59       0.30       0.08       0.03       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304723.06       0.60       0.29       0.08       0.04       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304685.51       0.60       0.29       0.07       0.04       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304644.79       0.61       0.28       0.07       0.04       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304594.82       0.61       0.28       0.06       0.05       0.14
##  [7]       0.09       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304535.02       0.61       0.28       0.06       0.05       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304467.90       0.61       0.27       0.06       0.06       0.13
##  [7]       0.08       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304395.34       0.61       0.27       0.06       0.06       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304319.03       0.61       0.27       0.06       0.06       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304240.08       0.61       0.27       0.06       0.07       0.13
##  [7]       0.08       0.86       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304160.35       0.61       0.27       0.06       0.07       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.47       0.04
##  [1] -304081.09       0.60       0.26       0.06       0.08       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.47       0.05
##  [1] -304003.29       0.60       0.26       0.06       0.08       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.47       0.05
##  [1] -303927.74       0.60       0.26       0.06       0.08       0.12
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -303855.10       0.60       0.26       0.06       0.09       0.11
##  [7]       0.07       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -303785.89       0.60       0.25       0.06       0.09       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -303720.51       0.60       0.25       0.06       0.09       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.45       0.05
##  [1] -303659.27       0.60       0.25       0.06       0.10       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.45       0.05
##  [1] -303602.03       0.60       0.25       0.06       0.10       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.45       0.06
##  [1] -303549.37       0.59       0.24       0.06       0.10       0.10
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.44       0.06
##  [1] -303501.33       0.59       0.24       0.06       0.11       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.44       0.06
##  [1] -303457.98       0.59       0.24       0.06       0.11       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.44       0.06
##  [1] -303419.23       0.59       0.24       0.06       0.11       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.43       0.06
##  [1] -303385.06       0.59       0.23       0.06       0.12       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.43       0.06
##  [1] -303355.38       0.59       0.23       0.06       0.12       0.09
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.43       0.07
##  [1] -303330.12       0.59       0.23       0.06       0.13       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.42       0.07
##  [1] -303309.20       0.59       0.23       0.06       0.13       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.42       0.07
##  [1] -303292.54       0.58       0.22       0.06       0.13       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.42       0.07
##  [1] -303280.02       0.58       0.22       0.06       0.14       0.09
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.41       0.07
##  [1] -303271.65       0.58       0.22       0.06       0.14       0.08
##  [7]       0.04       0.86       0.04       0.41       0.07
## [1] 6
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310847.70       0.57       0.31       0.10       0.02       0.14
##  [7]       0.08       0.87       0.04       0.49       0.05
##  [1] -306015.28       0.60       0.30       0.07       0.03       0.16
##  [7]       0.09       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305389.76       0.61       0.30       0.06       0.03       0.16
##  [7]       0.09       0.83       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305147.68       0.61       0.30       0.05       0.04       0.17
##  [7]       0.09       0.82       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305023.27       0.61       0.30       0.04       0.05       0.17
##  [7]       0.10       0.82       0.04       0.49       0.04
##  [1] -304944.27       0.61       0.30       0.04       0.05       0.17
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304883.43       0.60       0.30       0.04       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304828.59       0.59       0.30       0.04       0.06       0.17
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304775.78       0.59       0.30       0.04       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304723.07       0.58       0.31       0.04       0.07       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304669.80       0.58       0.31       0.04       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304615.42       0.57       0.31       0.04       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.79       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304559.70       0.56       0.31       0.04       0.08       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304502.48       0.56       0.31       0.04       0.09       0.17
##  [7]       0.10       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304443.72       0.55       0.31       0.05       0.09       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304383.30       0.55       0.31       0.05       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.04       0.48       0.05
##  [1] -304321.27       0.54       0.31       0.05       0.10       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.48       0.05
##  [1] -304257.76       0.53       0.31       0.05       0.10       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -304192.96       0.53       0.31       0.05       0.11       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -304127.13       0.52       0.31       0.05       0.11       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -304060.52       0.52       0.31       0.06       0.11       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303993.45       0.51       0.31       0.06       0.12       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303926.25       0.51       0.31       0.06       0.12       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303859.05       0.50       0.31       0.06       0.13       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303792.20       0.49       0.31       0.06       0.13       0.16
##  [7]       0.09       0.77       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303725.92       0.49       0.31       0.07       0.13       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.05
##  [1] -303660.41       0.48       0.31       0.07       0.14       0.16
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.05
##  [1] -303595.83       0.48       0.31       0.07       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.05
##  [1] -303532.32       0.47       0.31       0.07       0.15       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303469.98       0.47       0.31       0.07       0.15       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303408.89       0.46       0.31       0.07       0.15       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303349.10       0.46       0.31       0.08       0.16       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303290.66       0.45       0.31       0.08       0.16       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303233.58       0.44       0.31       0.08       0.17       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.05       0.45       0.06
##  [1] -303177.89       0.44       0.31       0.08       0.17       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -303123.58       0.43       0.31       0.08       0.17       0.15
##  [7]       0.08       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -303070.65       0.43       0.31       0.09       0.18       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -303019.10       0.42       0.31       0.09       0.18       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -302968.90       0.42       0.31       0.09       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -302920.06       0.41       0.31       0.09       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.45       0.06
##  [1] -302872.54       0.41       0.31       0.09       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302826.34       0.40       0.30       0.10       0.20       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302781.44       0.40       0.30       0.10       0.20       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
##  [1] -302737.82       0.39       0.30       0.10       0.21       0.14
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
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##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.06
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##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302614.52       0.38       0.30       0.11       0.22       0.13
##  [7]       0.07       0.77       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302575.88       0.37       0.30       0.11       0.22       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302538.45       0.37       0.30       0.11       0.22       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302502.22       0.36       0.30       0.11       0.23       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302467.17       0.36       0.30       0.11       0.23       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.06       0.43       0.07
##  [1] -302433.29       0.35       0.30       0.12       0.24       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.07
##  [1] -302400.57       0.35       0.30       0.12       0.24       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.07
##  [1] -302368.99       0.34       0.29       0.12       0.24       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.43       0.07
##  [1] -302338.56       0.34       0.29       0.12       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302309.25       0.33       0.29       0.12       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302281.07       0.33       0.29       0.13       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302253.99       0.32       0.29       0.13       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302228.00       0.32       0.29       0.13       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302203.11       0.31       0.29       0.13       0.27       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302179.30       0.31       0.29       0.13       0.27       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.42       0.07
##  [1] -302156.56       0.31       0.29       0.13       0.27       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.07
##  [1] -302134.89       0.30       0.28       0.14       0.28       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302114.27       0.30       0.28       0.14       0.28       0.12
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302094.70       0.29       0.28       0.14       0.28       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302076.17       0.29       0.28       0.14       0.29       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302058.66       0.29       0.28       0.14       0.29       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302042.19       0.28       0.28       0.15       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302026.72       0.28       0.28       0.15       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.07       0.41       0.08
