Validation in GSE141256
Rachel Edgar
2020-10-05
Load Libraries
suppressMessages(library(minfi))
suppressMessages(library(reshape))
suppressMessages(library(ggplot2))
suppressMessages(library(gridExtra))
suppressMessages(library(RColorBrewer))
suppressMessages(library(here))
suppressMessages(library(binom))
suppressMessages(library(limma))
suppressMessages(library(sva))
suppressMessages(library(pamr))
suppressMessages(library(GEOquery))
suppressMessages(library(GEOmetadb))
suppressMessages(library(dplyr))
suppressMessages(library(lmtest))
suppressMessages(library(gridExtra))
suppressMessages(library(gtools))
suppressMessages(library(rafalib))
options(stringsAsFactors = FALSE)Load Functions
source(here("scripts","00_pretty_plots.R"))
suppressMessages(source(here("scripts","00_heat_scree_plot_generic.R")))
source(here("scripts","00_EM_array_uniform_background_maximise_betabinom.R"))
gse <- getGEO("GSE141256", GSEMatrix = TRUE)## Found 3 file(s)## GSE141256-GPL10904_series_matrix.txt.gz## Parsed with column specification:
## cols(
## .default = col_character()
## )## See spec(...) for full column specifications.## File stored at:## /tmp/RtmpVf5iGM/GPL10904.soft## Warning: 92 parsing failures.
## row col expected actual file
## 34604 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34605 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34606 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34607 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## 34608 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE --ILMN_Controls literal data
## ..... ....... .................. ............... ............
## See problems(...) for more details.## GSE141256-GPL13534_series_matrix.txt.gz## Parsed with column specification:
## cols(
## .default = col_character()
## )## See spec(...) for full column specifications.## File stored at:## /tmp/RtmpVf5iGM/GPL13534.soft## Warning: 65 parsing failures.
## row col expected actual file
## 485513 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs10796216 literal data
## 485514 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs715359 literal data
## 485515 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs1040870 literal data
## 485516 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs10936224 literal data
## 485517 SPOT_ID 1/0/T/F/TRUE/FALSE rs213028 literal data
## ...... ....... .................. .......... ............
## See problems(...) for more details.## GSE141256-GPL21145_series_matrix.txt.gz## Parsed with column specification:
## cols(
## .default = col_character()
## )## See spec(...) for full column specifications.## File stored at:## /tmp/RtmpVf5iGM/GPL21145.softGSE141256_meta_450K<-pData(gse[[2]]) # 1 is expression 2 is 450K
GSE141256_meta_EPIC<-pData(gse[[3]]) # 3 is EPIC
GSE141256_meta_450K<-GSE141256_meta_450K[,c(1,2,8,10:13,21,24,33)]
GSE141256_meta_EPIC<-GSE141256_meta_EPIC[,c(1,2,8,10:13,21,24,33)]
identical(colnames(GSE141256_meta_EPIC), colnames(GSE141256_meta_450K))## [1] TRUE#cd data/published_organoids/GSE141256
#wget 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE141nnn/GSE141256/suppl/GSE141256_RAW.tar'
#tar -xvf GSE141256_RAW.tar
path<-"data/published_organoids/GSE141256"
GSE141256_meta_450K$Assay.Name<-paste(GSE141256_meta_450K$geo_accession,"_",GSE141256_meta_450K$title, sep="")
GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name<-paste(GSE141256_meta_EPIC$geo_accession,"_",GSE141256_meta_EPIC$title, sep="")
GSE141256_meta_450K$array.id.path <- file.path(here(path), GSE141256_meta_450K$Assay.Name)
GSE141256_meta_EPIC$array.id.path <- file.path(here(path), GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)
GSE141256_meta_450K$sentrix_ID<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_450K), function(x){
strsplit(GSE141256_meta_450K$title[x], "_")[[1]][1]
})
GSE141256_meta_EPIC$sentrix_ID<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_EPIC), function(x){
strsplit(GSE141256_meta_EPIC$title[x], "_")[[1]][1]
})Normalize 450K Arrays
rgset_450k <- read.metharray(GSE141256_meta_450K$array.id.path, verbose = FALSE)
# Background and dye bias correction with noob thhrough funnorm implemented in minfi
#http://bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/methylation450k.html
MSet.illumina405K <- preprocessFunnorm(rgset_450k, sex=GSE141256_meta_450K$characteristics_ch1.2)## [preprocessFunnorm] Background and dye bias correction with noob## Loading required package: IlluminaHumanMethylation450kmanifest## Loading required package: IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19## [preprocessFunnorm] Mapping to genome## [preprocessFunnorm] Quantile extraction## [preprocessFunnorm] NormalizationGSE141256_beta_450K<-getBeta(MSet.illumina405K)
#Detection pvalue analysis
avg_detPval <- colMeans(detectionP(rgset_450k))
GSE141256_meta_450K$det_pval<-avg_detPvalNormalize EPIC Arrays
rgset_EPIC <- read.metharray(GSE141256_meta_EPIC$array.id.path, verbose = FALSE)
class(rgset_EPIC)## [1] "RGChannelSet"
## attr(,"package")
## [1] "minfi"reset = updateObject(rgset_EPIC)
class(rgset_EPIC)## [1] "RGChannelSet"
## attr(,"package")
## [1] "minfi"# Background and dye bias correction with noob thhrough funnorm implemented in minfi
#http://bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/methylation450k.html
MSet.illuminaEPIC <- preprocessFunnorm(rgset_EPIC, sex=GSE141256_meta_EPIC$characteristics_ch1.2)## [preprocessFunnorm] Background and dye bias correction with noob## Loading required package: IlluminaHumanMethylationEPICmanifest## Loading required package: IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19##
## Attaching package: 'IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19'## The following objects are masked from 'package:IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19':
##
## Islands.UCSC, Locations, Manifest, Other,
## SNPs.132CommonSingle, SNPs.135CommonSingle,
## SNPs.137CommonSingle, SNPs.138CommonSingle,
## SNPs.141CommonSingle, SNPs.142CommonSingle,
## SNPs.144CommonSingle, SNPs.146CommonSingle,
## SNPs.147CommonSingle, SNPs.Illumina## [preprocessFunnorm] Mapping to genome## [preprocessFunnorm] Quantile extraction## [preprocessFunnorm] NormalizationGSE141256_beta_EPIC<-getBeta(MSet.illuminaEPIC)
#Detection pvalue analysis
avg_detPval <- colMeans(detectionP(rgset_EPIC))
GSE141256_meta_EPIC$det_pval<-avg_detPval
grid.arrange(ggplot(GSE141256_meta_450K)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE),
ggplot(GSE141256_meta_EPIC)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE))
ggsave(here("figs","GSE141256_detection_pvalue_organoids.pdf"),
grid.arrange(ggplot(GSE141256_meta_450K)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE),
ggplot(GSE141256_meta_EPIC)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE)),
width=6, height=5)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_detection_pvalue_organoids.jpeg"),
grid.arrange(ggplot(GSE141256_meta_450K)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE),
ggplot(GSE141256_meta_EPIC)+geom_boxplot(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, fill=as.factor(sentrix_ID)), outlier.shape = NA)+
geom_point(aes(as.factor(sentrix_ID), det_pval, group=geo_accession, fill=as.factor(sentrix_ID)), shape=21, color="black",
position = position_jitter(w = 0.25))+theme_bw()+theme(axis.text.x=element_text(angle = 45, vjust = 1, hjust=1))+
xlab("Sentrix ID")+ylab("Mean Detection P Value")+guides(fill=FALSE)),
width=6, height=5)Beta distribution before and after normalization
# 450K
GSE141256_beta_450K_raw<-getBeta(rgset_450k)
Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_450K)
Beta_melted_raw<- melt(GSE141256_beta_450K_raw)
Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
Beta_Plot_raw<-Beta_melted_raw[which(!(is.na(Beta_melted_raw$value))),]
colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256_meta_450K, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
colnames(Beta_Plot_raw)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot_raw<-merge(Beta_Plot_raw,GSE141256_meta_450K, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
beta_dis_450k<-ggplot(Beta_Plot, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")
beta_dis_450k_raw<-ggplot(Beta_Plot_raw, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")
# EPIC
GSE141256_beta_EPIC_raw<-getBeta(rgset_EPIC)
Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_EPIC)
Beta_melted_raw<- melt(GSE141256_beta_EPIC_raw)
Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
Beta_Plot_raw<-Beta_melted_raw[which(!(is.na(Beta_melted_raw$value))),]
colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256_meta_EPIC, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
colnames(Beta_Plot_raw)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot_raw<-merge(Beta_Plot_raw,GSE141256_meta_EPIC, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
beta_dis_EPIC<-ggplot(Beta_Plot, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")
beta_dis_EPIC_raw<-ggplot(Beta_Plot_raw, aes(Beta, group=as.character(geo_accession), color=as.character(description)))+
geom_density()+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")
grid.arrange(beta_dis_450k_raw,beta_dis_450k,beta_dis_EPIC_raw,beta_dis_EPIC)
ggsave(here("figs","GSE141256_beta_distribution.pdf"),grid.arrange(beta_dis_450k_raw,beta_dis_450k,beta_dis_EPIC_raw,beta_dis_EPIC), w=10, h=5)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_beta_distribution.jpeg"),grid.arrange(beta_dis_450k_raw,beta_dis_450k,beta_dis_EPIC_raw,beta_dis_EPIC), w=10, h=5)450K QC and Probe Filtering
Confirm ID with SNPs and cluster by DNAm
# Clustering By sampling site
# remove rows with NAs
GSE141256_450K_betas_cluster<-GSE141256_beta_450K[complete.cases(GSE141256_beta_450K),]
d <- dist(t(GSE141256_450K_betas_cluster))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$description), cex=1.5)
pdf(here('figs','GSE141256_cluster_whole450K_organoid.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$description), cex=1.5)
dev.off()## png
## 2Genotyping Probes
SNPs <- getSnpBeta(rgset_450k)
SNPs<-SNPs[complete.cases(SNPs),]
SNPs<-SNPs[,which(colnames(SNPs)%in%GSE141256_meta_450K$Assay.Name)]
identical(colnames(SNPs),GSE141256_meta_450K$Assay.Name)## [1] TRUEd <- dist(t(SNPs))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_450K$description)), cex=1.5)
pdf(here('figs','GSE141256_cluster_snps_450K.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_450K$description)), cex=1.5)
dev.off()## png
## 2by sex too
450K annotation from illumina
# https://emea.support.illumina.com/downloads/humanmethylation450_15017482_v1-2_product_files.html
anno_450k<-read.csv(here("data","HumanMethylation450_15017482_v1-2.csv"), skip=7)
anno_450k<-anno_450k[match(rownames(GSE141256_beta_450K),anno_450k$IlmnID),]
identical(rownames(GSE141256_beta_450K),anno_450k$IlmnID)## [1] TRUEGSE141256_450K_sex<-GSE141256_beta_450K[which(anno_450k$CHR%in%c('X','Y')),]
d <- dist(t(GSE141256_450K_sex))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$characteristics_ch1.2), cex=1.5)
pdf(here('figs','GSE141256_cluster_sex_450K.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_450K$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_450K$characteristics_ch1.2), cex=1.5)
dev.off()## png
## 2Probe Filtering
Sex Chromosomes
anno_450k<-anno_450k[match(rownames(GSE141256_beta_450K),anno_450k$IlmnID),]
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(anno_450k$CHR%in%c('X','Y'))),] #485512
filt_sex<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))## [1] "Samples available: 52Probes available: 473864"Cross-hybridizing probes and polymorphic probes.
Some probes have been found to cross-hybridize with other chromosomes (Price et al. 2013 Epigenetics). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL16304
price<-read.table(here("data","GPL16304-47833.txt"), sep='\t', header=T, skip=22)
price<-price[match(rownames(GSE141256_beta_450K),price$ID),]
cross_hyb<-price[which(price$XY_Hits=="XY_YES" | price$Autosomal_Hits=="A_YES"),]
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%cross_hyb$ID)),]
filt_cross<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))## [1] "Samples available: 52Probes available: 433274"Polymorphic probes
SnpatCpG<-price[which(price$Target.CpG.SNP!=""),] # 20696
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%SnpatCpG$ID)),]
filt_poly<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))## [1] "Samples available: 52Probes available: 415080"Probe filtering based on detection pvalue and detection over background (NA)
Remove probes with high NA count
na_count_probe <-sapply(1:nrow(GSE141256_beta_450K), function(y) length(which(is.na(GSE141256_beta_450K[y,]))))
na_count_probe_good<-which(na_count_probe<(ncol(GSE141256_beta_450K)*0.05))
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[na_count_probe_good,]
filt_bead<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))## [1] "Samples available: 52Probes available: 415080"Remove probes with high detection p value across samples, and any samples with many high detection p value probes
detP <- detectionP(rgset_450k)
failed <- detP>0.05
bad_det_p<-names(which(rowMeans(failed)>0.01))
bad_det_psamp<-names(which(colMeans(failed)>0.01))
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(!(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%bad_det_p)),]
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[,which(!(colnames(GSE141256_beta_450K)%in%bad_det_psamp))]
filt_detp<-nrow(GSE141256_beta_450K)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_450K),"Probes available: ",nrow(GSE141256_beta_450K),sep=""))## [1] "Samples available: 52Probes available: 413615"EPIC QC and Probe Filtering
Confirm ID with SNPs and cluster by DNAm
# Clustering By sample site
# remove rows with NAs
GSE141256_EPIC_betas_cluster<-GSE141256_beta_EPIC[complete.cases(GSE141256_beta_EPIC),]
d <- dist(t(GSE141256_EPIC_betas_cluster))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$description), cex=1.5)
pdf(here('figs','GSE141256_cluster_wholeEPIC_organoid.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$description), cex=1.5)
dev.off()## png
## 2#Genotyping Probes
SNPs <- getSnpBeta(rgset_EPIC)
SNPs<-SNPs[complete.cases(SNPs),]
SNPs<-SNPs[,which(colnames(SNPs)%in%GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)]
identical(colnames(SNPs),GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)## [1] TRUEd <- dist(t(SNPs))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_EPIC$description)), cex=1.5)
pdf(here('figs','GSE141256_cluster_snps_EPIC.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(as.character(GSE141256_meta_EPIC$description)), cex=1.5)
dev.off()## png
## 2by sex too
Using the cg ID to chromosome annotation from illumina https://emea.support.illumina.com/downloads/infinium-methylationepic-v1-0-product-files.html
anno_EPIC<-read.csv(here("data", "MethylationEPIC_v-1-0_B4.csv"), skip=7)
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%anno_EPIC$IlmnID),]
anno_EPIC<-anno_EPIC[match(rownames(GSE141256_beta_EPIC),anno_EPIC$IlmnID),]
identical(rownames(GSE141256_beta_EPIC),anno_EPIC$IlmnID)## [1] TRUEGSE141256_EPIC_sex<-GSE141256_beta_EPIC[which(anno_EPIC$CHR%in%c('X','Y')),]
d <- dist(t(GSE141256_EPIC_sex))
hc <- hclust(d, method = "complete") #single, complete, average, ward
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$characteristics_ch1.2), cex=1.5)
pdf(here('figs','GSE141256_cluster_sex_EPIC.pdf'), width=30)
myplclust(hc, labels=GSE141256_meta_EPIC$geo_accession, lab.col=as.fumeric(GSE141256_meta_EPIC$characteristics_ch1.2), cex=1.5)
dev.off()## png
## 2Probe Filtering
# SNP probes should already be removed
GSE141256_beta_EPIC <- GSE141256_beta_EPIC[!grepl("rs",rownames(GSE141256_beta_EPIC)), ]
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 865859"Sex Chromosomes
anno_EPIC<-anno_EPIC[anno_EPIC$IlmnID%in%rownames(GSE141256_beta_EPIC),]
identical(rownames(GSE141256_beta_EPIC),anno_EPIC$IlmnID)## [1] TRUEGSE141256_beta_EPIC <- GSE141256_beta_EPIC[!anno_EPIC$CHR%in%c("X", "Y"), ]
filt_sex<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 846232"Cross-hybridizing probes and polymorphic probes.
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-1066-1 “43,254 cross-reactive probes with ≥ 47 bp homology with an off-target site, of which 15,782 (36.5 %) are new to the EPIC platform” They include this annotated list in their supplement. wget https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13059-016-1066-1/MediaObjects/13059_2016_1066_MOESM2_ESM.csv
cross_reactive<-read.csv(here("data", "13059_2016_1066_MOESM2_ESM.csv"), stringsAsFactors = F)
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(!(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%cross_reactive$PROBE)),]
filt_cross<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 814600"For polymorphic probes I will The Pidsley annotation aswell for “Probes overlapping genetic variants at targeted CpG sites.” and “Probes overlapping genetic variants at single base extension sites for Infinium Type I probes” but NOT “Probes with genetic variants overlapping the body of the probe: 48 base pairs for Infinium Type I probes and 49 base pairs for Infinium Type II probes.”