##  [1] -302012.27       0.27       0.28       0.15       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301998.81       0.27       0.27       0.15       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301986.34       0.27       0.27       0.15       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301974.85       0.26       0.27       0.15       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301964.34       0.26       0.27       0.16       0.32       0.11
##  [7]       0.05       0.77       0.08       0.40       0.08
##  [1] -301954.79       0.25       0.27       0.16       0.32       0.11
##  [7]       0.04       0.77       0.08       0.40       0.08
## [1] 7
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -297516.27       0.44       0.43       0.11       0.01       0.09
##  [7]       0.07       0.89       0.04       0.50       0.04
##  [1] -295408.93       0.45       0.45       0.08       0.02       0.08
##  [7]       0.05       0.88       0.04       0.50       0.04
##  [1] -294523.78       0.47       0.44       0.07       0.02       0.07
##  [7]       0.04       0.88       0.04       0.49       0.03
##  [1] -293960.32       0.48       0.42       0.06       0.03       0.06
##  [7]       0.03       0.88       0.04       0.49       0.03
##  [1] -293580.80       0.50       0.41       0.06       0.04       0.06
##  [7]       0.03       0.88       0.04       0.49       0.03
##  [1] -293347.92       0.51       0.40       0.05       0.04       0.06
##  [7]       0.02       0.88       0.03       0.48       0.03
##  [1] -293228.58       0.52       0.39       0.05       0.04       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.48       0.03
##  [1] -293190.18       0.52       0.38       0.05       0.04       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.48       0.03
##  [1] -293202.77       0.53       0.38       0.05       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.47       0.03
##  [1] -293246.23       0.54       0.37       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.03       0.47       0.03
##  [1] -293306.40       0.54       0.37       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.47       0.03
##  [1] -293374.42       0.55       0.37       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.47       0.04
##  [1] -293445.25       0.55       0.36       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.47       0.04
##  [1] -293514.92       0.56       0.36       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293581.31       0.56       0.36       0.04       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293642.87       0.56       0.36       0.03       0.05       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293698.81       0.56       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.46       0.04
##  [1] -293748.62       0.57       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.45       0.04
##  [1] -293793.63       0.57       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.02       0.45       0.04
##  [1] -293831.26       0.57       0.36       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.90       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293861.12       0.57       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293883.69       0.57       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293898.68       0.57       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.45       0.04
##  [1] -293906.01       0.58       0.35       0.03       0.04       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.44       0.05
## [1] 8
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -303071.09       0.49       0.39       0.10       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.05
##  [1] -301552.47       0.51       0.40       0.07       0.02       0.11
##  [7]       0.08       0.88       0.04       0.49       0.04
##  [1] -301264.26       0.52       0.39       0.06       0.03       0.10
##  [7]       0.07       0.87       0.04       0.48       0.04
##  [1] -301065.21       0.53       0.39       0.05       0.03       0.10
##  [7]       0.07       0.87       0.04       0.48       0.04
##  [1] -300865.68       0.54       0.38       0.04       0.04       0.10
##  [7]       0.06       0.87       0.04       0.47       0.04
##  [1] -300650.36       0.55       0.37       0.04       0.04       0.09
##  [7]       0.06       0.87       0.04       0.47       0.04
##  [1] -300419.55       0.55       0.36       0.04       0.05       0.09
##  [7]       0.05       0.87       0.04       0.46       0.04
##  [1] -300178.29       0.56       0.36       0.03       0.05       0.08
##  [7]       0.05       0.87       0.04       0.45       0.04
##  [1] -299934.09       0.56       0.35       0.03       0.06       0.08
##  [7]       0.05       0.87       0.04       0.44       0.04
##  [1] -299696.22       0.56       0.34       0.03       0.06       0.08
##  [7]       0.04       0.88       0.04       0.43       0.05
##  [1] -299474.82       0.57       0.34       0.03       0.07       0.07
##  [7]       0.04       0.88       0.04       0.42       0.05
##  [1] -299280.12       0.57       0.33       0.03       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.88       0.03       0.41       0.05
##  [1] -299121.15       0.57       0.32       0.03       0.08       0.07
##  [7]       0.03       0.88       0.03       0.40       0.05
##  [1] -299003.93       0.57       0.32       0.02       0.09       0.07
##  [7]       0.03       0.88       0.03       0.40       0.05
##  [1] -298932.07       0.57       0.31       0.02       0.09       0.06
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.39       0.06
##  [1] -298904.97       0.57       0.31       0.02       0.10       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.38       0.06
##  [1] -298918.60       0.57       0.30       0.02       0.10       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.37       0.06
##  [1] -298966.42       0.57       0.30       0.02       0.11       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.36       0.06
##  [1] -299040.60       0.57       0.30       0.02       0.11       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.35       0.06
##  [1] -299133.27       0.57       0.29       0.02       0.12       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.35       0.06
##  [1] -299237.19       0.57       0.29       0.02       0.12       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.34       0.07
##  [1] -299346.19       0.57       0.29       0.02       0.12       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.34       0.07
##  [1] -299455.43       0.56       0.29       0.02       0.13       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.33       0.07
##  [1] -299562.17       0.56       0.28       0.02       0.13       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.33       0.07
##  [1] -299663.57       0.56       0.28       0.02       0.14       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.32       0.07
##  [1] -299758.04       0.56       0.28       0.02       0.14       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.32       0.07
##  [1] -299844.71       0.56       0.28       0.02       0.14       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.32       0.08
##  [1] -299923.22       0.56       0.28       0.02       0.14       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.31       0.08
##  [1] -299993.85       0.56       0.28       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.02       0.90       0.01       0.31       0.08
##  [1] -300056.58       0.55       0.27       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.31       0.08
##  [1] -300111.92       0.55       0.27       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.31       0.08
##  [1] -300160.44       0.55       0.27       0.02       0.15       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300202.80       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300239.66       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300271.68       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300299.50       0.55       0.27       0.02       0.16       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.09
##  [1] -300323.16       0.55       0.26       0.02       0.17       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.10
##  [1] -300328.99       0.55       0.26       0.02       0.17       0.05
##  [7]       0.01       0.91       0.01       0.30       0.10
## [1] 9
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -299808.68       0.47       0.37       0.14       0.02       0.10
##  [7]       0.07       0.89       0.03       0.50       0.04
##  [1] -298144.94       0.49       0.37       0.12       0.02       0.09
##  [7]       0.06       0.88       0.03       0.50       0.03
##  [1] -297790.33       0.51       0.36       0.10       0.03       0.08
##  [7]       0.05       0.88       0.03       0.50       0.03
##  [1] -297712.37       0.51       0.35       0.10       0.04       0.08
##  [7]       0.04       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -297783.45       0.52       0.34       0.09       0.05       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -297920.12       0.52       0.33       0.09       0.06       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -298066.03       0.52       0.33       0.09       0.06       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.50       0.02
##  [1] -298196.63       0.53       0.32       0.09       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.03       0.49       0.02
##  [1] -298300.64       0.53       0.32       0.08       0.07       0.07
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298381.58       0.53       0.32       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298444.72       0.53       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298495.04       0.53       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298536.10       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298570.72       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298601.11       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298629.02       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298655.60       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298681.39       0.54       0.31       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.89       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298706.72       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298732.69       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298758.24       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298783.41       0.55       0.30       0.08       0.07       0.06
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##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
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##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
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##  [1] -298902.03       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -298925.06       0.55       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
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##  [1] -298969.57       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
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##  [1] -298991.02       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
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##  [1] -299158.87       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
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##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299204.85       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299219.10       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299232.86       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299246.19       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299259.03       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299271.44       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
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##  [1] -299283.43       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299295.02       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299306.21       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
##  [1] -299313.65       0.56       0.30       0.07       0.07       0.06
##  [7]       0.02       0.90       0.02       0.49       0.02
## [1] 10
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -306350.83       0.54       0.32       0.12       0.02       0.12
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.50       0.04
##  [1] -303222.66       0.57       0.31       0.09       0.03       0.12
##  [7]       0.06       0.87       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302832.98       0.59       0.30       0.07       0.04       0.12
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.50       0.03
##  [1] -302570.82       0.60       0.29       0.06       0.05       0.11
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.50       0.03
##  [1] -302329.92       0.60       0.28       0.06       0.06       0.10
##  [7]       0.04       0.86       0.05       0.49       0.03
##  [1] -302107.37       0.61       0.28       0.05       0.07       0.10
##  [7]       0.04       0.85       0.05       0.49       0.03
##  [1] -301916.64       0.61       0.27       0.05       0.07       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.48       0.03
##  [1] -301764.54       0.60       0.26       0.05       0.08       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.48       0.03
##  [1] -301646.18       0.60       0.26       0.05       0.09       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.48       0.04
##  [1] -301550.64       0.60       0.26       0.05       0.09       0.09
##  [7]       0.03       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301468.67       0.60       0.25       0.05       0.10       0.09
##  [7]       0.02       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301395.07       0.60       0.25       0.05       0.10       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301327.35       0.60       0.25       0.04       0.11       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.05       0.47       0.04
##  [1] -301266.66       0.59       0.25       0.04       0.11       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.04
##  [1] -301211.98       0.59       0.25       0.04       0.11       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.04
##  [1] -301163.73       0.59       0.25       0.04       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301121.81       0.59       0.25       0.05       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301085.97       0.58       0.25       0.05       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301056.16       0.58       0.25       0.05       0.12       0.08
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301031.88       0.58       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -301012.68       0.57       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -300998.10       0.57       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.05
##  [1] -300987.75       0.57       0.25       0.05       0.13       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.06
##  [1] -300981.58       0.56       0.25       0.05       0.14       0.08
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.46       0.06
## [1] 11
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311842.21       0.58       0.22       0.18       0.02       0.17
##  [7]       0.08       0.87       0.03       0.50       0.05
##  [1] -305363.37       0.62       0.20       0.15       0.03       0.19
##  [7]       0.08       0.86       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304695.03       0.63       0.19       0.14       0.03       0.20
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304553.07       0.64       0.19       0.14       0.04       0.21
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304531.84       0.64       0.19       0.14       0.04       0.21
##  [7]       0.09       0.84       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304537.92       0.64       0.18       0.14       0.04       0.22
##  [7]       0.09       0.84       0.03       0.52       0.05
## [1] 12
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310478.08       0.56       0.24       0.18       0.02       0.16
##  [7]       0.08       0.87       0.03       0.50       0.05
##  [1] -304904.07       0.60       0.22       0.16       0.02       0.17
##  [7]       0.08       0.86       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304424.46       0.62       0.21       0.15       0.03       0.18
##  [7]       0.08       0.85       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304342.55       0.62       0.20       0.14       0.03       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304336.90       0.62       0.20       0.14       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
## [1] 13
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310838.56       0.55       0.35       0.08       0.02       0.14
##  [7]       0.07       0.85       0.04       0.50       0.05
##  [1] -304726.22       0.56       0.36       0.05       0.02       0.14
##  [7]       0.07       0.83       0.04       0.49       0.05
##  [1] -303851.21       0.56       0.37       0.04       0.03       0.14
##  [7]       0.07       0.81       0.04       0.49       0.04
##  [1] -303476.14       0.56       0.37       0.03       0.03       0.15
##  [7]       0.07       0.80       0.04       0.49       0.04
##  [1] -303287.72       0.56       0.37       0.03       0.04       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -303194.63       0.55       0.37       0.03       0.05       0.15
##  [7]       0.07       0.78       0.03       0.49       0.04
##  [1] -303153.95       0.54       0.38       0.03       0.05       0.15
##  [7]       0.07       0.77       0.03       0.49       0.04
##  [1] -303140.42       0.53       0.38       0.03       0.06       0.15
##  [7]       0.07       0.76       0.03       0.49       0.04
##  [1] -303137.84       0.52       0.38       0.03       0.06       0.15
##  [7]       0.07       0.76       0.03       0.49       0.04
## [1] 14
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311367.14       0.59       0.29       0.10       0.02       0.15
##  [7]       0.08       0.87       0.04       0.49       0.04
##  [1] -306508.04       0.63       0.28       0.07       0.03       0.17
##  [7]       0.09       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305944.44       0.63       0.27       0.05       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.84       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305731.25       0.63       0.27       0.04       0.05       0.18
##  [7]       0.10       0.83       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305609.06       0.63       0.27       0.04       0.06       0.19
##  [7]       0.10       0.82       0.05       0.49       0.03
##  [1] -305515.88       0.62       0.28       0.03       0.07       0.19
##  [7]       0.10       0.81       0.05       0.49       0.03
##  [1] -305434.14       0.62       0.28       0.03       0.07       0.19
##  [7]       0.11       0.81       0.05       0.49       0.03
##  [1] -305357.89       0.61       0.28       0.03       0.08       0.19
##  [7]       0.11       0.80       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305287.57       0.60       0.28       0.03       0.08       0.19
##  [7]       0.11       0.80       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305223.51       0.59       0.29       0.03       0.09       0.19
##  [7]       0.11       0.79       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305165.60       0.59       0.29       0.03       0.09       0.19
##  [7]       0.11       0.79       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305113.03       0.58       0.29       0.03       0.10       0.19
##  [7]       0.11       0.79       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305064.98       0.57       0.29       0.03       0.10       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -305020.00       0.57       0.29       0.03       0.11       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304976.89       0.56       0.29       0.03       0.11       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304934.62       0.56       0.29       0.04       0.11       0.19
##  [7]       0.11       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304892.37       0.55       0.30       0.04       0.12       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304849.56       0.55       0.30       0.04       0.12       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.04
##  [1] -304805.87       0.54       0.30       0.04       0.12       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304761.20       0.53       0.30       0.04       0.13       0.19
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304715.46       0.53       0.30       0.04       0.13       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304668.83       0.52       0.30       0.04       0.14       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.05       0.49       0.05
##  [1] -304621.58       0.52       0.30       0.05       0.14       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.49       0.05
##  [1] -304573.96       0.51       0.30       0.05       0.14       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304526.27       0.51       0.30       0.05       0.15       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304478.81       0.50       0.30       0.05       0.15       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304431.83       0.50       0.30       0.05       0.15       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304385.58       0.49       0.30       0.05       0.16       0.18
##  [7]       0.10       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304340.24       0.49       0.30       0.06       0.16       0.18
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304295.97       0.48       0.30       0.06       0.16       0.18
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.05
##  [1] -304252.89       0.47       0.30       0.06       0.17       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304211.06       0.47       0.30       0.06       0.17       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304170.54       0.46       0.30       0.06       0.18       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304131.35       0.46       0.30       0.06       0.18       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304093.49       0.45       0.30       0.07       0.18       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304056.93       0.45       0.30       0.07       0.19       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.48       0.06
##  [1] -304021.67       0.44       0.30       0.07       0.19       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303987.66       0.44       0.30       0.07       0.20       0.17
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303954.86       0.43       0.30       0.07       0.20       0.16
##  [7]       0.09       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303923.25       0.43       0.30       0.07       0.20       0.16
##  [7]       0.08       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303892.79       0.42       0.30       0.08       0.21       0.16
##  [7]       0.08       0.78       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303863.43       0.41       0.30       0.08       0.21       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303835.16       0.41       0.30       0.08       0.22       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303807.92       0.40       0.30       0.08       0.22       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303781.71       0.40       0.30       0.08       0.22       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303756.49       0.39       0.30       0.08       0.23       0.16
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.06