#wget https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13059-016-1066-1/MediaObjects/13059_2016_1066_MOESM4_ESM.csv
#wget https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13059-016-1066-1/MediaObjects/13059_2016_1066_MOESM5_ESM.csv
polymorphic<-read.csv(here("data", "13059_2016_1066_MOESM4_ESM.csv"), stringsAsFactors = F)
print(paste("Filtering ",length(unique(polymorphic$PROBE))," polymorphic probes (genetic variants at targeted CpG sites).", sep=""))## [1] "Filtering 12378 polymorphic probes (genetic variants at targeted CpG sites)."baseext<-read.csv(here("data", "13059_2016_1066_MOESM5_ESM.csv"), stringsAsFactors = F)
print(paste("Filtering ",length(unique(baseext$PROBE))," polymorphic probes (single base extension sites for Infinium Type I probes).", sep=""))## [1] "Filtering 413 polymorphic probes (single base extension sites for Infinium Type I probes)."GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(!(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%c(polymorphic$PROBE, baseext$PROBE))),]
filt_poly<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 802848"Probe filtering based on detection pvalue and detection over background (NA)
Remove probes with high NA count
na_count_probe <-sapply(1:nrow(GSE141256_beta_EPIC), function(y) length(which(is.na(GSE141256_beta_EPIC[y,]))))
na_count_probe_good<-which(na_count_probe<(ncol(GSE141256_beta_EPIC)*0.05))
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[na_count_probe_good,]
filt_bead<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 802848"Remove probes with high detection p value across samples, and any samples with many high detection p value probes
detP <- detectionP(rgset_EPIC)
detP<-detP[,which(colnames(detP)%in%GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)]
identical(colnames(detP),GSE141256_meta_EPIC$Assay.Name)## [1] TRUEfailed <- detP>0.05
bad_det_p<-names(which(rowMeans(failed)>0.01))
bad_det_psamp<-names(which(colMeans(failed)>0.01))
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(!(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%bad_det_p)),]
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[,which(!(colnames(GSE141256_beta_EPIC)%in%bad_det_psamp))]
filt_detp<-nrow(GSE141256_beta_EPIC)
print(paste("Samples available: ",ncol(GSE141256_beta_EPIC),"\nProbes available: ",nrow(GSE141256_beta_EPIC),sep=""))## [1] "Samples available: 32\nProbes available: 800515"Combine the EPIC and 450K data
GSE141256_beta_450K<-GSE141256_beta_450K[which(rownames(GSE141256_beta_450K)%in%rownames(GSE141256_beta_EPIC)),]
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[which(rownames(GSE141256_beta_EPIC)%in%rownames(GSE141256_beta_450K)),]
GSE141256_beta_EPIC<-GSE141256_beta_EPIC[match(rownames(GSE141256_beta_450K),rownames(GSE141256_beta_EPIC)),]
identical(rownames(GSE141256_beta_EPIC),rownames(GSE141256_beta_450K))## [1] TRUEGSE141256_beta_combo<-cbind(GSE141256_beta_450K,GSE141256_beta_EPIC)
identical(colnames(GSE141256_meta_EPIC),colnames(GSE141256_meta_450K))## [1] TRUEGSE141256_meta_combo<-rbind(GSE141256_meta_450K, GSE141256_meta_EPIC)
identical(colnames(GSE141256_beta_combo), GSE141256_meta_combo$Assay.Name)## [1] TRUEprint(paste("With combining the EPIC and 450K there are ",ncol(GSE141256_beta_combo)," samples and ",nrow(GSE141256_beta_combo)," CpGs",sep=""))## [1] "With combining the EPIC and 450K there are 84 samples and 384188 CpGs"Restructure meta
GSE141256_meta_combo$cell_type<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo$age<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1.1[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo$sex<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1.2[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo$batch<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo), function(x){strsplit(GSE141256_meta_combo$characteristics_ch1.3[x],": ")[[1]][[2]]})
GSE141256_meta_combo<-GSE141256_meta_combo[,c(1:3,8,9,11,13:18)]Principal Component Analysis (PCA)
pca_res <- prcomp(t(GSE141256_beta_combo))
Loadings<-as.data.frame(pca_res$x)
vars <- pca_res$sdev^2
Importance<-vars/sum(vars)
GSE141256_meta_combo$age<-as.numeric(GSE141256_meta_combo$age)
meta_categorical <- GSE141256_meta_combo[, c(3,5,7,9,11,12)] # input column numbers in meta that contain categorical variables
meta_continuous <- as.data.frame(GSE141256_meta_combo[, c(8, 10)] ) # input column numbers in meta that contain continuous variables
colnames(meta_categorical) <- c("Sample Site", "Array Type","Sentrix ID", "Cell Type","Sex","Batch")
colnames(meta_continuous) <- c("det_pval", "age")
ord<-1:length(c(colnames(meta_categorical),colnames(meta_continuous)))
# how far do you want the plot to go?
PCs_to_view<-10
suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7))
ggsave(here("figs/GSE141256_heat_scree_before_combat.pdf"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_heat_scree_before_combat.jpeg"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)Combat array EPIC and 450K
impute 0 and 1
GSE141256_beta_combo[GSE141256_beta_combo==0]<-0.01
GSE141256_beta_combo[GSE141256_beta_combo==1]<-0.99impute NA
imputeMedianv3<-function(x) apply(x, 1, function(x){x[is.na(x)]<-median(x, na.rm=T); x}) #impute with row mean
GSE141256_beta_combo<-t(imputeMedianv3(GSE141256_beta_combo))
Mval<-function(beta) log2(beta/(1-beta))
edata = apply(GSE141256_beta_combo, 1, Mval) # need mvalues for combat
edata = as.data.frame(edata)
edata = t(edata)
batch = GSE141256_meta_combo$platform_id
combat_GSE141256_mval = ComBat(dat=edata, batch=batch, mod=NULL, par.prior=TRUE)## Found2batches## Adjusting for0covariate(s) or covariate level(s)## Standardizing Data across genes## Fitting L/S model and finding priors## Finding parametric adjustments## Adjusting the DataBack to betas
betas<-function(M) 2^M/((2^M)+1)
combat_GSE141256_Beta = apply(combat_GSE141256_mval, 1, betas) # need mvalues for combat
combat_GSE141256_Beta = as.data.frame(combat_GSE141256_Beta)
combat_GSE141256_Beta = t(combat_GSE141256_Beta)
combat_GSE141256_Beta<-as.data.frame(combat_GSE141256_Beta)
combat_GSE141256_Beta<-t(imputeMedianv3(combat_GSE141256_Beta))
save(combat_GSE141256_Beta, GSE141256_meta_combo, file=paste(here("data"),"/GSE141256_beta_organoids.RData",sep=""))
#load(here("data","GSE141256_beta_organoids.RData"))
# PCA on batch corrected data
pca_res <- prcomp(t(combat_GSE141256_Beta))
Loadings<-as.data.frame(pca_res$x)
vars <- pca_res$sdev^2
Importance<-vars/sum(vars)
meta_categorical <- GSE141256_meta_combo[, c(3,5,7,9,11,12)] # input column numbers in meta that contain categorical variables
meta_continuous <- as.data.frame(GSE141256_meta_combo[, c(8, 10)] ) # input column numbers in meta that contain continuous variables
colnames(meta_categorical) <- c("Sample Site", "Array Type","Sentrix ID", "Cell Type","Sex","Batch")
colnames(meta_continuous) <- c("det_pval", "age")
ord<-1:length(c(colnames(meta_categorical),colnames(meta_continuous)))
# how far do you want the plot to go?
PCs_to_view<-10
suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7))
ggsave(here("figs/GSE141256_heat_scree_after_combat.pdf"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_heat_scree_after_combat.jpeg"), suppressWarnings(heat_scree_plot(Loadings, Importance, 2.5, 2.7)),width = 9, height = 6)
## PC vs PC plot
Loadings$Assay.Name<-rownames(Loadings)
Loadings_meta<-merge(Loadings, GSE141256_meta_combo, by="Assay.Name")
pc2<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC1, PC2, fill=source_name_ch1))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
xlab("PC1 (27%)")+ylab("PC2 (26%)")+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
axis.title = element_text(size=14),
plot.margin = margin(1, 0.1, 1, 1, "cm"))+
scale_fill_manual(values=c("#1a9850", "cornflowerblue","#e1e1ff","#1347a4","#000192"))
pc1<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC1, PC2, fill=cell_type))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
xlab("PC1 (27%)")+ylab("PC2 (26%)")+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
axis.title = element_text(size=14),
plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm"))+
scale_fill_manual(values=c("#35978f","#8c510a","#c7eae5","#dfc27d"))
grid.arrange(pc1, pc2)
Overall Variance Across most Variable CpGs with Passage
Variation<-function(x) {quantile(x, c(0.9), na.rm=T)[[1]]-quantile(x, c(0.1), na.rm=T)[[1]]}
Mval<-function(beta) log2(beta/(1-beta))
## only in spheroids
GSE141256_meta_combo_spheroids<-GSE141256_meta_combo[grep("spheroid", GSE141256_meta_combo$cell_type),]
combat_GSE141256_Beta_spheroids<-combat_GSE141256_Beta[,which(colnames(combat_GSE141256_Beta)%in%GSE141256_meta_combo_spheroids$Assay.Name)]
GSE141256_mval_combo = apply(combat_GSE141256_Beta_spheroids, 1, Mval) # need mvalues for combat
GSE141256_mval_combo = as.data.frame(GSE141256_mval_combo)
GSE141256_mval_combo = t(GSE141256_mval_combo)
ref_range_dnam<-sapply(1:nrow(GSE141256_mval_combo), function(x) Variation(GSE141256_mval_combo[x,]))
GSE141256_beta_VeryVariable<-combat_GSE141256_Beta_spheroids[which(ref_range_dnam>=2.75),]
print(paste("There are ",nrow(GSE141256_beta_VeryVariable), " variable CpGs (10th-90th quantile range in M value >2.75)",sep=""))## [1] "There are 55379 variable CpGs (10th-90th quantile range in M value >2.75)"Additonal Sample Information
Shared by Leanne Jones
DNAm_GEOcodes<-read.csv(here("data/published_organoids/GSE141256","Lewis.etal.DNAmSamples_Organoids_GEOcodes-1.csv"))
DNAm_GEOcodes$GSM<-gsub(" ","",as.character(DNAm_GEOcodes$GEO.ID))
DNAm_GEOcodes$GSM<-sapply(1:nrow(DNAm_GEOcodes), function(x){paste(strsplit(DNAm_GEOcodes$GSM[x],"")[[1]][1:10], collapse="")})
intersect(DNAm_GEOcodes$GSM, GSE141256_meta_combo_spheroids$geo_accession)## [1] "GSM4199911" "GSM4199913" "GSM4199914" "GSM4199923" "GSM4199927"
## [6] "GSM4199931" "GSM4199990" "GSM4199974" "GSM4199938" "GSM4199942"
## [11] "GSM4199992" "GSM4199962" "GSM4199949" "GSM4199969" "GSM4199983"
## [16] "GSM4199980" "GSM4199978" "GSM4199986" "GSM4199984" "GSM4199967"
## [21] "GSM4199966"GSE141256_meta_combo_spheroids<-merge(GSE141256_meta_combo_spheroids, DNAm_GEOcodes[,c(1,7,10)], by.x="geo_accession", by.y="GSM")
GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor<-as.factor(as.character(GSE141256_meta_combo_spheroids$Passage.Number))
levels(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor)<-c(11,2,3,3,4,5,7)
GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric<-as.numeric(as.character(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor))
GSE141256_meta_combo_spheroids$passage.or.numeric.factor <- factor(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_factor, levels = c(11,7,5,4,3,2))PCA on just organoids
pca_res <- prcomp(t(combat_GSE141256_Beta_spheroids))
Loadings<-as.data.frame(pca_res$x)
vars <- pca_res$sdev^2
Importance<-vars/sum(vars)
Loadings$Assay.Name<-rownames(Loadings)
Loadings_meta<-merge(Loadings, GSE141256_meta_combo_spheroids, by="Assay.Name")
pc1<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC1, PC2, fill=source_name_ch1))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
xlab(paste("PC1 (",round(Importance[1]*100,0),"%)", sep=""))+ylab(paste("PC2 (",round(Importance[2]*100,0),"%)", sep=""))+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
axis.title = element_text(size=14),
plot.margin = margin(1, 0.1, 1, 1, "cm"))+
scale_fill_manual(values=c("#1a9850", "cornflowerblue","#e1e1ff","#1347a4","#000192"))
pc2<-ggplot(Loadings_meta, aes(PC2, PC3, fill=as.factor(passage.or.numeric.factor)))+geom_point(shape=21,size=3, color="black")+theme_bw()+
xlab(paste("PC2 (",round(Importance[2]*100,0),"%)", sep=""))+ylab(paste("PC3 (",round(Importance[3]*100,0),"%)", sep=""))+th+theme(axis.text = element_text(size=12),
axis.title = element_text(size=14),
plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm"))+
scale_fill_manual(values=rev(c("#D53E4F", "#F46D43", "#FEE08B", "#ABDDA4","#4CA5B1","#5E4FA2")), name="Passage\nNumber")
grid.arrange(pc1, pc2)
ggsave(here("figs/GSE141256_organoid_PCA.pdf"),grid.arrange(pc1, pc2),width = 3.75, height = 2.5)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_organoid_PCA.jpeg"), grid.arrange(pc1, pc2),width = 7.5, height = 5)
# beta plot variable CpGs
Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_VeryVariable)
Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256_meta_combo_spheroids, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
Beta_Plot$passage.or.numeric.factor <- factor(Beta_Plot$passage_factor, levels = c(11,7,5,4,3,2))
ggplot(Beta_Plot, aes(Beta, color=passage.or.numeric.factor))+
geom_density(size=0.75)+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")+ylab("Density")+
scale_color_manual(values=rev(c("#D53E4F", "#F46D43", "#FEE08B", "#ABDDA4","#4CA5B1","#5E4FA2")), name="Passage\nNumber")
ggsave(here("figs/GSE141256_variable_CpGs.pdf"),width = 3.75, height = 2.5)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_variable_CpGs.jpeg"), width = 7.5, height = 5)Beta distributions paired by individual
GSE141256_meta_combo_spheroids_paired<-GSE141256_meta_combo_spheroids[grep("F|H",GSE141256_meta_combo_spheroids$Sample.ID),]
GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual<-as.factor(as.character(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$Sample.ID))
levels(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual)<-c("F","F","H","H","J","K")
GSE141256.organoid_paired<-do.call(rbind,lapply(1:length(unique(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual)), function(x){
sample<-as.character(unique(GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual)[x])
samp<-GSE141256_meta_combo_spheroids_paired[GSE141256_meta_combo_spheroids_paired$individual==sample,]
samp<-samp[order(samp$passage_numeric),]
samp$hilo<-as.factor(as.character(samp$passage_numeric))
if(length(levels(samp$hilo))==2){levels(samp$hilo)<-c("lower","higher")}else{
if(length(levels(samp$hilo))==3){levels(samp$hilo)<-c("lower","higher","highest")}else{
if(length(levels(samp$hilo))==4){levels(samp$hilo)<-c("lowest","lower","higher","highest")}else{samp$hilo<-NA}
}
}
samp
}))
GSE141256_beta_VeryVariable_paird<-GSE141256_beta_VeryVariable[,which(colnames(GSE141256_beta_VeryVariable)%in%GSE141256.organoid_paired$Assay.Name)]
Beta_melted<- melt(GSE141256_beta_VeryVariable_paird)
Beta_Plot<-Beta_melted[which(!(is.na(Beta_melted$value))),]
colnames(Beta_Plot)<-c("CpG","ID","Beta")
Beta_Plot<-merge(Beta_Plot,GSE141256.organoid_paired, by.x="ID", by.y="Assay.Name")
Beta_Plot$individual<-as.character(Beta_Plot$individual)
GSE141256.organoid_paired$individual<-as.character(GSE141256.organoid_paired$individual)
labels<-as.data.frame(tapply(GSE141256.organoid_paired$passage_numeric, GSE141256.organoid_paired$individual, function(x) paste(x, collapse=", ")))
colnames(labels)<-"passge"
labels$individual<-rownames(labels)
ggplot()+
geom_density(aes(Beta,color=hilo, group=ID),Beta_Plot, size=0.75)+theme_bw()+xlab("DNAm Beta Value")+ylab("Density")+
scale_color_manual(values = c ("#9ecae1", "#225ea8", "#081d58"), name="Relative\nPassage\nLevel within\nPatient")+facet_wrap(~individual, nrow=1)+
geom_text(aes(0.75, 2.75, label=passge), data=labels, color="grey20")+th+theme(strip.text = element_text(size = 10),
axis.text=element_text(size=4),
panel.spacing = unit(0.7, "lines"))+th+
scale_x_continuous(breaks = c(0,0.5,1))
ggsave(here("figs","GSE141256_paired_beta.pdf"),width = 5, height = 2.2)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_paired_beta.jpeg"),width = 5, height = 2.2)Thresholding Trimodality
GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_prior_ratio<-sapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo_spheroids), function(x){
print(x)
converted<-as.numeric(round(GSE141256_beta_VeryVariable[,x]*1000,0))
counts<-rep(1000, length(converted))
res = em(converted, counts, .41, .31, .27, 0.01, .1, .1, .90, .03, .5, .05)
passage_threshold_params(converted, counts, res)
})## [1] 1
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311085.51 0.57 0.31 0.10 0.02 0.14
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.49 0.05
## [1] -305948.55 0.60 0.31 0.06 0.03 0.16
## [7] 0.08 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305335.19 0.61 0.31 0.05 0.04 0.16
## [7] 0.09 0.83 0.04 0.49 0.04
## [1] -305097.01 0.61 0.31 0.04 0.04 0.17
## [7] 0.09 0.82 0.04 0.49 0.04
## [1] -304965.92 0.60 0.31 0.04 0.05 0.17
## [7] 0.09 0.81 0.04 0.49 0.04
## [1] -304874.34 0.60 0.31 0.04 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.49 0.04
## [1] -304799.70 0.59 0.31 0.03 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.49 0.04
## [1] -304732.55 0.58 0.32 0.03 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.49 0.04
## [1] -304671.13 0.58 0.32 0.03 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -304613.31 0.57 0.32 0.03 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -304558.62 0.56 0.32 0.03 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304505.89 0.55 0.32 0.04 0.09 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304454.00 0.55 0.32 0.04 0.09 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304401.89 0.54 0.33 0.04 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304348.74 0.53 0.33 0.04 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304293.70 0.53 0.33 0.04 0.11 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304236.35 0.52 0.33 0.04 0.11 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304176.66 0.51 0.33 0.04 0.11 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304114.64 0.50 0.33 0.05 0.12 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304050.57 0.50 0.33 0.05 0.12 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303984.85 0.49 0.33 0.05 0.13 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303917.95 0.48 0.33 0.05 0.13 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303850.35 0.48 0.33 0.05 0.14 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303782.63 0.47 0.33 0.06 0.14 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303715.07 0.46 0.33 0.06 0.14 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303648.12 0.46 0.33 0.06 0.15 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303582.12 0.45 0.33 0.06 0.15 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303517.31 0.44 0.33 0.06 0.16 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303453.87 0.44 0.33 0.07 0.16 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303391.95 0.43 0.33 0.07 0.17 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303331.61 0.42 0.33 0.07 0.17 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303272.89 0.42 0.33 0.07 0.18 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303215.79 0.41 0.33 0.08 0.18 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303160.29 0.41 0.33 0.08 0.19 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303106.37 0.40 0.33 0.08 0.19 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303053.96 0.39 0.33 0.08 0.19 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303003.03 0.39 0.33 0.08 0.20 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.46 0.06
## [1] -302953.51 0.38 0.33 0.09 0.20 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.46 0.07
## [1] -302905.35 0.37 0.33 0.09 0.21 0.15
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.46 0.07
## [1] -302858.51 0.37 0.33 0.09 0.21 0.15
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.46 0.07
## [1] -302812.93 0.36 0.33 0.09 0.22 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302768.58 0.36 0.33 0.09 0.22 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302725.40 0.35 0.33 0.10 0.23 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302683.28 0.34 0.33 0.10 0.23 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302642.48 0.34 0.33 0.10 0.24 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302602.87 0.33 0.33 0.10 0.24 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302564.04 0.33 0.33 0.10 0.24 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302526.27 0.32 0.32 0.11 0.25 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302489.52 0.32 0.32 0.11 0.25 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302453.78 0.31 0.32 0.11 0.26 0.13
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302419.02 0.30 0.32 0.11 0.26 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302385.23 0.30 0.32 0.11 0.27 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302352.39 0.29 0.32 0.12 0.27 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302320.50 0.29 0.32 0.12 0.28 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.08
## [1] -302289.54 0.28 0.32 0.12 0.28 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.08
## [1] -302259.52 0.28 0.32 0.12 0.28 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.43 0.08
## [1] -302230.41 0.27 0.31 0.12 0.29 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.07 0.43 0.08
## [1] -302202.22 0.27 0.31 0.13 0.29 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.07 0.43 0.08
## [1] -302174.95 0.26 0.31 0.13 0.30 0.12
## [7] 0.06 0.78 0.07 0.43 0.08
## [1] -302148.60 0.26 0.31 0.13 0.30 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.08
## [1] -302123.15 0.25 0.31 0.13 0.31 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.08
## [1] -302098.62 0.25 0.31 0.13 0.31 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.08
## [1] -302075.01 0.25 0.31 0.13 0.31 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -302052.33 0.24 0.30 0.14 0.32 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -302030.58 0.24 0.30 0.14 0.32 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -302009.77 0.23 0.30 0.14 0.33 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301989.90 0.23 0.30 0.14 0.33 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301970.99 0.22 0.30 0.14 0.34 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301953.06 0.22 0.30 0.14 0.34 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301936.11 0.22 0.29 0.15 0.34 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301920.15 0.21 0.29 0.15 0.35 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301905.21 0.21 0.29 0.15 0.35 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301891.31 0.21 0.29 0.15 0.36 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301878.45 0.20 0.29 0.15 0.36 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301866.67 0.20 0.28 0.15 0.36 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301855.98 0.19 0.28 0.16 0.37 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301846.40 0.19 0.28 0.16 0.37 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.07 0.40 0.09
## [1] 2
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -303622.48 0.50 0.36 0.12 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.89 0.04 0.50 0.05