##  [1] -303732.24       0.39       0.29       0.09       0.23       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.47       0.07
##  [1] -303708.95       0.38       0.29       0.09       0.24       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.06       0.46       0.07
##  [1] -303686.59       0.38       0.29       0.09       0.24       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303665.15       0.37       0.29       0.09       0.24       0.15
##  [7]       0.08       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303644.61       0.37       0.29       0.09       0.25       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303624.97       0.36       0.29       0.09       0.25       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303606.20       0.36       0.29       0.10       0.26       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303588.32       0.35       0.29       0.10       0.26       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303571.29       0.35       0.29       0.10       0.27       0.15
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303555.13       0.34       0.29       0.10       0.27       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303539.81       0.34       0.29       0.10       0.27       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.46       0.07
##  [1] -303525.34       0.33       0.29       0.10       0.28       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303511.70       0.33       0.29       0.10       0.28       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303498.90       0.32       0.29       0.11       0.29       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303486.93       0.32       0.28       0.11       0.29       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303475.77       0.31       0.28       0.11       0.29       0.14
##  [7]       0.06       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303465.39       0.31       0.28       0.11       0.30       0.14
##  [7]       0.06       0.79       0.07       0.45       0.07
##  [1] -303455.99       0.30       0.28       0.11       0.30       0.14
##  [7]       0.06       0.79       0.07       0.45       0.08
## [1] 15
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -304260.30       0.48       0.37       0.13       0.02       0.12
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.52       0.04
##  [1] -298586.99       0.48       0.40       0.10       0.02       0.12
##  [7]       0.04       0.89       0.02       0.53       0.03
##  [1] -298261.24       0.48       0.40       0.09       0.03       0.12
##  [7]       0.04       0.89       0.02       0.54       0.02
##  [1] -298537.67       0.48       0.40       0.08       0.04       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.54       0.02
##  [1] -298927.23       0.48       0.39       0.08       0.05       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.02       0.54       0.02
##  [1] -299283.10       0.47       0.39       0.08       0.06       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299538.90       0.46       0.39       0.08       0.07       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.01
##  [1] -299694.44       0.45       0.40       0.08       0.07       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.01
##  [1] -299770.21       0.44       0.40       0.08       0.08       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299791.05       0.44       0.40       0.08       0.08       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299770.83       0.43       0.40       0.08       0.09       0.11
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299727.48       0.43       0.40       0.08       0.09       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299663.68       0.42       0.41       0.08       0.09       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299595.99       0.42       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299531.53       0.41       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299466.28       0.41       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299402.25       0.40       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299333.04       0.40       0.41       0.08       0.10       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299268.14       0.40       0.41       0.08       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299207.11       0.39       0.41       0.08       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299149.68       0.39       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299095.49       0.39       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -299044.34       0.38       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298995.91       0.38       0.42       0.09       0.11       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298950.74       0.38       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298907.98       0.37       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298867.30       0.37       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298828.29       0.37       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.02
##  [1] -298791.10       0.36       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298755.52       0.36       0.42       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298721.72       0.36       0.43       0.09       0.12       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298689.39       0.36       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298658.68       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298629.23       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298601.22       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298574.27       0.35       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298548.61       0.34       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298523.87       0.34       0.43       0.09       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298500.29       0.34       0.43       0.10       0.13       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298477.51       0.34       0.43       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298455.80       0.33       0.43       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.55       0.03
##  [1] -298434.76       0.33       0.43       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298414.63       0.33       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298395.37       0.33       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298376.66       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298358.74       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298341.61       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298324.91       0.32       0.44       0.10       0.14       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.01       0.56       0.03
##  [1] -298308.95       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298293.71       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298278.82       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298264.58       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298251.01       0.31       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298237.70       0.30       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298224.97       0.30       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298212.88       0.30       0.44       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.03
##  [1] -298200.98       0.30       0.45       0.10       0.15       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298189.61       0.29       0.45       0.10       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298178.85       0.29       0.45       0.10       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298168.21       0.29       0.45       0.11       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298158.08       0.29       0.45       0.11       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.56       0.04
##  [1] -298148.38       0.29       0.45       0.11       0.16       0.12
##  [7]       0.04       0.90       0.02       0.55       0.04
## [1] 16
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -301792.35       0.46       0.40       0.12       0.02       0.11
##  [7]       0.05       0.89       0.03       0.51       0.04
##  [1] -296155.02       0.46       0.42       0.10       0.02       0.11
##  [7]       0.04       0.89       0.02       0.52       0.03
##  [1] -295579.08       0.46       0.42       0.08       0.03       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -295786.75       0.46       0.42       0.08       0.04       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -296133.97       0.45       0.42       0.08       0.05       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.02       0.53       0.02
##  [1] -296440.38       0.45       0.42       0.07       0.06       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.01       0.53       0.01
##  [1] -296646.29       0.44       0.42       0.07       0.07       0.10
##  [7]       0.03       0.89       0.01       0.53       0.01
##  [1] -296757.56       0.43       0.42       0.07       0.08       0.10
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.53       0.01
##  [1] -296798.70       0.42       0.42       0.07       0.08       0.10
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.54       0.01
##  [1] -296794.64       0.42       0.42       0.07       0.09       0.10
##  [7]       0.03       0.90       0.01       0.54       0.02
## [1] 17
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -309481.14       0.54       0.36       0.09       0.02       0.13
##  [7]       0.07       0.86       0.03       0.50       0.05
##  [1] -304083.67       0.55       0.37       0.06       0.02       0.13
##  [7]       0.07       0.84       0.04       0.50       0.05
##  [1] -303338.98       0.56       0.37       0.05       0.03       0.13
##  [7]       0.07       0.82       0.04       0.50       0.04
##  [1] -303006.73       0.56       0.37       0.04       0.03       0.13
##  [7]       0.07       0.81       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302810.64       0.56       0.37       0.04       0.04       0.13
##  [7]       0.07       0.80       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302676.00       0.55       0.36       0.04       0.04       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.04       0.50       0.04
##  [1] -302570.20       0.55       0.36       0.04       0.05       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302477.70       0.54       0.36       0.04       0.05       0.13
##  [7]       0.07       0.78       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302389.45       0.54       0.36       0.04       0.06       0.13
##  [7]       0.07       0.78       0.04       0.49       0.04
##  [1] -302300.40       0.53       0.36       0.04       0.06       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.04       0.49       0.05
##  [1] -302207.88       0.53       0.36       0.04       0.07       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.04       0.49       0.05
##  [1] -302110.71       0.52       0.36       0.04       0.07       0.13
##  [7]       0.06       0.77       0.04       0.48       0.05
##  [1] -302008.69       0.51       0.36       0.04       0.08       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.48       0.05
##  [1] -301902.16       0.51       0.36       0.04       0.08       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.48       0.05
##  [1] -301792.37       0.50       0.37       0.04       0.09       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.05
##  [1] -301679.08       0.49       0.37       0.05       0.09       0.13
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.05
##  [1] -301563.53       0.49       0.37       0.05       0.10       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.06
##  [1] -301446.54       0.48       0.37       0.05       0.10       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.47       0.06
##  [1] -301328.86       0.47       0.37       0.05       0.11       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.46       0.06
##  [1] -301211.16       0.47       0.37       0.05       0.11       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.46       0.06
##  [1] -301094.03       0.46       0.37       0.06       0.12       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.46       0.06
##  [1] -300977.99       0.45       0.37       0.06       0.12       0.12
##  [7]       0.06       0.76       0.04       0.45       0.06
##  [1] -300863.50       0.45       0.36       0.06       0.13       0.12
##  [7]       0.06       0.75       0.04       0.45       0.06
##  [1] -300750.95       0.44       0.36       0.06       0.13       0.12
##  [7]       0.06       0.75       0.04       0.45       0.06
##  [1] -300640.68       0.43       0.36       0.06       0.14       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.45       0.07
##  [1] -300532.96       0.43       0.36       0.07       0.14       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.44       0.07
##  [1] -300428.03       0.42       0.36       0.07       0.15       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.44       0.07
##  [1] -300326.08       0.41       0.36       0.07       0.15       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.04       0.44       0.07
##  [1] -300227.21       0.41       0.36       0.07       0.16       0.12
##  [7]       0.05       0.75       0.05       0.44       0.07
##  [1] -300131.51       0.40       0.36       0.08       0.16       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -300039.01       0.39       0.36       0.08       0.17       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -299949.72       0.39       0.36       0.08       0.17       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -299863.58       0.38       0.36       0.08       0.18       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.43       0.07
##  [1] -299780.54       0.37       0.36       0.09       0.18       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299700.50       0.37       0.36       0.09       0.19       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299623.36       0.36       0.36       0.09       0.19       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299549.01       0.35       0.36       0.09       0.20       0.11
##  [7]       0.05       0.76       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299477.32       0.35       0.36       0.10       0.20       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.05       0.42       0.08
##  [1] -299408.16       0.34       0.36       0.10       0.20       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.05       0.41       0.08
##  [1] -299341.43       0.34       0.35       0.10       0.21       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299277.00       0.33       0.35       0.10       0.21       0.11
##  [7]       0.05       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299214.76       0.32       0.35       0.11       0.22       0.11
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299154.60       0.32       0.35       0.11       0.22       0.11
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.41       0.08
##  [1] -299096.42       0.31       0.35       0.11       0.23       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.08
##  [1] -299040.13       0.31       0.35       0.11       0.23       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298985.65       0.30       0.35       0.11       0.24       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298932.91       0.30       0.35       0.12       0.24       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298881.78       0.29       0.35       0.12       0.24       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298832.25       0.28       0.35       0.12       0.25       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.40       0.09
##  [1] -298784.24       0.28       0.34       0.12       0.25       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.39       0.09
##  [1] -298737.69       0.27       0.34       0.13       0.26       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.39       0.09
##  [1] -298692.57       0.27       0.34       0.13       0.26       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.06       0.39       0.09
##  [1] -298648.81       0.26       0.34       0.13       0.27       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.39       0.09
##  [1] -298606.38       0.26       0.34       0.13       0.27       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.39       0.09
##  [1] -298565.23       0.25       0.34       0.14       0.27       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.39       0.09
##  [1] -298525.34       0.25       0.34       0.14       0.28       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.09
##  [1] -298486.67       0.24       0.33       0.14       0.28       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.09
##  [1] -298449.18       0.24       0.33       0.14       0.29       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298412.86       0.23       0.33       0.14       0.29       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298377.68       0.23       0.33       0.15       0.29       0.10
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298343.61       0.22       0.33       0.15       0.30       0.09
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.38       0.10
##  [1] -298310.63       0.22       0.33       0.15       0.30       0.09
##  [7]       0.04       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298278.73       0.22       0.33       0.15       0.30       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298247.89       0.21       0.32       0.16       0.31       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298218.09       0.21       0.32       0.16       0.31       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298189.31       0.20       0.32       0.16       0.32       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298161.55       0.20       0.32       0.16       0.32       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298134.79       0.20       0.32       0.16       0.32       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.07       0.37       0.10
##  [1] -298109.01       0.19       0.32       0.17       0.33       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298084.22       0.19       0.31       0.17       0.33       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298060.39       0.18       0.31       0.17       0.33       0.09
##  [7]       0.03       0.75       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298037.51       0.18       0.31       0.17       0.34       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.10
##  [1] -298015.59       0.18       0.31       0.17       0.34       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.11
##  [1] -297994.59       0.17       0.31       0.17       0.34       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.11
##  [1] -297974.52       0.17       0.31       0.18       0.35       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.36       0.11
##  [1] -297955.36       0.17       0.30       0.18       0.35       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297937.11       0.16       0.30       0.18       0.35       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297919.74       0.16       0.30       0.18       0.36       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297903.26       0.16       0.30       0.18       0.36       0.09
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297887.64       0.15       0.30       0.19       0.36       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297872.87       0.15       0.30       0.19       0.37       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297858.94       0.15       0.29       0.19       0.37       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.35       0.11
##  [1] -297845.87       0.14       0.29       0.19       0.37       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.34       0.11
##  [1] -297833.59       0.14       0.29       0.19       0.38       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.34       0.11
##  [1] -297822.09       0.14       0.29       0.19       0.38       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.08       0.34       0.11
##  [1] -297811.37       0.14       0.29       0.20       0.38       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.09       0.34       0.11
##  [1] -297801.42       0.13       0.28       0.20       0.39       0.08
##  [7]       0.03       0.74       0.09       0.34       0.11
## [1] 18
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -311807.78       0.60       0.17       0.21       0.02       0.18
##  [7]       0.09       0.87       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304834.24       0.64       0.14       0.19       0.03       0.21
##  [7]       0.09       0.86       0.03       0.52       0.04
##  [1] -303870.04       0.65       0.13       0.18       0.04       0.23
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
##  [1] -303596.08       0.65       0.12       0.18       0.05       0.25
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.53       0.04
##  [1] -303525.30       0.65       0.12       0.18       0.05       0.26
##  [7]       0.10       0.84       0.03       0.53       0.04
##  [1] -303524.78       0.65       0.11       0.18       0.06       0.27
##  [7]       0.10       0.84       0.03       0.54       0.04
## [1] 19
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -310381.92       0.57       0.22       0.19       0.02       0.16
##  [7]       0.08       0.87       0.03       0.51       0.05
##  [1] -304637.76       0.61       0.20       0.17       0.03       0.17
##  [7]       0.08       0.86       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304139.37       0.62       0.19       0.16       0.03       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.51       0.04
##  [1] -304058.12       0.63       0.18       0.15       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
##  [1] -304054.93       0.63       0.18       0.15       0.04       0.18
##  [7]       0.09       0.85       0.03       0.52       0.04
## [1] 20
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -309725.76       0.56       0.33       0.09       0.02       0.14
##  [7]       0.08       0.87       0.04       0.49       0.05
##  [1] -305601.97       0.58       0.33       0.06       0.03       0.15
##  [7]       0.09       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305155.51       0.59       0.33       0.05       0.03       0.15
##  [7]       0.09       0.84       0.04       0.49       0.04
##  [1] -305002.51       0.59       0.34       0.04       0.04       0.16
##  [7]       0.09       0.83       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304921.26       0.58       0.34       0.03       0.05       0.16
##  [7]       0.09       0.82       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304857.31       0.58       0.34       0.03       0.05       0.16
##  [7]       0.10       0.82       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304794.19       0.57       0.34       0.03       0.06       0.16
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304726.39       0.57       0.34       0.03       0.06       0.16