## [1] -302373.85 0.53 0.36 0.09 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.04
## [1] -302254.67 0.55 0.35 0.07 0.03 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.04
## [1] -302180.18 0.56 0.34 0.07 0.03 0.10
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.48 0.04
## [1] -302093.40 0.57 0.33 0.06 0.04 0.10
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.48 0.04
## [1] -301988.53 0.57 0.33 0.06 0.04 0.10
## [7] 0.06 0.88 0.03 0.47 0.04
## [1] -301867.30 0.58 0.32 0.05 0.05 0.09
## [7] 0.06 0.89 0.03 0.46 0.04
## [1] -301732.69 0.58 0.31 0.05 0.05 0.09
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.46 0.05
## [1] -301587.19 0.59 0.30 0.05 0.06 0.08
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.45 0.05
## [1] -301436.67 0.59 0.30 0.05 0.07 0.08
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.44 0.05
## [1] -301289.17 0.59 0.29 0.04 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.43 0.05
## [1] -301157.36 0.60 0.28 0.04 0.08 0.07
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.42 0.05
## [1] -301058.14 0.60 0.28 0.04 0.08 0.06
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.41 0.06
## [1] -301008.44 0.60 0.27 0.04 0.09 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.40 0.06
## [1] -301016.62 0.60 0.26 0.04 0.10 0.06
## [7] 0.02 0.91 0.01 0.39 0.06
## [1] 3
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -297427.38 0.44 0.41 0.14 0.01 0.09
## [7] 0.06 0.89 0.03 0.51 0.04
## [1] -294092.21 0.44 0.42 0.12 0.02 0.08
## [7] 0.04 0.89 0.03 0.52 0.03
## [1] -293033.54 0.45 0.42 0.11 0.02 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.52 0.03
## [1] -292670.48 0.46 0.41 0.10 0.03 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.52 0.03
## [1] -292618.05 0.47 0.40 0.10 0.03 0.07
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.52 0.02
## [1] -292702.09 0.48 0.39 0.10 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -292835.44 0.48 0.38 0.09 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -292976.39 0.48 0.38 0.09 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293106.22 0.49 0.38 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293220.38 0.49 0.38 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293318.79 0.49 0.37 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293403.39 0.49 0.37 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293476.76 0.49 0.37 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293541.33 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293599.03 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293651.24 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293698.99 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293743.32 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293784.76 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293823.99 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293861.34 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293897.06 0.51 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293931.32 0.51 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293964.25 0.51 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293991.80 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -294019.01 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -294045.65 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -294071.60 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294096.80 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294121.24 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294144.88 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294167.73 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294189.79 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294211.07 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294231.59 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294251.36 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294270.40 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294288.73 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294306.37 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294323.34 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294339.67 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294355.38 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294370.50 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294385.06 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294399.07 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294412.68 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294425.71 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294438.33 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294450.48 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294457.76 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] 4
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -306023.07 0.51 0.35 0.12 0.02 0.12
## [7] 0.07 0.87 0.03 0.51 0.04
## [1] -301699.13 0.53 0.36 0.09 0.02 0.12
## [7] 0.06 0.86 0.03 0.51 0.04
## [1] -301333.88 0.54 0.35 0.08 0.03 0.11
## [7] 0.05 0.86 0.03 0.51 0.03
## [1] -301327.44 0.54 0.35 0.07 0.04 0.11
## [7] 0.05 0.85 0.03 0.51 0.03
## [1] 5
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -307466.48 0.54 0.31 0.13 0.02 0.13
## [7] 0.09 0.88 0.04 0.50 0.05
## [1] -304987.61 0.57 0.30 0.10 0.02 0.14
## [7] 0.09 0.87 0.04 0.50 0.04
## [1] -304782.21 0.59 0.30 0.08 0.03 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.04 0.49 0.04
## [1] -304723.06 0.60 0.29 0.08 0.04 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.04 0.49 0.04
## [1] -304685.51 0.60 0.29 0.07 0.04 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304644.79 0.61 0.28 0.07 0.04 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304594.82 0.61 0.28 0.06 0.05 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304535.02 0.61 0.28 0.06 0.05 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304467.90 0.61 0.27 0.06 0.06 0.13
## [7] 0.08 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -304395.34 0.61 0.27 0.06 0.06 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.48 0.04
## [1] -304319.03 0.61 0.27 0.06 0.06 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.48 0.04
## [1] -304240.08 0.61 0.27 0.06 0.07 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.48 0.04
## [1] -304160.35 0.61 0.27 0.06 0.07 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.47 0.04
## [1] -304081.09 0.60 0.26 0.06 0.08 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.47 0.05
## [1] -304003.29 0.60 0.26 0.06 0.08 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.47 0.05
## [1] -303927.74 0.60 0.26 0.06 0.08 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -303855.10 0.60 0.26 0.06 0.09 0.11
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -303785.89 0.60 0.25 0.06 0.09 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -303720.51 0.60 0.25 0.06 0.09 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.45 0.05
## [1] -303659.27 0.60 0.25 0.06 0.10 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.45 0.05
## [1] -303602.03 0.60 0.25 0.06 0.10 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.45 0.06
## [1] -303549.37 0.59 0.24 0.06 0.10 0.10
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.44 0.06
## [1] -303501.33 0.59 0.24 0.06 0.11 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.44 0.06
## [1] -303457.98 0.59 0.24 0.06 0.11 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.44 0.06
## [1] -303419.23 0.59 0.24 0.06 0.11 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.43 0.06
## [1] -303385.06 0.59 0.23 0.06 0.12 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.43 0.06
## [1] -303355.38 0.59 0.23 0.06 0.12 0.09
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.43 0.07
## [1] -303330.12 0.59 0.23 0.06 0.13 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.42 0.07
## [1] -303309.20 0.59 0.23 0.06 0.13 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.42 0.07
## [1] -303292.54 0.58 0.22 0.06 0.13 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.42 0.07
## [1] -303280.02 0.58 0.22 0.06 0.14 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.41 0.07
## [1] -303271.65 0.58 0.22 0.06 0.14 0.08
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.41 0.07
## [1] 6
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310847.70 0.57 0.31 0.10 0.02 0.14
## [7] 0.08 0.87 0.04 0.49 0.05
## [1] -306015.28 0.60 0.30 0.07 0.03 0.16
## [7] 0.09 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305389.76 0.61 0.30 0.06 0.03 0.16
## [7] 0.09 0.83 0.04 0.49 0.04
## [1] -305147.68 0.61 0.30 0.05 0.04 0.17
## [7] 0.09 0.82 0.04 0.49 0.04
## [1] -305023.27 0.61 0.30 0.04 0.05 0.17
## [7] 0.10 0.82 0.04 0.49 0.04
## [1] -304944.27 0.61 0.30 0.04 0.05 0.17
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.48 0.04
## [1] -304883.43 0.60 0.30 0.04 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304828.59 0.59 0.30 0.04 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304775.78 0.59 0.30 0.04 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304723.07 0.58 0.31 0.04 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304669.80 0.58 0.31 0.04 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304615.42 0.57 0.31 0.04 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304559.70 0.56 0.31 0.04 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304502.48 0.56 0.31 0.04 0.09 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304443.72 0.55 0.31 0.05 0.09 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304383.30 0.55 0.31 0.05 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.04 0.48 0.05
## [1] -304321.27 0.54 0.31 0.05 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.48 0.05
## [1] -304257.76 0.53 0.31 0.05 0.10 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -304192.96 0.53 0.31 0.05 0.11 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -304127.13 0.52 0.31 0.05 0.11 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -304060.52 0.52 0.31 0.06 0.11 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303993.45 0.51 0.31 0.06 0.12 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303926.25 0.51 0.31 0.06 0.12 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303859.05 0.50 0.31 0.06 0.13 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303792.20 0.49 0.31 0.06 0.13 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303725.92 0.49 0.31 0.07 0.13 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.05
## [1] -303660.41 0.48 0.31 0.07 0.14 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.05
## [1] -303595.83 0.48 0.31 0.07 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.05
## [1] -303532.32 0.47 0.31 0.07 0.15 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303469.98 0.47 0.31 0.07 0.15 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303408.89 0.46 0.31 0.07 0.15 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303349.10 0.46 0.31 0.08 0.16 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303290.66 0.45 0.31 0.08 0.16 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303233.58 0.44 0.31 0.08 0.17 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.45 0.06
## [1] -303177.89 0.44 0.31 0.08 0.17 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -303123.58 0.43 0.31 0.08 0.17 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -303070.65 0.43 0.31 0.09 0.18 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -303019.10 0.42 0.31 0.09 0.18 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -302968.90 0.42 0.31 0.09 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -302920.06 0.41 0.31 0.09 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -302872.54 0.41 0.31 0.09 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302826.34 0.40 0.30 0.10 0.20 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302781.44 0.40 0.30 0.10 0.20 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302737.82 0.39 0.30 0.10 0.21 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302695.48 0.39 0.30 0.10 0.21 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302654.38 0.38 0.30 0.10 0.21 0.13
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.07
## [1] -302614.52 0.38 0.30 0.11 0.22 0.13
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.07
## [1] -302575.88 0.37 0.30 0.11 0.22 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302538.45 0.37 0.30 0.11 0.22 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302502.22 0.36 0.30 0.11 0.23 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302467.17 0.36 0.30 0.11 0.23 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302433.29 0.35 0.30 0.12 0.24 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.07
## [1] -302400.57 0.35 0.30 0.12 0.24 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.07
## [1] -302368.99 0.34 0.29 0.12 0.24 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.07
## [1] -302338.56 0.34 0.29 0.12 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302309.25 0.33 0.29 0.12 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302281.07 0.33 0.29 0.13 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302253.99 0.32 0.29 0.13 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302228.00 0.32 0.29 0.13 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302203.11 0.31 0.29 0.13 0.27 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302179.30 0.31 0.29 0.13 0.27 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302156.56 0.31 0.29 0.13 0.27 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.07
## [1] -302134.89 0.30 0.28 0.14 0.28 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302114.27 0.30 0.28 0.14 0.28 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302094.70 0.29 0.28 0.14 0.28 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302076.17 0.29 0.28 0.14 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302058.66 0.29 0.28 0.14 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302042.19 0.28 0.28 0.15 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302026.72 0.28 0.28 0.15 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302012.27 0.27 0.28 0.15 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301998.81 0.27 0.27 0.15 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301986.34 0.27 0.27 0.15 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301974.85 0.26 0.27 0.15 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301964.34 0.26 0.27 0.16 0.32 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301954.79 0.25 0.27 0.16 0.32 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] 7
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -297516.27 0.44 0.43 0.11 0.01 0.09
## [7] 0.07 0.89 0.04 0.50 0.04
## [1] -295408.93 0.45 0.45 0.08 0.02 0.08
## [7] 0.05 0.88 0.04 0.50 0.04
## [1] -294523.78 0.47 0.44 0.07 0.02 0.07
## [7] 0.04 0.88 0.04 0.49 0.03
## [1] -293960.32 0.48 0.42 0.06 0.03 0.06
## [7] 0.03 0.88 0.04 0.49 0.03
## [1] -293580.80 0.50 0.41 0.06 0.04 0.06
## [7] 0.03 0.88 0.04 0.49 0.03
## [1] -293347.92 0.51 0.40 0.05 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.88 0.03 0.48 0.03
## [1] -293228.58 0.52 0.39 0.05 0.04 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.48 0.03
## [1] -293190.18 0.52 0.38 0.05 0.04 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.48 0.03
## [1] -293202.77 0.53 0.38 0.05 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.47 0.03
## [1] -293246.23 0.54 0.37 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.47 0.03
## [1] -293306.40 0.54 0.37 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.47 0.03
## [1] -293374.42 0.55 0.37 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.47 0.04
## [1] -293445.25 0.55 0.36 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.47 0.04
## [1] -293514.92 0.56 0.36 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293581.31 0.56 0.36 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293642.87 0.56 0.36 0.03 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293698.81 0.56 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293748.62 0.57 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.45 0.04
## [1] -293793.63 0.57 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.45 0.04
## [1] -293831.26 0.57 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.01 0.45 0.04
## [1] -293861.12 0.57 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.45 0.04
## [1] -293883.69 0.57 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.45 0.04
## [1] -293898.68 0.57 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.45 0.04
## [1] -293906.01 0.58 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.44 0.05
## [1] 8
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -303071.09 0.49 0.39 0.10 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.05
## [1] -301552.47 0.51 0.40 0.07 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.04
## [1] -301264.26 0.52 0.39 0.06 0.03 0.10
## [7] 0.07 0.87 0.04 0.48 0.04
## [1] -301065.21 0.53 0.39 0.05 0.03 0.10
## [7] 0.07 0.87 0.04 0.48 0.04
## [1] -300865.68 0.54 0.38 0.04 0.04 0.10
## [7] 0.06 0.87 0.04 0.47 0.04
## [1] -300650.36 0.55 0.37 0.04 0.04 0.09
## [7] 0.06 0.87 0.04 0.47 0.04
## [1] -300419.55 0.55 0.36 0.04 0.05 0.09
## [7] 0.05 0.87 0.04 0.46 0.04
## [1] -300178.29 0.56 0.36 0.03 0.05 0.08
## [7] 0.05 0.87 0.04 0.45 0.04
## [1] -299934.09 0.56 0.35 0.03 0.06 0.08
## [7] 0.05 0.87 0.04 0.44 0.04
## [1] -299696.22 0.56 0.34 0.03 0.06 0.08
## [7] 0.04 0.88 0.04 0.43 0.05
## [1] -299474.82 0.57 0.34 0.03 0.07 0.07
## [7] 0.04 0.88 0.04 0.42 0.05
## [1] -299280.12 0.57 0.33 0.03 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.88 0.03 0.41 0.05
## [1] -299121.15 0.57 0.32 0.03 0.08 0.07
## [7] 0.03 0.88 0.03 0.40 0.05
## [1] -299003.93 0.57 0.32 0.02 0.09 0.07
## [7] 0.03 0.88 0.03 0.40 0.05
## [1] -298932.07 0.57 0.31 0.02 0.09 0.06
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.39 0.06
## [1] -298904.97 0.57 0.31 0.02 0.10 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.38 0.06
## [1] -298918.60 0.57 0.30 0.02 0.10 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.37 0.06
## [1] -298966.42 0.57 0.30 0.02 0.11 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.36 0.06
## [1] -299040.60 0.57 0.30 0.02 0.11 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.35 0.06
## [1] -299133.27 0.57 0.29 0.02 0.12 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.35 0.06
## [1] -299237.19 0.57 0.29 0.02 0.12 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.34 0.07
## [1] -299346.19 0.57 0.29 0.02 0.12 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.34 0.07
## [1] -299455.43 0.56 0.29 0.02 0.13 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.33 0.07
## [1] -299562.17 0.56 0.28 0.02 0.13 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.33 0.07
## [1] -299663.57 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.32 0.07
## [1] -299758.04 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.32 0.07
## [1] -299844.71 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.32 0.08
## [1] -299923.22 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.31 0.08
## [1] -299993.85 0.56 0.28 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.31 0.08
## [1] -300056.58 0.55 0.27 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.31 0.08
## [1] -300111.92 0.55 0.27 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.31 0.08
## [1] -300160.44 0.55 0.27 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300202.80 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300239.66 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300271.68 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300299.50 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300323.16 0.55 0.26 0.02 0.17 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.10
## [1] -300328.99 0.55 0.26 0.02 0.17 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.10
## [1] 9
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -299808.68 0.47 0.37 0.14 0.02 0.10
## [7] 0.07 0.89 0.03 0.50 0.04
## [1] -298144.94 0.49 0.37 0.12 0.02 0.09
## [7] 0.06 0.88 0.03 0.50 0.03
## [1] -297790.33 0.51 0.36 0.10 0.03 0.08
## [7] 0.05 0.88 0.03 0.50 0.03
## [1] -297712.37 0.51 0.35 0.10 0.04 0.08
## [7] 0.04 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -297783.45 0.52 0.34 0.09 0.05 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -297920.12 0.52 0.33 0.09 0.06 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -298066.03 0.52 0.33 0.09 0.06 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -298196.63 0.53 0.32 0.09 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.49 0.02
## [1] -298300.64 0.53 0.32 0.08 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298381.58 0.53 0.32 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298444.72 0.53 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298495.04 0.53 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298536.10 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298570.72 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298601.11 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298629.02 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298655.60 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298681.39 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298706.72 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298732.69 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298758.24 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298783.41 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298808.96 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298833.33 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298854.48 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298878.50 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298902.03 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298925.06 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298947.58 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298969.57 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298991.02 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299011.91 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299032.24 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299052.01 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299071.19 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299089.81 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299107.85 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299125.33 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299142.25 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299158.87 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299174.67 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299189.94 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299204.85 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299219.10 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299232.86 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299246.19 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299259.03 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299271.44 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299283.43 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299295.02 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299306.21 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299313.65 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] 10
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -306350.83 0.54 0.32 0.12 0.02 0.12
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.50 0.04
## [1] -303222.66 0.57 0.31 0.09 0.03 0.12
## [7] 0.06 0.87 0.04 0.50 0.04
## [1] -302832.98 0.59 0.30 0.07 0.04 0.12
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.50 0.03
## [1] -302570.82 0.60 0.29 0.06 0.05 0.11
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.50 0.03
## [1] -302329.92 0.60 0.28 0.06 0.06 0.10
## [7] 0.04 0.86 0.05 0.49 0.03
## [1] -302107.37 0.61 0.28 0.05 0.07 0.10
## [7] 0.04 0.85 0.05 0.49 0.03
## [1] -301916.64 0.61 0.27 0.05 0.07 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.48 0.03
## [1] -301764.54 0.60 0.26 0.05 0.08 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.48 0.03
## [1] -301646.18 0.60 0.26 0.05 0.09 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.48 0.04
## [1] -301550.64 0.60 0.26 0.05 0.09 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301468.67 0.60 0.25 0.05 0.10 0.09
## [7] 0.02 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301395.07 0.60 0.25 0.05 0.10 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301327.35 0.60 0.25 0.04 0.11 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301266.66 0.59 0.25 0.04 0.11 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.04
## [1] -301211.98 0.59 0.25 0.04 0.11 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.04
## [1] -301163.73 0.59 0.25 0.04 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301121.81 0.59 0.25 0.05 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301085.97 0.58 0.25 0.05 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301056.16 0.58 0.25 0.05 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301031.88 0.58 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -301012.68 0.57 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -300998.10 0.57 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -300987.75 0.57 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.06
## [1] -300981.58 0.56 0.25 0.05 0.14 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.06
## [1] 11
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311842.21 0.58 0.22 0.18 0.02 0.17
## [7] 0.08 0.87 0.03 0.50 0.05
## [1] -305363.37 0.62 0.20 0.15 0.03 0.19
## [7] 0.08 0.86 0.03 0.51 0.05
## [1] -304695.03 0.63 0.19 0.14 0.03 0.20
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.05
## [1] -304553.07 0.64 0.19 0.14 0.04 0.21
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.05
## [1] -304531.84 0.64 0.19 0.14 0.04 0.21
## [7] 0.09 0.84 0.03 0.51 0.05
## [1] -304537.92 0.64 0.18 0.14 0.04 0.22
## [7] 0.09 0.84 0.03 0.52 0.05
## [1] 12
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310478.08 0.56 0.24 0.18 0.02 0.16
## [7] 0.08 0.87 0.03 0.50 0.05
## [1] -304904.07 0.60 0.22 0.16 0.02 0.17
## [7] 0.08 0.86 0.03 0.51 0.05
## [1] -304424.46 0.62 0.21 0.15 0.03 0.18
## [7] 0.08 0.85 0.03 0.51 0.04
## [1] -304342.55 0.62 0.20 0.14 0.03 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.04
## [1] -304336.90 0.62 0.20 0.14 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] 13
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310838.56 0.55 0.35 0.08 0.02 0.14
## [7] 0.07 0.85 0.04 0.50 0.05
## [1] -304726.22 0.56 0.36 0.05 0.02 0.14
## [7] 0.07 0.83 0.04 0.49 0.05
## [1] -303851.21 0.56 0.37 0.04 0.03 0.14
## [7] 0.07 0.81 0.04 0.49 0.04
## [1] -303476.14 0.56 0.37 0.03 0.03 0.15
## [7] 0.07 0.80 0.04 0.49 0.04
## [1] -303287.72 0.56 0.37 0.03 0.04 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -303194.63 0.55 0.37 0.03 0.05 0.15
## [7] 0.07 0.78 0.03 0.49 0.04
## [1] -303153.95 0.54 0.38 0.03 0.05 0.15
## [7] 0.07 0.77 0.03 0.49 0.04
## [1] -303140.42 0.53 0.38 0.03 0.06 0.15
## [7] 0.07 0.76 0.03 0.49 0.04
## [1] -303137.84 0.52 0.38 0.03 0.06 0.15
## [7] 0.07 0.76 0.03 0.49 0.04
## [1] 14
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311367.14 0.59 0.29 0.10 0.02 0.15
## [7] 0.08 0.87 0.04 0.49 0.04
## [1] -306508.04 0.63 0.28 0.07 0.03 0.17
## [7] 0.09 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305944.44 0.63 0.27 0.05 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.84 0.04 0.49 0.04
## [1] -305731.25 0.63 0.27 0.04 0.05 0.18
## [7] 0.10 0.83 0.05 0.49 0.04
## [1] -305609.06 0.63 0.27 0.04 0.06 0.19
## [7] 0.10 0.82 0.05 0.49 0.03
## [1] -305515.88 0.62 0.28 0.03 0.07 0.19
## [7] 0.10 0.81 0.05 0.49 0.03
## [1] -305434.14 0.62 0.28 0.03 0.07 0.19
## [7] 0.11 0.81 0.05 0.49 0.03
## [1] -305357.89 0.61 0.28 0.03 0.08 0.19
## [7] 0.11 0.80 0.05 0.49 0.04
## [1] -305287.57 0.60 0.28 0.03 0.08 0.19
## [7] 0.11 0.80 0.05 0.49 0.04
## [1] -305223.51 0.59 0.29 0.03 0.09 0.19
## [7] 0.11 0.79 0.05 0.49 0.04
## [1] -305165.60 0.59 0.29 0.03 0.09 0.19
## [7] 0.11 0.79 0.05 0.49 0.04
## [1] -305113.03 0.58 0.29 0.03 0.10 0.19
## [7] 0.11 0.79 0.05 0.49 0.04
## [1] -305064.98 0.57 0.29 0.03 0.10 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -305020.00 0.57 0.29 0.03 0.11 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304976.89 0.56 0.29 0.03 0.11 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304934.62 0.56 0.29 0.04 0.11 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304892.37 0.55 0.30 0.04 0.12 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304849.56 0.55 0.30 0.04 0.12 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304805.87 0.54 0.30 0.04 0.12 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304761.20 0.53 0.30 0.04 0.13 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304715.46 0.53 0.30 0.04 0.13 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304668.83 0.52 0.30 0.04 0.14 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304621.58 0.52 0.30 0.05 0.14 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.49 0.05
## [1] -304573.96 0.51 0.30 0.05 0.14 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304526.27 0.51 0.30 0.05 0.15 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304478.81 0.50 0.30 0.05 0.15 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304431.83 0.50 0.30 0.05 0.15 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304385.58 0.49 0.30 0.05 0.16 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304340.24 0.49 0.30 0.06 0.16 0.18
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304295.97 0.48 0.30 0.06 0.16 0.18
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304252.89 0.47 0.30 0.06 0.17 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304211.06 0.47 0.30 0.06 0.17 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304170.54 0.46 0.30 0.06 0.18 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304131.35 0.46 0.30 0.06 0.18 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304093.49 0.45 0.30 0.07 0.18 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304056.93 0.45 0.30 0.07 0.19 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304021.67 0.44 0.30 0.07 0.19 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303987.66 0.44 0.30 0.07 0.20 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303954.86 0.43 0.30 0.07 0.20 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303923.25 0.43 0.30 0.07 0.20 0.16
## [7] 0.08 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303892.79 0.42 0.30 0.08 0.21 0.16
## [7] 0.08 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303863.43 0.41 0.30 0.08 0.21 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303835.16 0.41 0.30 0.08 0.22 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303807.92 0.40 0.30 0.08 0.22 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303781.71 0.40 0.30 0.08 0.22 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303756.49 0.39 0.30 0.08 0.23 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303732.24 0.39 0.29 0.09 0.23 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.07
## [1] -303708.95 0.38 0.29 0.09 0.24 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.46 0.07
## [1] -303686.59 0.38 0.29 0.09 0.24 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303665.15 0.37 0.29 0.09 0.24 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303644.61 0.37 0.29 0.09 0.25 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303624.97 0.36 0.29 0.09 0.25 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303606.20 0.36 0.29 0.10 0.26 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303588.32 0.35 0.29 0.10 0.26 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303571.29 0.35 0.29 0.10 0.27 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303555.13 0.34 0.29 0.10 0.27 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303539.81 0.34 0.29 0.10 0.27 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303525.34 0.33 0.29 0.10 0.28 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303511.70 0.33 0.29 0.10 0.28 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303498.90 0.32 0.29 0.11 0.29 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303486.93 0.32 0.28 0.11 0.29 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303475.77 0.31 0.28 0.11 0.29 0.14
## [7] 0.06 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303465.39 0.31 0.28 0.11 0.30 0.14
## [7] 0.06 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303455.99 0.30 0.28 0.11 0.30 0.14
## [7] 0.06 0.79 0.07 0.45 0.08
## [1] 15
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -304260.30 0.48 0.37 0.13 0.02 0.12
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.52 0.04
## [1] -298586.99 0.48 0.40 0.10 0.02 0.12
## [7] 0.04 0.89 0.02 0.53 0.03
## [1] -298261.24 0.48 0.40 0.09 0.03 0.12
## [7] 0.04 0.89 0.02 0.54 0.02
## [1] -298537.67 0.48 0.40 0.08 0.04 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.54 0.02
## [1] -298927.23 0.48 0.39 0.08 0.05 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.54 0.02
## [1] -299283.10 0.47 0.39 0.08 0.06 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299538.90 0.46 0.39 0.08 0.07 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.01
## [1] -299694.44 0.45 0.40 0.08 0.07 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.01
## [1] -299770.21 0.44 0.40 0.08 0.08 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299791.05 0.44 0.40 0.08 0.08 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299770.83 0.43 0.40 0.08 0.09 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299727.48 0.43 0.40 0.08 0.09 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299663.68 0.42 0.41 0.08 0.09 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299595.99 0.42 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299531.53 0.41 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299466.28 0.41 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299402.25 0.40 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299333.04 0.40 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299268.14 0.40 0.41 0.08 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299207.11 0.39 0.41 0.08 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299149.68 0.39 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299095.49 0.39 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299044.34 0.38 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298995.91 0.38 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298950.74 0.38 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298907.98 0.37 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298867.30 0.37 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298828.29 0.37 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298791.10 0.36 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298755.52 0.36 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298721.72 0.36 0.43 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298689.39 0.36 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298658.68 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298629.23 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298601.22 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298574.27 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298548.61 0.34 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298523.87 0.34 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298500.29 0.34 0.43 0.10 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298477.51 0.34 0.43 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298455.80 0.33 0.43 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298434.76 0.33 0.43 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298414.63 0.33 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298395.37 0.33 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298376.66 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298358.74 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298341.61 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298324.91 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298308.95 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298293.71 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298278.82 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298264.58 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298251.01 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298237.70 0.30 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298224.97 0.30 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298212.88 0.30 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298200.98 0.30 0.45 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298189.61 0.29 0.45 0.10 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298178.85 0.29 0.45 0.10 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298168.21 0.29 0.45 0.11 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298158.08 0.29 0.45 0.11 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298148.38 0.29 0.45 0.11 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.55 0.04
## [1] 16
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -301792.35 0.46 0.40 0.12 0.02 0.11
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.51 0.04
## [1] -296155.02 0.46 0.42 0.10 0.02 0.11
## [7] 0.04 0.89 0.02 0.52 0.03
## [1] -295579.08 0.46 0.42 0.08 0.03 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -295786.75 0.46 0.42 0.08 0.04 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -296133.97 0.45 0.42 0.08 0.05 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -296440.38 0.45 0.42 0.07 0.06 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.01 0.53 0.01
## [1] -296646.29 0.44 0.42 0.07 0.07 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.01 0.53 0.01
## [1] -296757.56 0.43 0.42 0.07 0.08 0.10
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.53 0.01
## [1] -296798.70 0.42 0.42 0.07 0.08 0.10
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.54 0.01
## [1] -296794.64 0.42 0.42 0.07 0.09 0.10
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.54 0.02
## [1] 17
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -309481.14 0.54 0.36 0.09 0.02 0.13
## [7] 0.07 0.86 0.03 0.50 0.05
## [1] -304083.67 0.55 0.37 0.06 0.02 0.13
## [7] 0.07 0.84 0.04 0.50 0.05
## [1] -303338.98 0.56 0.37 0.05 0.03 0.13
## [7] 0.07 0.82 0.04 0.50 0.04
## [1] -303006.73 0.56 0.37 0.04 0.03 0.13
## [7] 0.07 0.81 0.04 0.50 0.04
## [1] -302810.64 0.56 0.37 0.04 0.04 0.13
## [7] 0.07 0.80 0.04 0.50 0.04
## [1] -302676.00 0.55 0.36 0.04 0.04 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.04 0.50 0.04
## [1] -302570.20 0.55 0.36 0.04 0.05 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -302477.70 0.54 0.36 0.04 0.05 0.13
## [7] 0.07 0.78 0.04 0.49 0.04
## [1] -302389.45 0.54 0.36 0.04 0.06 0.13
## [7] 0.07 0.78 0.04 0.49 0.04
## [1] -302300.40 0.53 0.36 0.04 0.06 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.04 0.49 0.05
## [1] -302207.88 0.53 0.36 0.04 0.07 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.04 0.49 0.05
## [1] -302110.71 0.52 0.36 0.04 0.07 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -302008.69 0.51 0.36 0.04 0.08 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.48 0.05
## [1] -301902.16 0.51 0.36 0.04 0.08 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.48 0.05
## [1] -301792.37 0.50 0.37 0.04 0.09 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.05
## [1] -301679.08 0.49 0.37 0.05 0.09 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.05
## [1] -301563.53 0.49 0.37 0.05 0.10 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.06
## [1] -301446.54 0.48 0.37 0.05 0.10 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.06
## [1] -301328.86 0.47 0.37 0.05 0.11 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.46 0.06
## [1] -301211.16 0.47 0.37 0.05 0.11 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.46 0.06
## [1] -301094.03 0.46 0.37 0.06 0.12 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.46 0.06
## [1] -300977.99 0.45 0.37 0.06 0.12 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.45 0.06
## [1] -300863.50 0.45 0.36 0.06 0.13 0.12
## [7] 0.06 0.75 0.04 0.45 0.06
## [1] -300750.95 0.44 0.36 0.06 0.13 0.12
## [7] 0.06 0.75 0.04 0.45 0.06
## [1] -300640.68 0.43 0.36 0.06 0.14 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.45 0.07
## [1] -300532.96 0.43 0.36 0.07 0.14 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.44 0.07
## [1] -300428.03 0.42 0.36 0.07 0.15 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.44 0.07
## [1] -300326.08 0.41 0.36 0.07 0.15 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.44 0.07
## [1] -300227.21 0.41 0.36 0.07 0.16 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.05 0.44 0.07
## [1] -300131.51 0.40 0.36 0.08 0.16 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -300039.01 0.39 0.36 0.08 0.17 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -299949.72 0.39 0.36 0.08 0.17 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -299863.58 0.38 0.36 0.08 0.18 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -299780.54 0.37 0.36 0.09 0.18 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299700.50 0.37 0.36 0.09 0.19 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299623.36 0.36 0.36 0.09 0.19 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299549.01 0.35 0.36 0.09 0.20 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299477.32 0.35 0.36 0.10 0.20 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.05 0.42 0.08
## [1] -299408.16 0.34 0.36 0.10 0.20 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.05 0.41 0.08
## [1] -299341.43 0.34 0.35 0.10 0.21 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299277.00 0.33 0.35 0.10 0.21 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299214.76 0.32 0.35 0.11 0.22 0.11
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299154.60 0.32 0.35 0.11 0.22 0.11
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299096.42 0.31 0.35 0.11 0.23 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.08
## [1] -299040.13 0.31 0.35 0.11 0.23 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298985.65 0.30 0.35 0.11 0.24 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298932.91 0.30 0.35 0.12 0.24 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298881.78 0.29 0.35 0.12 0.24 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298832.25 0.28 0.35 0.12 0.25 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298784.24 0.28 0.34 0.12 0.25 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.39 0.09
## [1] -298737.69 0.27 0.34 0.13 0.26 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.39 0.09
## [1] -298692.57 0.27 0.34 0.13 0.26 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.39 0.09
## [1] -298648.81 0.26 0.34 0.13 0.27 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.39 0.09
## [1] -298606.38 0.26 0.34 0.13 0.27 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.39 0.09
## [1] -298565.23 0.25 0.34 0.14 0.27 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.39 0.09
## [1] -298525.34 0.25 0.34 0.14 0.28 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.09
## [1] -298486.67 0.24 0.33 0.14 0.28 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.09
## [1] -298449.18 0.24 0.33 0.14 0.29 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298412.86 0.23 0.33 0.14 0.29 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298377.68 0.23 0.33 0.15 0.29 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298343.61 0.22 0.33 0.15 0.30 0.09
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298310.63 0.22 0.33 0.15 0.30 0.09
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298278.73 0.22 0.33 0.15 0.30 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298247.89 0.21 0.32 0.16 0.31 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298218.09 0.21 0.32 0.16 0.31 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298189.31 0.20 0.32 0.16 0.32 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298161.55 0.20 0.32 0.16 0.32 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298134.79 0.20 0.32 0.16 0.32 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298109.01 0.19 0.32 0.17 0.33 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.08 0.36 0.10