##  [7]       0.10       0.81       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304654.74       0.56       0.35       0.03       0.07       0.16
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304580.82       0.55       0.35       0.03       0.07       0.16
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304506.00       0.55       0.35       0.03       0.08       0.16
##  [7]       0.10       0.80       0.04       0.48       0.04
##  [1] -304431.36       0.54       0.35       0.03       0.08       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304357.49       0.54       0.35       0.03       0.09       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304284.58       0.53       0.35       0.03       0.09       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304212.59       0.53       0.35       0.03       0.09       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304141.26       0.52       0.35       0.03       0.10       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.04
##  [1] -304070.49       0.52       0.35       0.03       0.10       0.16
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.05
##  [1] -304000.17       0.51       0.35       0.03       0.10       0.15
##  [7]       0.09       0.79       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303929.91       0.51       0.35       0.03       0.11       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303859.77       0.50       0.35       0.03       0.11       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.48       0.05
##  [1] -303789.83       0.50       0.35       0.04       0.12       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303720.16       0.49       0.35       0.04       0.12       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303650.95       0.49       0.35       0.04       0.12       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303582.27       0.48       0.35       0.04       0.13       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303514.34       0.48       0.35       0.04       0.13       0.15
##  [7]       0.09       0.78       0.05       0.47       0.05
##  [1] -303447.35       0.47       0.35       0.04       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303381.43       0.47       0.35       0.04       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303316.72       0.47       0.35       0.04       0.14       0.15
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.47       0.06
##  [1] -303253.34       0.46       0.35       0.05       0.15       0.14
##  [7]       0.08       0.78       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303191.36       0.46       0.35       0.05       0.15       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303130.85       0.45       0.35       0.05       0.15       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303071.85       0.45       0.35       0.05       0.16       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -303014.37       0.44       0.35       0.05       0.16       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -302958.40       0.44       0.34       0.05       0.17       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -302903.93       0.43       0.34       0.05       0.17       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.06
##  [1] -302850.94       0.43       0.34       0.06       0.18       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.46       0.07
##  [1] -302799.38       0.42       0.34       0.06       0.18       0.14
##  [7]       0.08       0.79       0.05       0.45       0.07
##  [1] -302749.22       0.42       0.34       0.06       0.18       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.05       0.45       0.07
##  [1] -302700.41       0.41       0.34       0.06       0.19       0.14
##  [7]       0.07       0.79       0.05       0.45       0.07
##  [1] -302652.91       0.41       0.34       0.06       0.19       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302606.67       0.40       0.34       0.06       0.20       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302561.65       0.40       0.34       0.06       0.20       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302517.81       0.39       0.34       0.07       0.20       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.45       0.07
##  [1] -302475.10       0.39       0.34       0.07       0.21       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302433.50       0.38       0.34       0.07       0.21       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302392.95       0.38       0.33       0.07       0.22       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302353.44       0.37       0.33       0.07       0.22       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.07
##  [1] -302314.94       0.37       0.33       0.07       0.23       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302277.40       0.36       0.33       0.07       0.23       0.13
##  [7]       0.07       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302240.82       0.36       0.33       0.08       0.23       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302205.13       0.35       0.33       0.08       0.24       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.44       0.08
##  [1] -302170.50       0.35       0.33       0.08       0.24       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302136.90       0.35       0.33       0.08       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302103.85       0.34       0.33       0.08       0.25       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302071.68       0.34       0.32       0.08       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302040.37       0.33       0.32       0.08       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -302009.90       0.33       0.32       0.09       0.26       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -301980.26       0.32       0.32       0.09       0.27       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -301951.43       0.32       0.32       0.09       0.27       0.12
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.43       0.08
##  [1] -301923.42       0.32       0.32       0.09       0.28       0.11
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.42       0.08
##  [1] -301896.21       0.31       0.32       0.09       0.28       0.11
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.42       0.08
##  [1] -301869.80       0.31       0.32       0.09       0.28       0.11
##  [7]       0.06       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301844.18       0.30       0.31       0.09       0.29       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301819.37       0.30       0.31       0.10       0.29       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301795.35       0.29       0.31       0.10       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301772.13       0.29       0.31       0.10       0.30       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.06       0.42       0.09
##  [1] -301749.71       0.29       0.31       0.10       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301728.11       0.28       0.31       0.10       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301707.33       0.28       0.30       0.10       0.31       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301687.37       0.28       0.30       0.10       0.32       0.11
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301668.26       0.27       0.30       0.11       0.32       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301649.99       0.27       0.30       0.11       0.33       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301632.60       0.26       0.30       0.11       0.33       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301616.09       0.26       0.30       0.11       0.33       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.41       0.09
##  [1] -301600.48       0.26       0.29       0.11       0.34       0.10
##  [7]       0.05       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301585.80       0.25       0.29       0.11       0.34       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301572.07       0.25       0.29       0.11       0.35       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301559.31       0.25       0.29       0.11       0.35       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301547.54       0.24       0.29       0.12       0.35       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301536.80       0.24       0.28       0.12       0.36       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
##  [1] -301527.12       0.24       0.28       0.12       0.36       0.10
##  [7]       0.04       0.79       0.07       0.40       0.10
## [1] 21
##  [1] "loglik"   "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"   
##  [7] "Rho(U)"   "MU(M)"    "Rho(M)"   "mu_I"     "rho_I"   
##  [1] "XXX"  "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1"  "0.1"  "0.9"  "0.03" "0.5" 
## [11] "0.05"
##  [1] -304640.77       0.51       0.35       0.12       0.02       0.11
##  [7]       0.07       0.88       0.04       0.50       0.04
##  [1] -301891.31       0.54       0.34       0.09       0.02       0.11
##  [7]       0.06       0.86       0.04       0.50       0.04
##  [1] -301332.16       0.56       0.33       0.08       0.03       0.10
##  [7]       0.05       0.86       0.04       0.50       0.04
##  [1] -300924.66       0.57       0.32       0.07       0.04       0.09
##  [7]       0.05       0.85       0.04       0.50       0.04
##  [1] -300555.26       0.58       0.31       0.06       0.05       0.09
##  [7]       0.04       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -300221.28       0.59       0.30       0.06       0.05       0.08
##  [7]       0.03       0.85       0.04       0.49       0.04
##  [1] -299937.50       0.59       0.29       0.06       0.06       0.08
##  [7]       0.03       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -299711.53       0.60       0.29       0.05       0.06       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -299536.08       0.60       0.28       0.05       0.07       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.48       0.04
##  [1] -299396.34       0.60       0.28       0.05       0.07       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.47       0.04
##  [1] -299276.59       0.60       0.27       0.05       0.08       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.47       0.05
##  [1] -299169.04       0.60       0.27       0.05       0.08       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -299070.20       0.60       0.27       0.05       0.08       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -298979.25       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.46       0.05
##  [1] -298896.89       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298822.85       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298757.46       0.60       0.27       0.05       0.09       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298700.67       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298652.25       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.45       0.06
##  [1] -298611.78       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298578.69       0.59       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298552.37       0.58       0.27       0.05       0.10       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298532.87       0.58       0.27       0.05       0.11       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.07
##  [1] -298518.79       0.58       0.27       0.05       0.11       0.07
##  [7]       0.02       0.85       0.04       0.44       0.08
##  [1] -298509.59       0.57       0.27       0.05       0.11       0.07
##  [7]       0.02       0.86       0.04       0.44       0.08
plts_paired_order<-plts_paired[order(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric)]