## [1] -298084.22 0.19 0.31 0.17 0.33 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.08 0.36 0.10
## [1] -298060.39 0.18 0.31 0.17 0.33 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.08 0.36 0.10
## [1] -298037.51 0.18 0.31 0.17 0.34 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.10
## [1] -298015.59 0.18 0.31 0.17 0.34 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.11
## [1] -297994.59 0.17 0.31 0.17 0.34 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.11
## [1] -297974.52 0.17 0.31 0.18 0.35 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.11
## [1] -297955.36 0.17 0.30 0.18 0.35 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297937.11 0.16 0.30 0.18 0.35 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297919.74 0.16 0.30 0.18 0.36 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297903.26 0.16 0.30 0.18 0.36 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297887.64 0.15 0.30 0.19 0.36 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297872.87 0.15 0.30 0.19 0.37 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297858.94 0.15 0.29 0.19 0.37 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297845.87 0.14 0.29 0.19 0.37 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.34 0.11
## [1] -297833.59 0.14 0.29 0.19 0.38 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.34 0.11
## [1] -297822.09 0.14 0.29 0.19 0.38 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.34 0.11
## [1] -297811.37 0.14 0.29 0.20 0.38 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.09 0.34 0.11
## [1] -297801.42 0.13 0.28 0.20 0.39 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.09 0.34 0.11
## [1] 18
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311807.78 0.60 0.17 0.21 0.02 0.18
## [7] 0.09 0.87 0.03 0.51 0.05
## [1] -304834.24 0.64 0.14 0.19 0.03 0.21
## [7] 0.09 0.86 0.03 0.52 0.04
## [1] -303870.04 0.65 0.13 0.18 0.04 0.23
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] -303596.08 0.65 0.12 0.18 0.05 0.25
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.53 0.04
## [1] -303525.30 0.65 0.12 0.18 0.05 0.26
## [7] 0.10 0.84 0.03 0.53 0.04
## [1] -303524.78 0.65 0.11 0.18 0.06 0.27
## [7] 0.10 0.84 0.03 0.54 0.04
## [1] 19
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310381.92 0.57 0.22 0.19 0.02 0.16
## [7] 0.08 0.87 0.03 0.51 0.05
## [1] -304637.76 0.61 0.20 0.17 0.03 0.17
## [7] 0.08 0.86 0.03 0.51 0.04
## [1] -304139.37 0.62 0.19 0.16 0.03 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.04
## [1] -304058.12 0.63 0.18 0.15 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] -304054.93 0.63 0.18 0.15 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] 20
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -309725.76 0.56 0.33 0.09 0.02 0.14
## [7] 0.08 0.87 0.04 0.49 0.05
## [1] -305601.97 0.58 0.33 0.06 0.03 0.15
## [7] 0.09 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305155.51 0.59 0.33 0.05 0.03 0.15
## [7] 0.09 0.84 0.04 0.49 0.04
## [1] -305002.51 0.59 0.34 0.04 0.04 0.16
## [7] 0.09 0.83 0.04 0.48 0.04
## [1] -304921.26 0.58 0.34 0.03 0.05 0.16
## [7] 0.09 0.82 0.04 0.48 0.04
## [1] -304857.31 0.58 0.34 0.03 0.05 0.16
## [7] 0.10 0.82 0.04 0.48 0.04
## [1] -304794.19 0.57 0.34 0.03 0.06 0.16
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.48 0.04
## [1] -304726.39 0.57 0.34 0.03 0.06 0.16
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.48 0.04
## [1] -304654.74 0.56 0.35 0.03 0.07 0.16
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304580.82 0.55 0.35 0.03 0.07 0.16
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304506.00 0.55 0.35 0.03 0.08 0.16
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304431.36 0.54 0.35 0.03 0.08 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304357.49 0.54 0.35 0.03 0.09 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304284.58 0.53 0.35 0.03 0.09 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304212.59 0.53 0.35 0.03 0.09 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304141.26 0.52 0.35 0.03 0.10 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304070.49 0.52 0.35 0.03 0.10 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.05
## [1] -304000.17 0.51 0.35 0.03 0.10 0.15
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.05
## [1] -303929.91 0.51 0.35 0.03 0.11 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.48 0.05
## [1] -303859.77 0.50 0.35 0.03 0.11 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.48 0.05
## [1] -303789.83 0.50 0.35 0.04 0.12 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303720.16 0.49 0.35 0.04 0.12 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303650.95 0.49 0.35 0.04 0.12 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303582.27 0.48 0.35 0.04 0.13 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303514.34 0.48 0.35 0.04 0.13 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303447.35 0.47 0.35 0.04 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.47 0.06
## [1] -303381.43 0.47 0.35 0.04 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.47 0.06
## [1] -303316.72 0.47 0.35 0.04 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.47 0.06
## [1] -303253.34 0.46 0.35 0.05 0.15 0.14
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.46 0.06
## [1] -303191.36 0.46 0.35 0.05 0.15 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -303130.85 0.45 0.35 0.05 0.15 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -303071.85 0.45 0.35 0.05 0.16 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -303014.37 0.44 0.35 0.05 0.16 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -302958.40 0.44 0.34 0.05 0.17 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -302903.93 0.43 0.34 0.05 0.17 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -302850.94 0.43 0.34 0.06 0.18 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.07
## [1] -302799.38 0.42 0.34 0.06 0.18 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.45 0.07
## [1] -302749.22 0.42 0.34 0.06 0.18 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.05 0.45 0.07
## [1] -302700.41 0.41 0.34 0.06 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.05 0.45 0.07
## [1] -302652.91 0.41 0.34 0.06 0.19 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302606.67 0.40 0.34 0.06 0.20 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302561.65 0.40 0.34 0.06 0.20 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302517.81 0.39 0.34 0.07 0.20 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302475.10 0.39 0.34 0.07 0.21 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302433.50 0.38 0.34 0.07 0.21 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302392.95 0.38 0.33 0.07 0.22 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302353.44 0.37 0.33 0.07 0.22 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302314.94 0.37 0.33 0.07 0.23 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302277.40 0.36 0.33 0.07 0.23 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302240.82 0.36 0.33 0.08 0.23 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302205.13 0.35 0.33 0.08 0.24 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302170.50 0.35 0.33 0.08 0.24 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302136.90 0.35 0.33 0.08 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302103.85 0.34 0.33 0.08 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302071.68 0.34 0.32 0.08 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302040.37 0.33 0.32 0.08 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302009.90 0.33 0.32 0.09 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -301980.26 0.32 0.32 0.09 0.27 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -301951.43 0.32 0.32 0.09 0.27 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -301923.42 0.32 0.32 0.09 0.28 0.11
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.42 0.08
## [1] -301896.21 0.31 0.32 0.09 0.28 0.11
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.42 0.08
## [1] -301869.80 0.31 0.32 0.09 0.28 0.11
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301844.18 0.30 0.31 0.09 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301819.37 0.30 0.31 0.10 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301795.35 0.29 0.31 0.10 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301772.13 0.29 0.31 0.10 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301749.71 0.29 0.31 0.10 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301728.11 0.28 0.31 0.10 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301707.33 0.28 0.30 0.10 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301687.37 0.28 0.30 0.10 0.32 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301668.26 0.27 0.30 0.11 0.32 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301649.99 0.27 0.30 0.11 0.33 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301632.60 0.26 0.30 0.11 0.33 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301616.09 0.26 0.30 0.11 0.33 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301600.48 0.26 0.29 0.11 0.34 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301585.80 0.25 0.29 0.11 0.34 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301572.07 0.25 0.29 0.11 0.35 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301559.31 0.25 0.29 0.11 0.35 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301547.54 0.24 0.29 0.12 0.35 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301536.80 0.24 0.28 0.12 0.36 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301527.12 0.24 0.28 0.12 0.36 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] 21
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -304640.77 0.51 0.35 0.12 0.02 0.11
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.50 0.04
## [1] -301891.31 0.54 0.34 0.09 0.02 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.50 0.04
## [1] -301332.16 0.56 0.33 0.08 0.03 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.50 0.04
## [1] -300924.66 0.57 0.32 0.07 0.04 0.09
## [7] 0.05 0.85 0.04 0.50 0.04
## [1] -300555.26 0.58 0.31 0.06 0.05 0.09
## [7] 0.04 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -300221.28 0.59 0.30 0.06 0.05 0.08
## [7] 0.03 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -299937.50 0.59 0.29 0.06 0.06 0.08
## [7] 0.03 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -299711.53 0.60 0.29 0.05 0.06 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -299536.08 0.60 0.28 0.05 0.07 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -299396.34 0.60 0.28 0.05 0.07 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.47 0.04
## [1] -299276.59 0.60 0.27 0.05 0.08 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.47 0.05
## [1] -299169.04 0.60 0.27 0.05 0.08 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -299070.20 0.60 0.27 0.05 0.08 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -298979.25 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -298896.89 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298822.85 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298757.46 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298700.67 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298652.25 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298611.78 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298578.69 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298552.37 0.58 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298532.87 0.58 0.27 0.05 0.11 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298518.79 0.58 0.27 0.05 0.11 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.08
## [1] -298509.59 0.57 0.27 0.05 0.11 0.07
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.44 0.08GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max<-F
GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max[which(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_prior_ratio>1)]<-T
percent_passing<-round((tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, sum)/tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$geo_accession, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, length))*100,2)
passed_num<-tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_ratio_max, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, sum)
org_numer<-tapply(GSE141256_meta_combo_spheroids$geo_accession, GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric, length)
df<-data.frame(passage=names(percent_passing), passing=percent_passing, pro_passing=percent_passing/100, count=org_numer, passed_num=passed_num)
df<-cbind(df,(binom.confint(df$passed_num, df$count, method="exact", conf.level=0.95)))
df$upper<-df$upper*100
df$lower<-df$lower*100
print(df)## passage passing pro_passing count passed_num method x n mean
## 2 2 0.00 0.0000 1 0 exact 0 1 0.0000000
## 3 3 37.50 0.3750 8 3 exact 3 8 0.3750000
## 4 4 0.00 0.0000 4 0 exact 0 4 0.0000000
## 5 5 0.00 0.0000 1 0 exact 0 1 0.0000000
## 7 7 66.67 0.6667 6 4 exact 4 6 0.6666667
## 11 11 0.00 0.0000 1 0 exact 0 1 0.0000000
## lower upper
## 2 0.000000 97.50000
## 3 8.523341 75.51368
## 4 0.000000 60.23646
## 5 0.000000 97.50000
## 7 22.277810 95.67281
## 11 0.000000 97.50000ggplot(df, aes(as.numeric(as.character(passage)), passing))+
geom_errorbar(aes(ymin=lower, ymax=upper), colour="grey70", width=.25)+
geom_line(color="grey20")+geom_point(size=1.25,shape=21,color="black",aes(fill=passage))+xlab("Passage")+
ylab("Samples with Trimodal\nDistribution (%)")+theme_bw()+theme(axis.title = element_text(size=10))+
scale_fill_manual(values=c("#5E4FA2", "#D53E4F", "#F46D43", "#FEE08B", "#ABDDA4","#4CA5B1"),name="Passage\nNumber", guide=F)+
scale_x_continuous(breaks=c(2,3,4,5,7,11))
ggsave(here("figs","GSE141256_Mixture_model_ratio_threshold_maximize.pdf"), width=3, height=2)Plot all samples
plts_paired<-lapply(1:nrow(GSE141256_meta_combo_spheroids), function(x){#1:nrow(epic.organoid)
print(x)
passage<-paste("passage: ",GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric[x],"\nIndividual: ", GSE141256_meta_combo_spheroids$Sample.ID[x],"\nRatio I/H: ",round(GSE141256_meta_combo_spheroids$thresholded_prior_ratio[x],2), sep="")
converted<-as.numeric(round(GSE141256_beta_VeryVariable[,x]*1000,0))
counts<-rep(1000, length(converted))
res = em(converted, counts, .41, .31, .27, 0.01, .1, .1, .90, .03, .5, .05)
draw_fit_params_gg(converted, counts, res,passage)
})## [1] 1
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311085.51 0.57 0.31 0.10 0.02 0.14
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.49 0.05
## [1] -305948.55 0.60 0.31 0.06 0.03 0.16
## [7] 0.08 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305335.19 0.61 0.31 0.05 0.04 0.16
## [7] 0.09 0.83 0.04 0.49 0.04
## [1] -305097.01 0.61 0.31 0.04 0.04 0.17
## [7] 0.09 0.82 0.04 0.49 0.04
## [1] -304965.92 0.60 0.31 0.04 0.05 0.17
## [7] 0.09 0.81 0.04 0.49 0.04
## [1] -304874.34 0.60 0.31 0.04 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.49 0.04
## [1] -304799.70 0.59 0.31 0.03 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.49 0.04
## [1] -304732.55 0.58 0.32 0.03 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.49 0.04
## [1] -304671.13 0.58 0.32 0.03 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -304613.31 0.57 0.32 0.03 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -304558.62 0.56 0.32 0.03 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304505.89 0.55 0.32 0.04 0.09 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304454.00 0.55 0.32 0.04 0.09 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304401.89 0.54 0.33 0.04 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304348.74 0.53 0.33 0.04 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304293.70 0.53 0.33 0.04 0.11 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304236.35 0.52 0.33 0.04 0.11 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304176.66 0.51 0.33 0.04 0.11 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304114.64 0.50 0.33 0.05 0.12 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -304050.57 0.50 0.33 0.05 0.12 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303984.85 0.49 0.33 0.05 0.13 0.17
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303917.95 0.48 0.33 0.05 0.13 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303850.35 0.48 0.33 0.05 0.14 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303782.63 0.47 0.33 0.06 0.14 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.48 0.05
## [1] -303715.07 0.46 0.33 0.06 0.14 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303648.12 0.46 0.33 0.06 0.15 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303582.12 0.45 0.33 0.06 0.15 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303517.31 0.44 0.33 0.06 0.16 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303453.87 0.44 0.33 0.07 0.16 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303391.95 0.43 0.33 0.07 0.17 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303331.61 0.42 0.33 0.07 0.17 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303272.89 0.42 0.33 0.07 0.18 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.47 0.06
## [1] -303215.79 0.41 0.33 0.08 0.18 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303160.29 0.41 0.33 0.08 0.19 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303106.37 0.40 0.33 0.08 0.19 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303053.96 0.39 0.33 0.08 0.19 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303003.03 0.39 0.33 0.08 0.20 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.46 0.06
## [1] -302953.51 0.38 0.33 0.09 0.20 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.46 0.07
## [1] -302905.35 0.37 0.33 0.09 0.21 0.15
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.46 0.07
## [1] -302858.51 0.37 0.33 0.09 0.21 0.15
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.46 0.07
## [1] -302812.93 0.36 0.33 0.09 0.22 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302768.58 0.36 0.33 0.09 0.22 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302725.40 0.35 0.33 0.10 0.23 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302683.28 0.34 0.33 0.10 0.23 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302642.48 0.34 0.33 0.10 0.24 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302602.87 0.33 0.33 0.10 0.24 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302564.04 0.33 0.33 0.10 0.24 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.45 0.07
## [1] -302526.27 0.32 0.32 0.11 0.25 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302489.52 0.32 0.32 0.11 0.25 0.14
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302453.78 0.31 0.32 0.11 0.26 0.13
## [7] 0.07 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302419.02 0.30 0.32 0.11 0.26 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302385.23 0.30 0.32 0.11 0.27 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302352.39 0.29 0.32 0.12 0.27 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.07
## [1] -302320.50 0.29 0.32 0.12 0.28 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.08
## [1] -302289.54 0.28 0.32 0.12 0.28 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.44 0.08
## [1] -302259.52 0.28 0.32 0.12 0.28 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.06 0.43 0.08
## [1] -302230.41 0.27 0.31 0.12 0.29 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.07 0.43 0.08
## [1] -302202.22 0.27 0.31 0.13 0.29 0.13
## [7] 0.06 0.78 0.07 0.43 0.08
## [1] -302174.95 0.26 0.31 0.13 0.30 0.12
## [7] 0.06 0.78 0.07 0.43 0.08
## [1] -302148.60 0.26 0.31 0.13 0.30 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.08
## [1] -302123.15 0.25 0.31 0.13 0.31 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.08
## [1] -302098.62 0.25 0.31 0.13 0.31 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.08
## [1] -302075.01 0.25 0.31 0.13 0.31 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -302052.33 0.24 0.30 0.14 0.32 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -302030.58 0.24 0.30 0.14 0.32 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -302009.77 0.23 0.30 0.14 0.33 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301989.90 0.23 0.30 0.14 0.33 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301970.99 0.22 0.30 0.14 0.34 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301953.06 0.22 0.30 0.14 0.34 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.08
## [1] -301936.11 0.22 0.29 0.15 0.34 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301920.15 0.21 0.29 0.15 0.35 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301905.21 0.21 0.29 0.15 0.35 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301891.31 0.21 0.29 0.15 0.36 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301878.45 0.20 0.29 0.15 0.36 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301866.67 0.20 0.28 0.15 0.36 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301855.98 0.19 0.28 0.16 0.37 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.07 0.41 0.09
## [1] -301846.40 0.19 0.28 0.16 0.37 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.07 0.40 0.09
## [1] 2
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -303622.48 0.50 0.36 0.12 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.89 0.04 0.50 0.05
## [1] -302373.85 0.53 0.36 0.09 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.04
## [1] -302254.67 0.55 0.35 0.07 0.03 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.04
## [1] -302180.18 0.56 0.34 0.07 0.03 0.10
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.48 0.04
## [1] -302093.40 0.57 0.33 0.06 0.04 0.10
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.48 0.04
## [1] -301988.53 0.57 0.33 0.06 0.04 0.10
## [7] 0.06 0.88 0.03 0.47 0.04
## [1] -301867.30 0.58 0.32 0.05 0.05 0.09
## [7] 0.06 0.89 0.03 0.46 0.04
## [1] -301732.69 0.58 0.31 0.05 0.05 0.09
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.46 0.05
## [1] -301587.19 0.59 0.30 0.05 0.06 0.08
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.45 0.05
## [1] -301436.67 0.59 0.30 0.05 0.07 0.08
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.44 0.05
## [1] -301289.17 0.59 0.29 0.04 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.43 0.05
## [1] -301157.36 0.60 0.28 0.04 0.08 0.07
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.42 0.05
## [1] -301058.14 0.60 0.28 0.04 0.08 0.06
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.41 0.06
## [1] -301008.44 0.60 0.27 0.04 0.09 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.40 0.06
## [1] -301016.62 0.60 0.26 0.04 0.10 0.06
## [7] 0.02 0.91 0.01 0.39 0.06
## [1] 3
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -297427.38 0.44 0.41 0.14 0.01 0.09
## [7] 0.06 0.89 0.03 0.51 0.04
## [1] -294092.21 0.44 0.42 0.12 0.02 0.08
## [7] 0.04 0.89 0.03 0.52 0.03
## [1] -293033.54 0.45 0.42 0.11 0.02 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.52 0.03
## [1] -292670.48 0.46 0.41 0.10 0.03 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.52 0.03
## [1] -292618.05 0.47 0.40 0.10 0.03 0.07
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.52 0.02