pdf(here("figs","GSE141256_organoids_thresholding_all_samples.pdf"))
plts_paired_order
## [[1]]
## 
## [[2]]
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## [[3]]
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## [[4]]
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## [[5]]
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## [[6]]
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## [[9]]
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## [[10]]
## Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_bar).
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## [[11]]
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## [[12]]
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## [[13]]
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## [[14]]
## Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_bar).
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## [[15]]
## Warning: Removed 1 rows containing missing values (geom_bar).
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## [[16]]
## Warning: Removed 3 rows containing missing values (geom_bar).
## 
## [[17]]
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## [[18]]
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## [[19]]
## 
## [[20]]
## 
## [[21]]
## Warning: Removed 3 rows containing missing values (geom_bar).
dev.off()
## png 
##   2

Differential methylation with passage

mod<-model.matrix(~ 0 + passage_numeric, data=GSE141256_meta_combo_spheroids)
fit <- lmFit(combat_GSE141256_Beta_spheroids, mod)
ebfit <- eBayes(fit)

# covariate adjusted beta values
beta<-combat_GSE141256_Beta_spheroids

passage_db<-sapply(1:nrow(beta), function(x){
  sampleinfo_cpg<-GSE141256_meta_combo_spheroids
  sampleinfo_cpg$beta<-as.numeric(beta[x,])
  
  fit<-lm(beta ~ passage_numeric, data=sampleinfo_cpg)
  pval<-summary(fit)$coef["passage_numeric","Pr(>|t|)"]
  slope<-fit$coefficients[2]
  
  (min(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric)*slope) - (max(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric)*slope)})

passage_GSE141256<-data.frame(p.value=ebfit$p.value[,"passage_numeric"], CpG=rownames(beta), db=passage_db)

# Adjust P values
passage_GSE141256$p_adjusted<-p.adjust(passage_GSE141256$p.value, method="BH")

diff_CpG_dbGSE141256<-passage_GSE141256[which(passage_GSE141256$p_adjusted<0.05 & abs(passage_GSE141256$db)>0.15),] #25086
diff_CpG_db_hypoGSE141256<-diff_CpG_dbGSE141256$CpG[which((diff_CpG_dbGSE141256$db)>=0.15)] #  17419
diff_CpG_db_hyperGSE141256<-diff_CpG_dbGSE141256$CpG[which((diff_CpG_dbGSE141256$db)<=(-0.15))] #  7667

load original organoid passage CpGs

load(here("data","beta_organoids.RData"))
pvals_long<-read.csv(here("data","Heteroskedactiy_pvalues_FDR_1000iter.csv"), header=T)
pvals_long[,1]<-NULL
colnames(pvals_long)<-c("BP_count","diff_count","mean_db","fdr_BP","fdr_diff")
pvals_long$CpG<-rownames(organoid_beta)
pvals_long$BP_pval<-((1000-pvals_long$BP_count)+1)/1001
pvals_long$diff_pval<-((1000-pvals_long$diff_count)+1)/1001
pvals_long$BP_fdr<-((1000-pvals_long$fdr_BP)+1)/1001
pvals_long$diff_fdr<-((1000-pvals_long$fdr_diff)+1)/1001

hetero_CpG<-rownames(organoid_beta)[which(pvals_long$BP_fdr<0.05)]
print(paste("CpGs with significant (adjusted p<0.05) heteroskedactiy: ", length(hetero_CpG), sep=""))
## [1] "CpGs with significant (adjusted p<0.05) heteroskedactiy: 41852"
diff_CpG<-rownames(organoid_beta)[which(pvals_long$diff_fdr<0.05)]
diff_CpG_db<-pvals_long[which(pvals_long$diff_fdr<0.05 & abs(pvals_long$mean_db)>0.15),]
print(paste("CpGs with significant (adjusted p<0.05; delta beta >0.05) differential methylation: ", nrow(diff_CpG_db), sep=""))
## [1] "CpGs with significant (adjusted p<0.05; delta beta >0.05) differential methylation: 23766"
diff_CpG_db_hypo<-diff_CpG_db$CpG[which((diff_CpG_db$mean_db)>=0.15)] #  11772
diff_CpG_db_hyper<-diff_CpG_db$CpG[which((diff_CpG_db$mean_db)<=(-0.15))] #  5214

How many differential CpGs could overlap? 450K vs EPIC

print(paste("Of the ", nrow(diff_CpG_db), " CpGs differential with passage in the original organoids, ",
            length(diff_CpG_db$CpG[which(diff_CpG_db$CpG%in%rownames(combat_GSE141256_Beta_spheroids))]), " are in the GSE141256 data", sep=""))
## [1] "Of the 23766 CpGs differential with passage in the original organoids, 7673 are in the GSE141256 data"
diff_CpG_db_hypo_overlap<-diff_CpG_db_hypo[which(diff_CpG_db_hypo%in%rownames(combat_GSE141256_Beta_spheroids))]
diff_CpG_db_hyper_overlap<-diff_CpG_db_hyper[which(diff_CpG_db_hyper%in%rownames(combat_GSE141256_Beta_spheroids))]

diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap<-diff_CpG_db_hypoGSE141256[which(diff_CpG_db_hypoGSE141256%in%pvals_long$CpG)]
diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap<-diff_CpG_db_hyperGSE141256[which(diff_CpG_db_hyperGSE141256%in%pvals_long$CpG)]

print(paste("Of the ",length(diff_CpG_db_hypo_overlap)," hypo CpGs also on the 450K ",
            length(intersect(diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hypo_overlap))," are also hypo in the GSE141256 cohort (",
            round((length(intersect(diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hypo_overlap))/length(diff_CpG_db_hypo_overlap))*100,2),"%)",sep=""))
## [1] "Of the 5129 hypo CpGs also on the 450K 3503 are also hypo in the GSE141256 cohort (68.3%)"
print(paste("Of the ",length(diff_CpG_db_hyper_overlap)," hypo CpGs also on the 450K ",
            length(intersect(diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hyper_overlap))," are also hypo in the GSE141256 cohort (",
            round((length(intersect(diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hyper_overlap))/length(diff_CpG_db_hyper_overlap))*100,2),"%)",sep=""))
## [1] "Of the 2544 hypo CpGs also on the 450K 1117 are also hypo in the GSE141256 cohort (43.91%)"

delta beta directionality plot

plt_db_direction<-merge(pvals_long[,c(3,6)], passage_GSE141256, by="CpG")# 380776

plt_db_direction$sig<-"Not Significant"
plt_db_direction$sig[which(plt_db_direction$CpG%in%c(intersect(diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hypo_overlap),intersect(diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hyper_overlap)))]<-"Significant\nIn Both\nCohorts"

ggplot(plt_db_direction, aes(mean_db, db))+geom_point(aes(color=sig, alpha=sig),shape=19)+th+theme_bw()+
  scale_color_manual(values=c("lightgrey", "cornflowerblue"), name="Significant\nWith Passage")+
  scale_alpha_manual(values=c(0.25,1), guide=F)+
  geom_hline(yintercept=c(-0.15,0.15), color="grey60")+geom_vline(xintercept=c(-0.15,0.15), color="grey60")+
  ylim(-0.8,0.8)+xlim(-0.8,0.8)+xlab("Cohort 1 Organoid\nPassage Delta Beta")+ylab("Cohort 3 Organoid\nPassage Delta Beta")+
  stat_smooth(method="lm", se=F, color="black")
## Warning: Removed 68 rows containing non-finite values (stat_smooth).
## Warning: Removed 68 rows containing missing values (geom_point).