## [1] -292702.09 0.48 0.39 0.10 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -292835.44 0.48 0.38 0.09 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -292976.39 0.48 0.38 0.09 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293106.22 0.49 0.38 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293220.38 0.49 0.38 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293318.79 0.49 0.37 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293403.39 0.49 0.37 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293476.76 0.49 0.37 0.09 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -293541.33 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293599.03 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293651.24 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293698.99 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293743.32 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293784.76 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293823.99 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293861.34 0.50 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293897.06 0.51 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293931.32 0.51 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293964.25 0.51 0.37 0.08 0.05 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -293991.80 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -294019.01 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -294045.65 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.53 0.02
## [1] -294071.60 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294096.80 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294121.24 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294144.88 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294167.73 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294189.79 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294211.07 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294231.59 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294251.36 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294270.40 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294288.73 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294306.37 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294323.34 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294339.67 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294355.38 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294370.50 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294385.06 0.51 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294399.07 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294412.68 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294425.71 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294438.33 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294450.48 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] -294457.76 0.52 0.37 0.08 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.53 0.02
## [1] 4
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -306023.07 0.51 0.35 0.12 0.02 0.12
## [7] 0.07 0.87 0.03 0.51 0.04
## [1] -301699.13 0.53 0.36 0.09 0.02 0.12
## [7] 0.06 0.86 0.03 0.51 0.04
## [1] -301333.88 0.54 0.35 0.08 0.03 0.11
## [7] 0.05 0.86 0.03 0.51 0.03
## [1] -301327.44 0.54 0.35 0.07 0.04 0.11
## [7] 0.05 0.85 0.03 0.51 0.03
## [1] 5
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -307466.48 0.54 0.31 0.13 0.02 0.13
## [7] 0.09 0.88 0.04 0.50 0.05
## [1] -304987.61 0.57 0.30 0.10 0.02 0.14
## [7] 0.09 0.87 0.04 0.50 0.04
## [1] -304782.21 0.59 0.30 0.08 0.03 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.04 0.49 0.04
## [1] -304723.06 0.60 0.29 0.08 0.04 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.04 0.49 0.04
## [1] -304685.51 0.60 0.29 0.07 0.04 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304644.79 0.61 0.28 0.07 0.04 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304594.82 0.61 0.28 0.06 0.05 0.14
## [7] 0.09 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304535.02 0.61 0.28 0.06 0.05 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.05 0.49 0.04
## [1] -304467.90 0.61 0.27 0.06 0.06 0.13
## [7] 0.08 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -304395.34 0.61 0.27 0.06 0.06 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.48 0.04
## [1] -304319.03 0.61 0.27 0.06 0.06 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.48 0.04
## [1] -304240.08 0.61 0.27 0.06 0.07 0.13
## [7] 0.08 0.86 0.04 0.48 0.04
## [1] -304160.35 0.61 0.27 0.06 0.07 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.47 0.04
## [1] -304081.09 0.60 0.26 0.06 0.08 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.47 0.05
## [1] -304003.29 0.60 0.26 0.06 0.08 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.47 0.05
## [1] -303927.74 0.60 0.26 0.06 0.08 0.12
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -303855.10 0.60 0.26 0.06 0.09 0.11
## [7] 0.07 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -303785.89 0.60 0.25 0.06 0.09 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -303720.51 0.60 0.25 0.06 0.09 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.45 0.05
## [1] -303659.27 0.60 0.25 0.06 0.10 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.45 0.05
## [1] -303602.03 0.60 0.25 0.06 0.10 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.45 0.06
## [1] -303549.37 0.59 0.24 0.06 0.10 0.10
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.44 0.06
## [1] -303501.33 0.59 0.24 0.06 0.11 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.44 0.06
## [1] -303457.98 0.59 0.24 0.06 0.11 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.44 0.06
## [1] -303419.23 0.59 0.24 0.06 0.11 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.43 0.06
## [1] -303385.06 0.59 0.23 0.06 0.12 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.43 0.06
## [1] -303355.38 0.59 0.23 0.06 0.12 0.09
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.43 0.07
## [1] -303330.12 0.59 0.23 0.06 0.13 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.42 0.07
## [1] -303309.20 0.59 0.23 0.06 0.13 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.42 0.07
## [1] -303292.54 0.58 0.22 0.06 0.13 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.42 0.07
## [1] -303280.02 0.58 0.22 0.06 0.14 0.09
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.41 0.07
## [1] -303271.65 0.58 0.22 0.06 0.14 0.08
## [7] 0.04 0.86 0.04 0.41 0.07
## [1] 6
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310847.70 0.57 0.31 0.10 0.02 0.14
## [7] 0.08 0.87 0.04 0.49 0.05
## [1] -306015.28 0.60 0.30 0.07 0.03 0.16
## [7] 0.09 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305389.76 0.61 0.30 0.06 0.03 0.16
## [7] 0.09 0.83 0.04 0.49 0.04
## [1] -305147.68 0.61 0.30 0.05 0.04 0.17
## [7] 0.09 0.82 0.04 0.49 0.04
## [1] -305023.27 0.61 0.30 0.04 0.05 0.17
## [7] 0.10 0.82 0.04 0.49 0.04
## [1] -304944.27 0.61 0.30 0.04 0.05 0.17
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.48 0.04
## [1] -304883.43 0.60 0.30 0.04 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304828.59 0.59 0.30 0.04 0.06 0.17
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304775.78 0.59 0.30 0.04 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304723.07 0.58 0.31 0.04 0.07 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304669.80 0.58 0.31 0.04 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304615.42 0.57 0.31 0.04 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.79 0.04 0.48 0.04
## [1] -304559.70 0.56 0.31 0.04 0.08 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304502.48 0.56 0.31 0.04 0.09 0.17
## [7] 0.10 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304443.72 0.55 0.31 0.05 0.09 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.04 0.48 0.04
## [1] -304383.30 0.55 0.31 0.05 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.04 0.48 0.05
## [1] -304321.27 0.54 0.31 0.05 0.10 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.48 0.05
## [1] -304257.76 0.53 0.31 0.05 0.10 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -304192.96 0.53 0.31 0.05 0.11 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -304127.13 0.52 0.31 0.05 0.11 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -304060.52 0.52 0.31 0.06 0.11 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303993.45 0.51 0.31 0.06 0.12 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303926.25 0.51 0.31 0.06 0.12 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303859.05 0.50 0.31 0.06 0.13 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303792.20 0.49 0.31 0.06 0.13 0.16
## [7] 0.09 0.77 0.05 0.47 0.05
## [1] -303725.92 0.49 0.31 0.07 0.13 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.05
## [1] -303660.41 0.48 0.31 0.07 0.14 0.16
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.05
## [1] -303595.83 0.48 0.31 0.07 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.05
## [1] -303532.32 0.47 0.31 0.07 0.15 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303469.98 0.47 0.31 0.07 0.15 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303408.89 0.46 0.31 0.07 0.15 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303349.10 0.46 0.31 0.08 0.16 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303290.66 0.45 0.31 0.08 0.16 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.46 0.06
## [1] -303233.58 0.44 0.31 0.08 0.17 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.05 0.45 0.06
## [1] -303177.89 0.44 0.31 0.08 0.17 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -303123.58 0.43 0.31 0.08 0.17 0.15
## [7] 0.08 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -303070.65 0.43 0.31 0.09 0.18 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -303019.10 0.42 0.31 0.09 0.18 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -302968.90 0.42 0.31 0.09 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -302920.06 0.41 0.31 0.09 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.45 0.06
## [1] -302872.54 0.41 0.31 0.09 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302826.34 0.40 0.30 0.10 0.20 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302781.44 0.40 0.30 0.10 0.20 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302737.82 0.39 0.30 0.10 0.21 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302695.48 0.39 0.30 0.10 0.21 0.14
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.06
## [1] -302654.38 0.38 0.30 0.10 0.21 0.13
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.07
## [1] -302614.52 0.38 0.30 0.11 0.22 0.13
## [7] 0.07 0.77 0.06 0.44 0.07
## [1] -302575.88 0.37 0.30 0.11 0.22 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302538.45 0.37 0.30 0.11 0.22 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302502.22 0.36 0.30 0.11 0.23 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302467.17 0.36 0.30 0.11 0.23 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.06 0.43 0.07
## [1] -302433.29 0.35 0.30 0.12 0.24 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.07
## [1] -302400.57 0.35 0.30 0.12 0.24 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.07
## [1] -302368.99 0.34 0.29 0.12 0.24 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.43 0.07
## [1] -302338.56 0.34 0.29 0.12 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302309.25 0.33 0.29 0.12 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302281.07 0.33 0.29 0.13 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302253.99 0.32 0.29 0.13 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302228.00 0.32 0.29 0.13 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302203.11 0.31 0.29 0.13 0.27 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302179.30 0.31 0.29 0.13 0.27 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.42 0.07
## [1] -302156.56 0.31 0.29 0.13 0.27 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.07
## [1] -302134.89 0.30 0.28 0.14 0.28 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302114.27 0.30 0.28 0.14 0.28 0.12
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302094.70 0.29 0.28 0.14 0.28 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302076.17 0.29 0.28 0.14 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302058.66 0.29 0.28 0.14 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302042.19 0.28 0.28 0.15 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302026.72 0.28 0.28 0.15 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.07 0.41 0.08
## [1] -302012.27 0.27 0.28 0.15 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301998.81 0.27 0.27 0.15 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301986.34 0.27 0.27 0.15 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301974.85 0.26 0.27 0.15 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301964.34 0.26 0.27 0.16 0.32 0.11
## [7] 0.05 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] -301954.79 0.25 0.27 0.16 0.32 0.11
## [7] 0.04 0.77 0.08 0.40 0.08
## [1] 7
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -297516.27 0.44 0.43 0.11 0.01 0.09
## [7] 0.07 0.89 0.04 0.50 0.04
## [1] -295408.93 0.45 0.45 0.08 0.02 0.08
## [7] 0.05 0.88 0.04 0.50 0.04
## [1] -294523.78 0.47 0.44 0.07 0.02 0.07
## [7] 0.04 0.88 0.04 0.49 0.03
## [1] -293960.32 0.48 0.42 0.06 0.03 0.06
## [7] 0.03 0.88 0.04 0.49 0.03
## [1] -293580.80 0.50 0.41 0.06 0.04 0.06
## [7] 0.03 0.88 0.04 0.49 0.03
## [1] -293347.92 0.51 0.40 0.05 0.04 0.06
## [7] 0.02 0.88 0.03 0.48 0.03
## [1] -293228.58 0.52 0.39 0.05 0.04 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.48 0.03
## [1] -293190.18 0.52 0.38 0.05 0.04 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.48 0.03
## [1] -293202.77 0.53 0.38 0.05 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.47 0.03
## [1] -293246.23 0.54 0.37 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.03 0.47 0.03
## [1] -293306.40 0.54 0.37 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.47 0.03
## [1] -293374.42 0.55 0.37 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.47 0.04
## [1] -293445.25 0.55 0.36 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.47 0.04
## [1] -293514.92 0.56 0.36 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293581.31 0.56 0.36 0.04 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293642.87 0.56 0.36 0.03 0.05 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293698.81 0.56 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.46 0.04
## [1] -293748.62 0.57 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.45 0.04
## [1] -293793.63 0.57 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.02 0.45 0.04
## [1] -293831.26 0.57 0.36 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.90 0.01 0.45 0.04
## [1] -293861.12 0.57 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.45 0.04
## [1] -293883.69 0.57 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.45 0.04
## [1] -293898.68 0.57 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.45 0.04
## [1] -293906.01 0.58 0.35 0.03 0.04 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.44 0.05
## [1] 8
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -303071.09 0.49 0.39 0.10 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.05
## [1] -301552.47 0.51 0.40 0.07 0.02 0.11
## [7] 0.08 0.88 0.04 0.49 0.04
## [1] -301264.26 0.52 0.39 0.06 0.03 0.10
## [7] 0.07 0.87 0.04 0.48 0.04
## [1] -301065.21 0.53 0.39 0.05 0.03 0.10
## [7] 0.07 0.87 0.04 0.48 0.04
## [1] -300865.68 0.54 0.38 0.04 0.04 0.10
## [7] 0.06 0.87 0.04 0.47 0.04
## [1] -300650.36 0.55 0.37 0.04 0.04 0.09
## [7] 0.06 0.87 0.04 0.47 0.04
## [1] -300419.55 0.55 0.36 0.04 0.05 0.09
## [7] 0.05 0.87 0.04 0.46 0.04
## [1] -300178.29 0.56 0.36 0.03 0.05 0.08
## [7] 0.05 0.87 0.04 0.45 0.04
## [1] -299934.09 0.56 0.35 0.03 0.06 0.08
## [7] 0.05 0.87 0.04 0.44 0.04
## [1] -299696.22 0.56 0.34 0.03 0.06 0.08
## [7] 0.04 0.88 0.04 0.43 0.05
## [1] -299474.82 0.57 0.34 0.03 0.07 0.07
## [7] 0.04 0.88 0.04 0.42 0.05
## [1] -299280.12 0.57 0.33 0.03 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.88 0.03 0.41 0.05
## [1] -299121.15 0.57 0.32 0.03 0.08 0.07
## [7] 0.03 0.88 0.03 0.40 0.05
## [1] -299003.93 0.57 0.32 0.02 0.09 0.07
## [7] 0.03 0.88 0.03 0.40 0.05
## [1] -298932.07 0.57 0.31 0.02 0.09 0.06
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.39 0.06
## [1] -298904.97 0.57 0.31 0.02 0.10 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.38 0.06
## [1] -298918.60 0.57 0.30 0.02 0.10 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.37 0.06
## [1] -298966.42 0.57 0.30 0.02 0.11 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.36 0.06
## [1] -299040.60 0.57 0.30 0.02 0.11 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.35 0.06
## [1] -299133.27 0.57 0.29 0.02 0.12 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.35 0.06
## [1] -299237.19 0.57 0.29 0.02 0.12 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.34 0.07
## [1] -299346.19 0.57 0.29 0.02 0.12 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.34 0.07
## [1] -299455.43 0.56 0.29 0.02 0.13 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.33 0.07
## [1] -299562.17 0.56 0.28 0.02 0.13 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.33 0.07
## [1] -299663.57 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.32 0.07
## [1] -299758.04 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.32 0.07
## [1] -299844.71 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.32 0.08
## [1] -299923.22 0.56 0.28 0.02 0.14 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.31 0.08
## [1] -299993.85 0.56 0.28 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.02 0.90 0.01 0.31 0.08
## [1] -300056.58 0.55 0.27 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.31 0.08
## [1] -300111.92 0.55 0.27 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.31 0.08
## [1] -300160.44 0.55 0.27 0.02 0.15 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300202.80 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300239.66 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300271.68 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300299.50 0.55 0.27 0.02 0.16 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.09
## [1] -300323.16 0.55 0.26 0.02 0.17 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.10
## [1] -300328.99 0.55 0.26 0.02 0.17 0.05
## [7] 0.01 0.91 0.01 0.30 0.10
## [1] 9
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -299808.68 0.47 0.37 0.14 0.02 0.10
## [7] 0.07 0.89 0.03 0.50 0.04
## [1] -298144.94 0.49 0.37 0.12 0.02 0.09
## [7] 0.06 0.88 0.03 0.50 0.03
## [1] -297790.33 0.51 0.36 0.10 0.03 0.08
## [7] 0.05 0.88 0.03 0.50 0.03
## [1] -297712.37 0.51 0.35 0.10 0.04 0.08
## [7] 0.04 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -297783.45 0.52 0.34 0.09 0.05 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -297920.12 0.52 0.33 0.09 0.06 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -298066.03 0.52 0.33 0.09 0.06 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.50 0.02
## [1] -298196.63 0.53 0.32 0.09 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.03 0.49 0.02
## [1] -298300.64 0.53 0.32 0.08 0.07 0.07
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298381.58 0.53 0.32 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298444.72 0.53 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298495.04 0.53 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298536.10 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298570.72 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298601.11 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298629.02 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298655.60 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298681.39 0.54 0.31 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.89 0.02 0.49 0.02
## [1] -298706.72 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298732.69 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298758.24 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298783.41 0.55 0.30 0.08 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298808.96 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298833.33 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298854.48 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298878.50 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298902.03 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298925.06 0.55 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298947.58 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298969.57 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -298991.02 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299011.91 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299032.24 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299052.01 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299071.19 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299089.81 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299107.85 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299125.33 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299142.25 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299158.87 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299174.67 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299189.94 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299204.85 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299219.10 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299232.86 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299246.19 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299259.03 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299271.44 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299283.43 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299295.02 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299306.21 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] -299313.65 0.56 0.30 0.07 0.07 0.06
## [7] 0.02 0.90 0.02 0.49 0.02
## [1] 10
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -306350.83 0.54 0.32 0.12 0.02 0.12
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.50 0.04
## [1] -303222.66 0.57 0.31 0.09 0.03 0.12
## [7] 0.06 0.87 0.04 0.50 0.04
## [1] -302832.98 0.59 0.30 0.07 0.04 0.12
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.50 0.03
## [1] -302570.82 0.60 0.29 0.06 0.05 0.11
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.50 0.03