#ggsave(here("figs","GSE141256_db_directionality.pdf"), width=5, height=3.75)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_db_directionality.jpeg"), width=5, height=3.75)
## Warning: Removed 68 rows containing non-finite values (stat_smooth).

## Warning: Removed 68 rows containing missing values (geom_point).
print(paste("Correlation of delta betas between cohorts: ", round(cor(plt_db_direction$db, plt_db_direction$mean_db),2), sep=""))
## [1] "Correlation of delta betas between cohorts: 0.27"

representative CpGs

epic.organoid_minimal<-epic.organoid[,c(2, 14, 17)]
colnames(epic.organoid_minimal)[1]<-"Assay.Name"
epic.organoid_minimal$cohort<-"Cohort 1 Organoids"

GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal<-GSE141256_meta_combo_spheroids[,c(6,13,16)]
GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$cohort<-"Cohort 3 Organoids"
colnames(GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal)[2:3]<-c("sample_ID","passage.or.rescope.no_numeric")
GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID[grep("H", GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID)]<-"H"
GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID[grep("F", GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID)]<-"F"

sample_info_both<-rbind(GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal,epic.organoid_minimal)


plt_hetero_GSE141256<-function(CpGs, legend, axislab, title){
  betas<-melt(cbind(combat_GSE141256_Beta_spheroids[CpGs,],organoid_beta[CpGs,]))
  organoid_plt<-merge(sample_info_both, betas, by.x="Assay.Name",by.y="Var2")
  
  p<-ggplot(organoid_plt, aes(passage.or.rescope.no_numeric,value))+
    geom_line(aes(group=sample_ID),color="lightgrey")+
    stat_smooth(method="lm", color="grey30", size=0.7, se=F)+th+theme_bw()+
    geom_point(aes(fill=as.factor(passage.or.rescope.no_numeric)),shape=21, size=1.25)+
    scale_fill_manual(values=pass_col,name="Passage\nNumber", drop=T)+
    facet_grid(cohort~Var1)+
    ylab("DNAm Beta")+xlab("Passage Number")+ylim(0,1)+
    theme(plot.margin = margin(0.5, 0.15, 0.5, 0.15, "cm"),plot.title = element_text(size=12))+
    xlim(1,16)
  
  if(missing(legend) & missing(axislab) & missing(title)){p}else{
    if(legend=="N" & axislab=="N"){p + theme(legend.position = "none",axis.title.y=element_blank(),
                                             axis.text.y=element_blank(),
                                             axis.ticks.y=element_blank())+ ggtitle(title)}else{
                                               if(legend=="N" & axislab=="Y"){p + theme(legend.position = "none") + ggtitle(title)}}}}

plt_hetero_GSE141256(c("cg25402228","cg22009751"))
## Warning: Removed 10 rows containing missing values (geom_smooth).

ggsave(here("figs","Passage_differential_CpGs_GSE141256.pdf"),width = 4.75, height = 4)
## Warning: Removed 10 rows containing missing values (geom_smooth).
ggsave(here("figs/jpeg","Passage_differential_CpGs_GSE141256.jpeg"), width = 4.75, height = 4)
## Warning: Removed 10 rows containing missing values (geom_smooth).

R Session Info

sessionInfo()
## R version 3.5.1 (2018-07-02)
## Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Red Hat Enterprise Linux
## 
## Matrix products: default
## BLAS/LAPACK: /homes/redgar/anaconda3/envs/org_pass/lib/R/lib/libRblas.so
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8        LC_COLLATE=en_GB.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
##  [1] splines   stats4    parallel  stats     graphics  grDevices utils    
##  [8] datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19_0.6.0
##  [2] IlluminaHumanMethylationEPICmanifest_0.3.0         
##  [3] IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19_0.6.0 
##  [4] IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0         
##  [5] VGAM_1.1-1                                         
##  [6] reshape2_1.4.3                                     
##  [7] scales_1.0.0                                       
##  [8] rafalib_1.0.0                                      
##  [9] gtools_3.8.1                                       
## [10] lmtest_0.9-37                                      
## [11] zoo_1.8-4                                          
## [12] dplyr_0.8.0.1                                      
## [13] GEOmetadb_1.44.0                                   
## [14] RSQLite_2.1.1                                      
## [15] GEOquery_2.50.0                                    
## [16] pamr_1.56                                          
## [17] survival_2.43-3                                    
## [18] cluster_2.0.7-1                                    
## [19] sva_3.30.0                                         
## [20] genefilter_1.64.0                                  
## [21] mgcv_1.8-26                                        
## [22] nlme_3.1-137                                       
## [23] limma_3.38.3                                       
## [24] binom_1.1-1                                        
## [25] here_0.1                                           
## [26] RColorBrewer_1.1-2                                 
## [27] gridExtra_2.3                                      
## [28] ggplot2_3.1.0                                      
## [29] reshape_0.8.8                                      
## [30] minfi_1.28.0                                       
## [31] bumphunter_1.24.5                                  
## [32] locfit_1.5-9.1                                     
## [33] iterators_1.0.10                                   
## [34] foreach_1.4.4                                      
## [35] Biostrings_2.50.1                                  
## [36] XVector_0.22.0                                     
## [37] SummarizedExperiment_1.12.0                        
## [38] DelayedArray_0.8.0                                 
## [39] BiocParallel_1.16.2                                
## [40] matrixStats_0.54.0                                 
## [41] Biobase_2.42.0                                     
## [42] GenomicRanges_1.34.0                               
## [43] GenomeInfoDb_1.18.1                                
## [44] IRanges_2.16.0                                     
## [45] S4Vectors_0.20.1                                   
## [46] BiocGenerics_0.28.0                                
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
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##  [3] mclust_5.4.2             rprojroot_1.3-2         
##  [5] base64_2.0               bit64_0.9-7             
##  [7] AnnotationDbi_1.44.0     xml2_1.2.0              
##  [9] codetools_0.2-16         knitr_1.21              
## [11] Rsamtools_1.34.0         annotate_1.60.0         
## [13] HDF5Array_1.10.1         readr_1.3.1             
## [15] compiler_3.5.1           httr_1.4.0              
## [17] backports_1.1.3          assertthat_0.2.0        
## [19] Matrix_1.2-15            lazyeval_0.2.1          
## [21] htmltools_0.3.6          prettyunits_1.0.2       
## [23] tools_3.5.1              gtable_0.2.0            
## [25] glue_1.3.0               GenomeInfoDbData_1.2.0  
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## [37] beanplot_1.2             zlibbioc_1.28.0         
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## [43] yaml_2.2.0               memoise_1.1.0           
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