## [1] -302329.92 0.60 0.28 0.06 0.06 0.10
## [7] 0.04 0.86 0.05 0.49 0.03
## [1] -302107.37 0.61 0.28 0.05 0.07 0.10
## [7] 0.04 0.85 0.05 0.49 0.03
## [1] -301916.64 0.61 0.27 0.05 0.07 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.48 0.03
## [1] -301764.54 0.60 0.26 0.05 0.08 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.48 0.03
## [1] -301646.18 0.60 0.26 0.05 0.09 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.48 0.04
## [1] -301550.64 0.60 0.26 0.05 0.09 0.09
## [7] 0.03 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301468.67 0.60 0.25 0.05 0.10 0.09
## [7] 0.02 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301395.07 0.60 0.25 0.05 0.10 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301327.35 0.60 0.25 0.04 0.11 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.05 0.47 0.04
## [1] -301266.66 0.59 0.25 0.04 0.11 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.04
## [1] -301211.98 0.59 0.25 0.04 0.11 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.04
## [1] -301163.73 0.59 0.25 0.04 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301121.81 0.59 0.25 0.05 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301085.97 0.58 0.25 0.05 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301056.16 0.58 0.25 0.05 0.12 0.08
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -301031.88 0.58 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -301012.68 0.57 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -300998.10 0.57 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.05
## [1] -300987.75 0.57 0.25 0.05 0.13 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.06
## [1] -300981.58 0.56 0.25 0.05 0.14 0.08
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.46 0.06
## [1] 11
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311842.21 0.58 0.22 0.18 0.02 0.17
## [7] 0.08 0.87 0.03 0.50 0.05
## [1] -305363.37 0.62 0.20 0.15 0.03 0.19
## [7] 0.08 0.86 0.03 0.51 0.05
## [1] -304695.03 0.63 0.19 0.14 0.03 0.20
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.05
## [1] -304553.07 0.64 0.19 0.14 0.04 0.21
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.05
## [1] -304531.84 0.64 0.19 0.14 0.04 0.21
## [7] 0.09 0.84 0.03 0.51 0.05
## [1] -304537.92 0.64 0.18 0.14 0.04 0.22
## [7] 0.09 0.84 0.03 0.52 0.05
## [1] 12
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310478.08 0.56 0.24 0.18 0.02 0.16
## [7] 0.08 0.87 0.03 0.50 0.05
## [1] -304904.07 0.60 0.22 0.16 0.02 0.17
## [7] 0.08 0.86 0.03 0.51 0.05
## [1] -304424.46 0.62 0.21 0.15 0.03 0.18
## [7] 0.08 0.85 0.03 0.51 0.04
## [1] -304342.55 0.62 0.20 0.14 0.03 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.04
## [1] -304336.90 0.62 0.20 0.14 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] 13
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310838.56 0.55 0.35 0.08 0.02 0.14
## [7] 0.07 0.85 0.04 0.50 0.05
## [1] -304726.22 0.56 0.36 0.05 0.02 0.14
## [7] 0.07 0.83 0.04 0.49 0.05
## [1] -303851.21 0.56 0.37 0.04 0.03 0.14
## [7] 0.07 0.81 0.04 0.49 0.04
## [1] -303476.14 0.56 0.37 0.03 0.03 0.15
## [7] 0.07 0.80 0.04 0.49 0.04
## [1] -303287.72 0.56 0.37 0.03 0.04 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -303194.63 0.55 0.37 0.03 0.05 0.15
## [7] 0.07 0.78 0.03 0.49 0.04
## [1] -303153.95 0.54 0.38 0.03 0.05 0.15
## [7] 0.07 0.77 0.03 0.49 0.04
## [1] -303140.42 0.53 0.38 0.03 0.06 0.15
## [7] 0.07 0.76 0.03 0.49 0.04
## [1] -303137.84 0.52 0.38 0.03 0.06 0.15
## [7] 0.07 0.76 0.03 0.49 0.04
## [1] 14
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311367.14 0.59 0.29 0.10 0.02 0.15
## [7] 0.08 0.87 0.04 0.49 0.04
## [1] -306508.04 0.63 0.28 0.07 0.03 0.17
## [7] 0.09 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305944.44 0.63 0.27 0.05 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.84 0.04 0.49 0.04
## [1] -305731.25 0.63 0.27 0.04 0.05 0.18
## [7] 0.10 0.83 0.05 0.49 0.04
## [1] -305609.06 0.63 0.27 0.04 0.06 0.19
## [7] 0.10 0.82 0.05 0.49 0.03
## [1] -305515.88 0.62 0.28 0.03 0.07 0.19
## [7] 0.10 0.81 0.05 0.49 0.03
## [1] -305434.14 0.62 0.28 0.03 0.07 0.19
## [7] 0.11 0.81 0.05 0.49 0.03
## [1] -305357.89 0.61 0.28 0.03 0.08 0.19
## [7] 0.11 0.80 0.05 0.49 0.04
## [1] -305287.57 0.60 0.28 0.03 0.08 0.19
## [7] 0.11 0.80 0.05 0.49 0.04
## [1] -305223.51 0.59 0.29 0.03 0.09 0.19
## [7] 0.11 0.79 0.05 0.49 0.04
## [1] -305165.60 0.59 0.29 0.03 0.09 0.19
## [7] 0.11 0.79 0.05 0.49 0.04
## [1] -305113.03 0.58 0.29 0.03 0.10 0.19
## [7] 0.11 0.79 0.05 0.49 0.04
## [1] -305064.98 0.57 0.29 0.03 0.10 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -305020.00 0.57 0.29 0.03 0.11 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304976.89 0.56 0.29 0.03 0.11 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304934.62 0.56 0.29 0.04 0.11 0.19
## [7] 0.11 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304892.37 0.55 0.30 0.04 0.12 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304849.56 0.55 0.30 0.04 0.12 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.04
## [1] -304805.87 0.54 0.30 0.04 0.12 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304761.20 0.53 0.30 0.04 0.13 0.19
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304715.46 0.53 0.30 0.04 0.13 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304668.83 0.52 0.30 0.04 0.14 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.05 0.49 0.05
## [1] -304621.58 0.52 0.30 0.05 0.14 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.49 0.05
## [1] -304573.96 0.51 0.30 0.05 0.14 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304526.27 0.51 0.30 0.05 0.15 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304478.81 0.50 0.30 0.05 0.15 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304431.83 0.50 0.30 0.05 0.15 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304385.58 0.49 0.30 0.05 0.16 0.18
## [7] 0.10 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304340.24 0.49 0.30 0.06 0.16 0.18
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304295.97 0.48 0.30 0.06 0.16 0.18
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.05
## [1] -304252.89 0.47 0.30 0.06 0.17 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304211.06 0.47 0.30 0.06 0.17 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304170.54 0.46 0.30 0.06 0.18 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304131.35 0.46 0.30 0.06 0.18 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304093.49 0.45 0.30 0.07 0.18 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304056.93 0.45 0.30 0.07 0.19 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.48 0.06
## [1] -304021.67 0.44 0.30 0.07 0.19 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303987.66 0.44 0.30 0.07 0.20 0.17
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303954.86 0.43 0.30 0.07 0.20 0.16
## [7] 0.09 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303923.25 0.43 0.30 0.07 0.20 0.16
## [7] 0.08 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303892.79 0.42 0.30 0.08 0.21 0.16
## [7] 0.08 0.78 0.06 0.47 0.06
## [1] -303863.43 0.41 0.30 0.08 0.21 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303835.16 0.41 0.30 0.08 0.22 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303807.92 0.40 0.30 0.08 0.22 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303781.71 0.40 0.30 0.08 0.22 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303756.49 0.39 0.30 0.08 0.23 0.16
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.06
## [1] -303732.24 0.39 0.29 0.09 0.23 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.47 0.07
## [1] -303708.95 0.38 0.29 0.09 0.24 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.06 0.46 0.07
## [1] -303686.59 0.38 0.29 0.09 0.24 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303665.15 0.37 0.29 0.09 0.24 0.15
## [7] 0.08 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303644.61 0.37 0.29 0.09 0.25 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303624.97 0.36 0.29 0.09 0.25 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303606.20 0.36 0.29 0.10 0.26 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303588.32 0.35 0.29 0.10 0.26 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303571.29 0.35 0.29 0.10 0.27 0.15
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303555.13 0.34 0.29 0.10 0.27 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303539.81 0.34 0.29 0.10 0.27 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.46 0.07
## [1] -303525.34 0.33 0.29 0.10 0.28 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303511.70 0.33 0.29 0.10 0.28 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303498.90 0.32 0.29 0.11 0.29 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303486.93 0.32 0.28 0.11 0.29 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303475.77 0.31 0.28 0.11 0.29 0.14
## [7] 0.06 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303465.39 0.31 0.28 0.11 0.30 0.14
## [7] 0.06 0.79 0.07 0.45 0.07
## [1] -303455.99 0.30 0.28 0.11 0.30 0.14
## [7] 0.06 0.79 0.07 0.45 0.08
## [1] 15
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -304260.30 0.48 0.37 0.13 0.02 0.12
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.52 0.04
## [1] -298586.99 0.48 0.40 0.10 0.02 0.12
## [7] 0.04 0.89 0.02 0.53 0.03
## [1] -298261.24 0.48 0.40 0.09 0.03 0.12
## [7] 0.04 0.89 0.02 0.54 0.02
## [1] -298537.67 0.48 0.40 0.08 0.04 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.54 0.02
## [1] -298927.23 0.48 0.39 0.08 0.05 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.02 0.54 0.02
## [1] -299283.10 0.47 0.39 0.08 0.06 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299538.90 0.46 0.39 0.08 0.07 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.01
## [1] -299694.44 0.45 0.40 0.08 0.07 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.01
## [1] -299770.21 0.44 0.40 0.08 0.08 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299791.05 0.44 0.40 0.08 0.08 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299770.83 0.43 0.40 0.08 0.09 0.11
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299727.48 0.43 0.40 0.08 0.09 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299663.68 0.42 0.41 0.08 0.09 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299595.99 0.42 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299531.53 0.41 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299466.28 0.41 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299402.25 0.40 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299333.04 0.40 0.41 0.08 0.10 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299268.14 0.40 0.41 0.08 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299207.11 0.39 0.41 0.08 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299149.68 0.39 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299095.49 0.39 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -299044.34 0.38 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298995.91 0.38 0.42 0.09 0.11 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298950.74 0.38 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298907.98 0.37 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298867.30 0.37 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298828.29 0.37 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.02
## [1] -298791.10 0.36 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298755.52 0.36 0.42 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298721.72 0.36 0.43 0.09 0.12 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298689.39 0.36 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298658.68 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298629.23 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298601.22 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298574.27 0.35 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298548.61 0.34 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298523.87 0.34 0.43 0.09 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298500.29 0.34 0.43 0.10 0.13 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298477.51 0.34 0.43 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298455.80 0.33 0.43 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.55 0.03
## [1] -298434.76 0.33 0.43 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298414.63 0.33 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298395.37 0.33 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298376.66 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298358.74 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298341.61 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298324.91 0.32 0.44 0.10 0.14 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.01 0.56 0.03
## [1] -298308.95 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298293.71 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298278.82 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298264.58 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298251.01 0.31 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298237.70 0.30 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298224.97 0.30 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298212.88 0.30 0.44 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.03
## [1] -298200.98 0.30 0.45 0.10 0.15 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298189.61 0.29 0.45 0.10 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298178.85 0.29 0.45 0.10 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298168.21 0.29 0.45 0.11 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298158.08 0.29 0.45 0.11 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.56 0.04
## [1] -298148.38 0.29 0.45 0.11 0.16 0.12
## [7] 0.04 0.90 0.02 0.55 0.04
## [1] 16
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -301792.35 0.46 0.40 0.12 0.02 0.11
## [7] 0.05 0.89 0.03 0.51 0.04
## [1] -296155.02 0.46 0.42 0.10 0.02 0.11
## [7] 0.04 0.89 0.02 0.52 0.03
## [1] -295579.08 0.46 0.42 0.08 0.03 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -295786.75 0.46 0.42 0.08 0.04 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -296133.97 0.45 0.42 0.08 0.05 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.02 0.53 0.02
## [1] -296440.38 0.45 0.42 0.07 0.06 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.01 0.53 0.01
## [1] -296646.29 0.44 0.42 0.07 0.07 0.10
## [7] 0.03 0.89 0.01 0.53 0.01
## [1] -296757.56 0.43 0.42 0.07 0.08 0.10
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.53 0.01
## [1] -296798.70 0.42 0.42 0.07 0.08 0.10
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.54 0.01
## [1] -296794.64 0.42 0.42 0.07 0.09 0.10
## [7] 0.03 0.90 0.01 0.54 0.02
## [1] 17
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -309481.14 0.54 0.36 0.09 0.02 0.13
## [7] 0.07 0.86 0.03 0.50 0.05
## [1] -304083.67 0.55 0.37 0.06 0.02 0.13
## [7] 0.07 0.84 0.04 0.50 0.05
## [1] -303338.98 0.56 0.37 0.05 0.03 0.13
## [7] 0.07 0.82 0.04 0.50 0.04
## [1] -303006.73 0.56 0.37 0.04 0.03 0.13
## [7] 0.07 0.81 0.04 0.50 0.04
## [1] -302810.64 0.56 0.37 0.04 0.04 0.13
## [7] 0.07 0.80 0.04 0.50 0.04
## [1] -302676.00 0.55 0.36 0.04 0.04 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.04 0.50 0.04
## [1] -302570.20 0.55 0.36 0.04 0.05 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.04 0.49 0.04
## [1] -302477.70 0.54 0.36 0.04 0.05 0.13
## [7] 0.07 0.78 0.04 0.49 0.04
## [1] -302389.45 0.54 0.36 0.04 0.06 0.13
## [7] 0.07 0.78 0.04 0.49 0.04
## [1] -302300.40 0.53 0.36 0.04 0.06 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.04 0.49 0.05
## [1] -302207.88 0.53 0.36 0.04 0.07 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.04 0.49 0.05
## [1] -302110.71 0.52 0.36 0.04 0.07 0.13
## [7] 0.06 0.77 0.04 0.48 0.05
## [1] -302008.69 0.51 0.36 0.04 0.08 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.48 0.05
## [1] -301902.16 0.51 0.36 0.04 0.08 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.48 0.05
## [1] -301792.37 0.50 0.37 0.04 0.09 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.05
## [1] -301679.08 0.49 0.37 0.05 0.09 0.13
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.05
## [1] -301563.53 0.49 0.37 0.05 0.10 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.06
## [1] -301446.54 0.48 0.37 0.05 0.10 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.47 0.06
## [1] -301328.86 0.47 0.37 0.05 0.11 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.46 0.06
## [1] -301211.16 0.47 0.37 0.05 0.11 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.46 0.06
## [1] -301094.03 0.46 0.37 0.06 0.12 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.46 0.06
## [1] -300977.99 0.45 0.37 0.06 0.12 0.12
## [7] 0.06 0.76 0.04 0.45 0.06
## [1] -300863.50 0.45 0.36 0.06 0.13 0.12
## [7] 0.06 0.75 0.04 0.45 0.06
## [1] -300750.95 0.44 0.36 0.06 0.13 0.12
## [7] 0.06 0.75 0.04 0.45 0.06
## [1] -300640.68 0.43 0.36 0.06 0.14 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.45 0.07
## [1] -300532.96 0.43 0.36 0.07 0.14 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.44 0.07
## [1] -300428.03 0.42 0.36 0.07 0.15 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.44 0.07
## [1] -300326.08 0.41 0.36 0.07 0.15 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.04 0.44 0.07
## [1] -300227.21 0.41 0.36 0.07 0.16 0.12
## [7] 0.05 0.75 0.05 0.44 0.07
## [1] -300131.51 0.40 0.36 0.08 0.16 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -300039.01 0.39 0.36 0.08 0.17 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -299949.72 0.39 0.36 0.08 0.17 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -299863.58 0.38 0.36 0.08 0.18 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.43 0.07
## [1] -299780.54 0.37 0.36 0.09 0.18 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299700.50 0.37 0.36 0.09 0.19 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299623.36 0.36 0.36 0.09 0.19 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299549.01 0.35 0.36 0.09 0.20 0.11
## [7] 0.05 0.76 0.05 0.42 0.08
## [1] -299477.32 0.35 0.36 0.10 0.20 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.05 0.42 0.08
## [1] -299408.16 0.34 0.36 0.10 0.20 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.05 0.41 0.08
## [1] -299341.43 0.34 0.35 0.10 0.21 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299277.00 0.33 0.35 0.10 0.21 0.11
## [7] 0.05 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299214.76 0.32 0.35 0.11 0.22 0.11
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299154.60 0.32 0.35 0.11 0.22 0.11
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.41 0.08
## [1] -299096.42 0.31 0.35 0.11 0.23 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.08
## [1] -299040.13 0.31 0.35 0.11 0.23 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298985.65 0.30 0.35 0.11 0.24 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298932.91 0.30 0.35 0.12 0.24 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298881.78 0.29 0.35 0.12 0.24 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298832.25 0.28 0.35 0.12 0.25 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.40 0.09
## [1] -298784.24 0.28 0.34 0.12 0.25 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.39 0.09
## [1] -298737.69 0.27 0.34 0.13 0.26 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.39 0.09
## [1] -298692.57 0.27 0.34 0.13 0.26 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.06 0.39 0.09
## [1] -298648.81 0.26 0.34 0.13 0.27 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.39 0.09
## [1] -298606.38 0.26 0.34 0.13 0.27 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.39 0.09
## [1] -298565.23 0.25 0.34 0.14 0.27 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.39 0.09
## [1] -298525.34 0.25 0.34 0.14 0.28 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.09
## [1] -298486.67 0.24 0.33 0.14 0.28 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.09
## [1] -298449.18 0.24 0.33 0.14 0.29 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298412.86 0.23 0.33 0.14 0.29 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298377.68 0.23 0.33 0.15 0.29 0.10
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298343.61 0.22 0.33 0.15 0.30 0.09
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.38 0.10
## [1] -298310.63 0.22 0.33 0.15 0.30 0.09
## [7] 0.04 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298278.73 0.22 0.33 0.15 0.30 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298247.89 0.21 0.32 0.16 0.31 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298218.09 0.21 0.32 0.16 0.31 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298189.31 0.20 0.32 0.16 0.32 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298161.55 0.20 0.32 0.16 0.32 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298134.79 0.20 0.32 0.16 0.32 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.07 0.37 0.10
## [1] -298109.01 0.19 0.32 0.17 0.33 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.08 0.36 0.10
## [1] -298084.22 0.19 0.31 0.17 0.33 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.08 0.36 0.10
## [1] -298060.39 0.18 0.31 0.17 0.33 0.09
## [7] 0.03 0.75 0.08 0.36 0.10
## [1] -298037.51 0.18 0.31 0.17 0.34 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.10
## [1] -298015.59 0.18 0.31 0.17 0.34 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.11
## [1] -297994.59 0.17 0.31 0.17 0.34 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.11
## [1] -297974.52 0.17 0.31 0.18 0.35 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.36 0.11
## [1] -297955.36 0.17 0.30 0.18 0.35 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297937.11 0.16 0.30 0.18 0.35 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297919.74 0.16 0.30 0.18 0.36 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297903.26 0.16 0.30 0.18 0.36 0.09
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297887.64 0.15 0.30 0.19 0.36 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297872.87 0.15 0.30 0.19 0.37 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297858.94 0.15 0.29 0.19 0.37 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.35 0.11
## [1] -297845.87 0.14 0.29 0.19 0.37 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.34 0.11
## [1] -297833.59 0.14 0.29 0.19 0.38 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.34 0.11
## [1] -297822.09 0.14 0.29 0.19 0.38 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.08 0.34 0.11
## [1] -297811.37 0.14 0.29 0.20 0.38 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.09 0.34 0.11
## [1] -297801.42 0.13 0.28 0.20 0.39 0.08
## [7] 0.03 0.74 0.09 0.34 0.11
## [1] 18
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -311807.78 0.60 0.17 0.21 0.02 0.18
## [7] 0.09 0.87 0.03 0.51 0.05
## [1] -304834.24 0.64 0.14 0.19 0.03 0.21
## [7] 0.09 0.86 0.03 0.52 0.04
## [1] -303870.04 0.65 0.13 0.18 0.04 0.23
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] -303596.08 0.65 0.12 0.18 0.05 0.25
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.53 0.04
## [1] -303525.30 0.65 0.12 0.18 0.05 0.26
## [7] 0.10 0.84 0.03 0.53 0.04
## [1] -303524.78 0.65 0.11 0.18 0.06 0.27
## [7] 0.10 0.84 0.03 0.54 0.04
## [1] 19
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -310381.92 0.57 0.22 0.19 0.02 0.16
## [7] 0.08 0.87 0.03 0.51 0.05
## [1] -304637.76 0.61 0.20 0.17 0.03 0.17
## [7] 0.08 0.86 0.03 0.51 0.04
## [1] -304139.37 0.62 0.19 0.16 0.03 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.51 0.04
## [1] -304058.12 0.63 0.18 0.15 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] -304054.93 0.63 0.18 0.15 0.04 0.18
## [7] 0.09 0.85 0.03 0.52 0.04
## [1] 20
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -309725.76 0.56 0.33 0.09 0.02 0.14
## [7] 0.08 0.87 0.04 0.49 0.05
## [1] -305601.97 0.58 0.33 0.06 0.03 0.15
## [7] 0.09 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -305155.51 0.59 0.33 0.05 0.03 0.15
## [7] 0.09 0.84 0.04 0.49 0.04
## [1] -305002.51 0.59 0.34 0.04 0.04 0.16
## [7] 0.09 0.83 0.04 0.48 0.04
## [1] -304921.26 0.58 0.34 0.03 0.05 0.16
## [7] 0.09 0.82 0.04 0.48 0.04
## [1] -304857.31 0.58 0.34 0.03 0.05 0.16
## [7] 0.10 0.82 0.04 0.48 0.04
## [1] -304794.19 0.57 0.34 0.03 0.06 0.16
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.48 0.04
## [1] -304726.39 0.57 0.34 0.03 0.06 0.16
## [7] 0.10 0.81 0.04 0.48 0.04
## [1] -304654.74 0.56 0.35 0.03 0.07 0.16
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304580.82 0.55 0.35 0.03 0.07 0.16
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304506.00 0.55 0.35 0.03 0.08 0.16
## [7] 0.10 0.80 0.04 0.48 0.04
## [1] -304431.36 0.54 0.35 0.03 0.08 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304357.49 0.54 0.35 0.03 0.09 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304284.58 0.53 0.35 0.03 0.09 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304212.59 0.53 0.35 0.03 0.09 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304141.26 0.52 0.35 0.03 0.10 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.04
## [1] -304070.49 0.52 0.35 0.03 0.10 0.16
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.05
## [1] -304000.17 0.51 0.35 0.03 0.10 0.15
## [7] 0.09 0.79 0.05 0.48 0.05
## [1] -303929.91 0.51 0.35 0.03 0.11 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.48 0.05
## [1] -303859.77 0.50 0.35 0.03 0.11 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.48 0.05
## [1] -303789.83 0.50 0.35 0.04 0.12 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303720.16 0.49 0.35 0.04 0.12 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303650.95 0.49 0.35 0.04 0.12 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303582.27 0.48 0.35 0.04 0.13 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303514.34 0.48 0.35 0.04 0.13 0.15
## [7] 0.09 0.78 0.05 0.47 0.05
## [1] -303447.35 0.47 0.35 0.04 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.47 0.06
## [1] -303381.43 0.47 0.35 0.04 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.47 0.06
## [1] -303316.72 0.47 0.35 0.04 0.14 0.15
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.47 0.06
## [1] -303253.34 0.46 0.35 0.05 0.15 0.14
## [7] 0.08 0.78 0.05 0.46 0.06
## [1] -303191.36 0.46 0.35 0.05 0.15 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -303130.85 0.45 0.35 0.05 0.15 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -303071.85 0.45 0.35 0.05 0.16 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -303014.37 0.44 0.35 0.05 0.16 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -302958.40 0.44 0.34 0.05 0.17 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -302903.93 0.43 0.34 0.05 0.17 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.06
## [1] -302850.94 0.43 0.34 0.06 0.18 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.46 0.07
## [1] -302799.38 0.42 0.34 0.06 0.18 0.14
## [7] 0.08 0.79 0.05 0.45 0.07
## [1] -302749.22 0.42 0.34 0.06 0.18 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.05 0.45 0.07
## [1] -302700.41 0.41 0.34 0.06 0.19 0.14
## [7] 0.07 0.79 0.05 0.45 0.07
## [1] -302652.91 0.41 0.34 0.06 0.19 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302606.67 0.40 0.34 0.06 0.20 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302561.65 0.40 0.34 0.06 0.20 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302517.81 0.39 0.34 0.07 0.20 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.45 0.07
## [1] -302475.10 0.39 0.34 0.07 0.21 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302433.50 0.38 0.34 0.07 0.21 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302392.95 0.38 0.33 0.07 0.22 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302353.44 0.37 0.33 0.07 0.22 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.07
## [1] -302314.94 0.37 0.33 0.07 0.23 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302277.40 0.36 0.33 0.07 0.23 0.13
## [7] 0.07 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302240.82 0.36 0.33 0.08 0.23 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302205.13 0.35 0.33 0.08 0.24 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.44 0.08
## [1] -302170.50 0.35 0.33 0.08 0.24 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302136.90 0.35 0.33 0.08 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302103.85 0.34 0.33 0.08 0.25 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302071.68 0.34 0.32 0.08 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302040.37 0.33 0.32 0.08 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -302009.90 0.33 0.32 0.09 0.26 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -301980.26 0.32 0.32 0.09 0.27 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -301951.43 0.32 0.32 0.09 0.27 0.12
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.43 0.08
## [1] -301923.42 0.32 0.32 0.09 0.28 0.11
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.42 0.08
## [1] -301896.21 0.31 0.32 0.09 0.28 0.11
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.42 0.08
## [1] -301869.80 0.31 0.32 0.09 0.28 0.11
## [7] 0.06 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301844.18 0.30 0.31 0.09 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301819.37 0.30 0.31 0.10 0.29 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301795.35 0.29 0.31 0.10 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301772.13 0.29 0.31 0.10 0.30 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.06 0.42 0.09
## [1] -301749.71 0.29 0.31 0.10 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301728.11 0.28 0.31 0.10 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301707.33 0.28 0.30 0.10 0.31 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301687.37 0.28 0.30 0.10 0.32 0.11
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301668.26 0.27 0.30 0.11 0.32 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301649.99 0.27 0.30 0.11 0.33 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301632.60 0.26 0.30 0.11 0.33 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301616.09 0.26 0.30 0.11 0.33 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.41 0.09
## [1] -301600.48 0.26 0.29 0.11 0.34 0.10
## [7] 0.05 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301585.80 0.25 0.29 0.11 0.34 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301572.07 0.25 0.29 0.11 0.35 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301559.31 0.25 0.29 0.11 0.35 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301547.54 0.24 0.29 0.12 0.35 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301536.80 0.24 0.28 0.12 0.36 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] -301527.12 0.24 0.28 0.12 0.36 0.10
## [7] 0.04 0.79 0.07 0.40 0.10
## [1] 21
## [1] "loglik" "Prior(H)" "Prior(U)" "Prior(M)" "Prior(I)" "Mu(U)"
## [7] "Rho(U)" "MU(M)" "Rho(M)" "mu_I" "rho_I"
## [1] "XXX" "0.41" "0.31" "0.27" "0.01" "0.1" "0.1" "0.9" "0.03" "0.5"
## [11] "0.05"
## [1] -304640.77 0.51 0.35 0.12 0.02 0.11
## [7] 0.07 0.88 0.04 0.50 0.04
## [1] -301891.31 0.54 0.34 0.09 0.02 0.11
## [7] 0.06 0.86 0.04 0.50 0.04
## [1] -301332.16 0.56 0.33 0.08 0.03 0.10
## [7] 0.05 0.86 0.04 0.50 0.04
## [1] -300924.66 0.57 0.32 0.07 0.04 0.09
## [7] 0.05 0.85 0.04 0.50 0.04
## [1] -300555.26 0.58 0.31 0.06 0.05 0.09
## [7] 0.04 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -300221.28 0.59 0.30 0.06 0.05 0.08
## [7] 0.03 0.85 0.04 0.49 0.04
## [1] -299937.50 0.59 0.29 0.06 0.06 0.08
## [7] 0.03 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -299711.53 0.60 0.29 0.05 0.06 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -299536.08 0.60 0.28 0.05 0.07 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.48 0.04
## [1] -299396.34 0.60 0.28 0.05 0.07 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.47 0.04
## [1] -299276.59 0.60 0.27 0.05 0.08 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.47 0.05
## [1] -299169.04 0.60 0.27 0.05 0.08 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -299070.20 0.60 0.27 0.05 0.08 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -298979.25 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.46 0.05
## [1] -298896.89 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298822.85 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298757.46 0.60 0.27 0.05 0.09 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298700.67 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298652.25 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.45 0.06
## [1] -298611.78 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298578.69 0.59 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298552.37 0.58 0.27 0.05 0.10 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298532.87 0.58 0.27 0.05 0.11 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.07
## [1] -298518.79 0.58 0.27 0.05 0.11 0.07
## [7] 0.02 0.85 0.04 0.44 0.08
## [1] -298509.59 0.57 0.27 0.05 0.11 0.07
## [7] 0.02 0.86 0.04 0.44 0.08plts_paired_order<-plts_paired[order(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric)]
pdf(here("figs","GSE141256_organoids_thresholding_all_samples.pdf"))
plts_paired_order## [[1]]##
## [[2]]##
## [[3]]##
## [[4]]##
## [[5]]##
## [[6]]##
## [[7]]##
## [[8]]##
## [[9]]##
## [[10]]## Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_bar).##
## [[11]]##
## [[12]]##
## [[13]]##
## [[14]]## Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_bar).##
## [[15]]## Warning: Removed 1 rows containing missing values (geom_bar).##
## [[16]]## Warning: Removed 3 rows containing missing values (geom_bar).##
## [[17]]##
## [[18]]##
## [[19]]##
## [[20]]##
## [[21]]## Warning: Removed 3 rows containing missing values (geom_bar).dev.off()## png
## 2Differential methylation with passage
mod<-model.matrix(~ 0 + passage_numeric, data=GSE141256_meta_combo_spheroids)
fit <- lmFit(combat_GSE141256_Beta_spheroids, mod)
ebfit <- eBayes(fit)
# covariate adjusted beta values
beta<-combat_GSE141256_Beta_spheroids
passage_db<-sapply(1:nrow(beta), function(x){
sampleinfo_cpg<-GSE141256_meta_combo_spheroids
sampleinfo_cpg$beta<-as.numeric(beta[x,])
fit<-lm(beta ~ passage_numeric, data=sampleinfo_cpg)
pval<-summary(fit)$coef["passage_numeric","Pr(>|t|)"]
slope<-fit$coefficients[2]
(min(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric)*slope) - (max(GSE141256_meta_combo_spheroids$passage_numeric)*slope)})
passage_GSE141256<-data.frame(p.value=ebfit$p.value[,"passage_numeric"], CpG=rownames(beta), db=passage_db)
# Adjust P values
passage_GSE141256$p_adjusted<-p.adjust(passage_GSE141256$p.value, method="BH")
diff_CpG_dbGSE141256<-passage_GSE141256[which(passage_GSE141256$p_adjusted<0.05 & abs(passage_GSE141256$db)>0.15),] #25086
diff_CpG_db_hypoGSE141256<-diff_CpG_dbGSE141256$CpG[which((diff_CpG_dbGSE141256$db)>=0.15)] # 17419
diff_CpG_db_hyperGSE141256<-diff_CpG_dbGSE141256$CpG[which((diff_CpG_dbGSE141256$db)<=(-0.15))] # 7667load original organoid passage CpGs
load(here("data","beta_organoids.RData"))
pvals_long<-read.csv(here("data","Heteroskedactiy_pvalues_FDR_1000iter.csv"), header=T)
pvals_long[,1]<-NULL
colnames(pvals_long)<-c("BP_count","diff_count","mean_db","fdr_BP","fdr_diff")
pvals_long$CpG<-rownames(organoid_beta)
pvals_long$BP_pval<-((1000-pvals_long$BP_count)+1)/1001
pvals_long$diff_pval<-((1000-pvals_long$diff_count)+1)/1001
pvals_long$BP_fdr<-((1000-pvals_long$fdr_BP)+1)/1001
pvals_long$diff_fdr<-((1000-pvals_long$fdr_diff)+1)/1001
hetero_CpG<-rownames(organoid_beta)[which(pvals_long$BP_fdr<0.05)]
print(paste("CpGs with significant (adjusted p<0.05) heteroskedactiy: ", length(hetero_CpG), sep=""))## [1] "CpGs with significant (adjusted p<0.05) heteroskedactiy: 41852"diff_CpG<-rownames(organoid_beta)[which(pvals_long$diff_fdr<0.05)]
diff_CpG_db<-pvals_long[which(pvals_long$diff_fdr<0.05 & abs(pvals_long$mean_db)>0.15),]
print(paste("CpGs with significant (adjusted p<0.05; delta beta >0.05) differential methylation: ", nrow(diff_CpG_db), sep=""))## [1] "CpGs with significant (adjusted p<0.05; delta beta >0.05) differential methylation: 23766"diff_CpG_db_hypo<-diff_CpG_db$CpG[which((diff_CpG_db$mean_db)>=0.15)] # 11772
diff_CpG_db_hyper<-diff_CpG_db$CpG[which((diff_CpG_db$mean_db)<=(-0.15))] # 5214How many differential CpGs could overlap? 450K vs EPIC
print(paste("Of the ", nrow(diff_CpG_db), " CpGs differential with passage in the original organoids, ",
length(diff_CpG_db$CpG[which(diff_CpG_db$CpG%in%rownames(combat_GSE141256_Beta_spheroids))]), " are in the GSE141256 data", sep=""))## [1] "Of the 23766 CpGs differential with passage in the original organoids, 7673 are in the GSE141256 data"diff_CpG_db_hypo_overlap<-diff_CpG_db_hypo[which(diff_CpG_db_hypo%in%rownames(combat_GSE141256_Beta_spheroids))]
diff_CpG_db_hyper_overlap<-diff_CpG_db_hyper[which(diff_CpG_db_hyper%in%rownames(combat_GSE141256_Beta_spheroids))]
diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap<-diff_CpG_db_hypoGSE141256[which(diff_CpG_db_hypoGSE141256%in%pvals_long$CpG)]
diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap<-diff_CpG_db_hyperGSE141256[which(diff_CpG_db_hyperGSE141256%in%pvals_long$CpG)]
print(paste("Of the ",length(diff_CpG_db_hypo_overlap)," hypo CpGs also on the 450K ",
length(intersect(diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hypo_overlap))," are also hypo in the GSE141256 cohort (",
round((length(intersect(diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hypo_overlap))/length(diff_CpG_db_hypo_overlap))*100,2),"%)",sep=""))## [1] "Of the 5129 hypo CpGs also on the 450K 3503 are also hypo in the GSE141256 cohort (68.3%)"print(paste("Of the ",length(diff_CpG_db_hyper_overlap)," hypo CpGs also on the 450K ",
length(intersect(diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hyper_overlap))," are also hypo in the GSE141256 cohort (",
round((length(intersect(diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hyper_overlap))/length(diff_CpG_db_hyper_overlap))*100,2),"%)",sep=""))## [1] "Of the 2544 hypo CpGs also on the 450K 1117 are also hypo in the GSE141256 cohort (43.91%)"delta beta directionality plot
plt_db_direction<-merge(pvals_long[,c(3,6)], passage_GSE141256, by="CpG")# 380776
plt_db_direction$sig<-"Not Significant"
plt_db_direction$sig[which(plt_db_direction$CpG%in%c(intersect(diff_CpG_db_hypoGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hypo_overlap),intersect(diff_CpG_db_hyperGSE141256_overlap, diff_CpG_db_hyper_overlap)))]<-"Significant\nIn Both\nCohorts"
ggplot(plt_db_direction, aes(mean_db, db))+geom_point(aes(color=sig, alpha=sig),shape=19)+th+theme_bw()+
scale_color_manual(values=c("lightgrey", "cornflowerblue"), name="Significant\nWith Passage")+
scale_alpha_manual(values=c(0.25,1), guide=F)+
geom_hline(yintercept=c(-0.15,0.15), color="grey60")+geom_vline(xintercept=c(-0.15,0.15), color="grey60")+
ylim(-0.8,0.8)+xlim(-0.8,0.8)+xlab("Cohort 1 Organoid\nPassage Delta Beta")+ylab("Cohort 3 Organoid\nPassage Delta Beta")+
stat_smooth(method="lm", se=F, color="black")## Warning: Removed 68 rows containing non-finite values (stat_smooth).## Warning: Removed 68 rows containing missing values (geom_point).
#ggsave(here("figs","GSE141256_db_directionality.pdf"), width=5, height=3.75)
ggsave(here("figs/jpeg","GSE141256_db_directionality.jpeg"), width=5, height=3.75)## Warning: Removed 68 rows containing non-finite values (stat_smooth).
## Warning: Removed 68 rows containing missing values (geom_point).print(paste("Correlation of delta betas between cohorts: ", round(cor(plt_db_direction$db, plt_db_direction$mean_db),2), sep=""))## [1] "Correlation of delta betas between cohorts: 0.27"representative CpGs
epic.organoid_minimal<-epic.organoid[,c(2, 14, 17)]
colnames(epic.organoid_minimal)[1]<-"Assay.Name"
epic.organoid_minimal$cohort<-"Cohort 1 Organoids"
GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal<-GSE141256_meta_combo_spheroids[,c(6,13,16)]
GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$cohort<-"Cohort 3 Organoids"
colnames(GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal)[2:3]<-c("sample_ID","passage.or.rescope.no_numeric")
GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID[grep("H", GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID)]<-"H"
GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID[grep("F", GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal$sample_ID)]<-"F"
sample_info_both<-rbind(GSE141256_meta_combo_spheroids_minimal,epic.organoid_minimal)
plt_hetero_GSE141256<-function(CpGs, legend, axislab, title){
betas<-melt(cbind(combat_GSE141256_Beta_spheroids[CpGs,],organoid_beta[CpGs,]))
organoid_plt<-merge(sample_info_both, betas, by.x="Assay.Name",by.y="Var2")
p<-ggplot(organoid_plt, aes(passage.or.rescope.no_numeric,value))+
geom_line(aes(group=sample_ID),color="lightgrey")+
stat_smooth(method="lm", color="grey30", size=0.7, se=F)+th+theme_bw()+
geom_point(aes(fill=as.factor(passage.or.rescope.no_numeric)),shape=21, size=1.25)+
scale_fill_manual(values=pass_col,name="Passage\nNumber", drop=T)+
facet_grid(cohort~Var1)+
ylab("DNAm Beta")+xlab("Passage Number")+ylim(0,1)+
theme(plot.margin = margin(0.5, 0.15, 0.5, 0.15, "cm"),plot.title = element_text(size=12))+
xlim(1,16)
if(missing(legend) & missing(axislab) & missing(title)){p}else{
if(legend=="N" & axislab=="N"){p + theme(legend.position = "none",axis.title.y=element_blank(),
axis.text.y=element_blank(),
axis.ticks.y=element_blank())+ ggtitle(title)}else{
if(legend=="N" & axislab=="Y"){p + theme(legend.position = "none") + ggtitle(title)}}}}
plt_hetero_GSE141256(c("cg25402228","cg22009751"))## Warning: Removed 10 rows containing missing values (geom_smooth).
ggsave(here("figs","Passage_differential_CpGs_GSE141256.pdf"),width = 4.75, height = 4)## Warning: Removed 10 rows containing missing values (geom_smooth).ggsave(here("figs/jpeg","Passage_differential_CpGs_GSE141256.jpeg"), width = 4.75, height = 4)## Warning: Removed 10 rows containing missing values (geom_smooth).R Session Info
sessionInfo()## R version 3.5.1 (2018-07-02)
## Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Red Hat Enterprise Linux
##
## Matrix products: default
## BLAS/LAPACK: /homes/redgar/anaconda3/envs/org_pass/lib/R/lib/libRblas.so
##
## locale:
## [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C
## [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8 LC_COLLATE=en_GB.UTF-8
## [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
## [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C
## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
## [11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
##
## attached base packages:
## [1] splines stats4 parallel stats graphics grDevices utils
## [8] datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19_0.6.0
## [2] IlluminaHumanMethylationEPICmanifest_0.3.0
## [3] IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19_0.6.0
## [4] IlluminaHumanMethylation450kmanifest_0.4.0
## [5] VGAM_1.1-1
## [6] reshape2_1.4.3
## [7] scales_1.0.0
## [8] rafalib_1.0.0
## [9] gtools_3.8.1
## [10] lmtest_0.9-37
## [11] zoo_1.8-4
## [12] dplyr_0.8.0.1
## [13] GEOmetadb_1.44.0
## [14] RSQLite_2.1.1
## [15] GEOquery_2.50.0
## [16] pamr_1.56
## [17] survival_2.43-3
## [18] cluster_2.0.7-1
## [19] sva_3.30.0
## [20] genefilter_1.64.0
## [21] mgcv_1.8-26
## [22] nlme_3.1-137
## [23] limma_3.38.3
## [24] binom_1.1-1
## [25] here_0.1
## [26] RColorBrewer_1.1-2
## [27] gridExtra_2.3
## [28] ggplot2_3.1.0
## [29] reshape_0.8.8
## [30] minfi_1.28.0
## [31] bumphunter_1.24.5
## [32] locfit_1.5-9.1
## [33] iterators_1.0.10
## [34] foreach_1.4.4
## [35] Biostrings_2.50.1
## [36] XVector_0.22.0
## [37] SummarizedExperiment_1.12.0
## [38] DelayedArray_0.8.0
## [39] BiocParallel_1.16.2
## [40] matrixStats_0.54.0
## [41] Biobase_2.42.0
## [42] GenomicRanges_1.34.0
## [43] GenomeInfoDb_1.18.1
## [44] IRanges_2.16.0
## [45] S4Vectors_0.20.1
## [46] BiocGenerics_0.28.0
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] colorspace_1.4-0 siggenes_1.56.0
## [3] mclust_5.4.2 rprojroot_1.3-2
## [5] base64_2.0 bit64_0.9-7
## [7] AnnotationDbi_1.44.0 xml2_1.2.0
## [9] codetools_0.2-16 knitr_1.21
## [11] Rsamtools_1.34.0 annotate_1.60.0
## [13] HDF5Array_1.10.1 readr_1.3.1
## [15] compiler_3.5.1 httr_1.4.0
## [17] backports_1.1.3 assertthat_0.2.0
## [19] Matrix_1.2-15 lazyeval_0.2.1
## [21] htmltools_0.3.6 prettyunits_1.0.2
## [23] tools_3.5.1 gtable_0.2.0
## [25] glue_1.3.0 GenomeInfoDbData_1.2.0
## [27] doRNG_1.7.1 Rcpp_1.0.0
## [29] multtest_2.38.0 preprocessCore_1.44.0
## [31] rtracklayer_1.42.2 DelayedMatrixStats_1.4.0
## [33] xfun_0.4 stringr_1.4.0
## [35] rngtools_1.3.1 XML_3.98-1.16
## [37] beanplot_1.2 zlibbioc_1.28.0
## [39] MASS_7.3-51.1 hms_0.4.2
## [41] rhdf5_2.26.2 curl_3.3
## [43] yaml_2.2.0 memoise_1.1.0
## [45] pkgmaker_0.27 biomaRt_2.38.0
## [47] stringi_1.2.4 highr_0.7
## [49] GenomicFeatures_1.34.1 bibtex_0.4.2
## [51] rlang_0.3.1 pkgconfig_2.0.2
## [53] bitops_1.0-6 nor1mix_1.2-3
## [55] evaluate_0.12 lattice_0.20-38
## [57] purrr_0.2.5 Rhdf5lib_1.4.2
## [59] labeling_0.3 GenomicAlignments_1.18.0
## [61] bit_1.1-12 tidyselect_0.2.5
## [63] plyr_1.8.4 magrittr_1.5
## [65] R6_2.4.0 DBI_1.0.0
## [67] pillar_1.4.3 withr_2.1.2
## [69] RCurl_1.95-4.11 tibble_2.0.1
## [71] crayon_1.3.4 rmarkdown_1.11
## [73] progress_1.2.0 grid_3.5.1
## [75] data.table_1.12.0 blob_1.1.1
## [77] digest_0.6.18 xtable_1.8-2
## [79] tidyr_0.8.2 illuminaio_0.24.0
## [81] openssl_1.1 munsell_0.5.0
## [83] registry_0.5 quadprog_1.5-5